【佳學(xué)基因檢測(cè)】哪里可以作單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNAseq)科研服務(wù)?
佳學(xué)基因科研合作導(dǎo)讀:
在生物醫(yī)學(xué)技術(shù)的發(fā)展過程中,高通量測(cè)序方法結(jié)合基因解碼技術(shù)有效改變了整個(gè)生物學(xué)領(lǐng)域。采用RNA測(cè)序技術(shù)(RNA seq)給我們以非常詳細(xì)地研究整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的機(jī)會(huì),產(chǎn)生了許多重要的發(fā)現(xiàn),目前,它已經(jīng)成為一個(gè)生物醫(yī)學(xué)研究的常規(guī)方法。然而過去的RNA測(cè)序主要是將一個(gè)組織的細(xì)胞做為一個(gè)整體來(lái)進(jìn)行的,獲得的轉(zhuǎn)錄序列實(shí)際上是整個(gè)實(shí)驗(yàn)樣本從數(shù)千到數(shù)百萬(wàn)個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)情況的總體呈現(xiàn),這種方法可能抹除了一個(gè)群體內(nèi)不同細(xì)胞生物學(xué)功能、及生物學(xué)過程的差異。為進(jìn)一步細(xì)化基因解碼過程,單細(xì)胞RNAseq測(cè)序技術(shù)結(jié)合基因解碼分析成為一種克服這類問題的方法。通過分離單個(gè)細(xì)胞、獲取單個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本、在單細(xì)胞水平上制做單細(xì)胞測(cè)序文庫(kù),scRNA-seq可以以產(chǎn)前所未有的分辨率來(lái)評(píng)估細(xì)胞群體之間、細(xì)胞群體內(nèi)部以及細(xì)胞總體之間的生物學(xué)的特性差異。佳學(xué)基因?yàn)檫@一過程的順利高效進(jìn)行,開發(fā)了單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)方案及數(shù)據(jù)分析和展現(xiàn)流程。以幫助佳學(xué)基因科研合作伙伴在科研項(xiàng)目進(jìn)行的各個(gè)階段提前做好規(guī)劃和設(shè)計(jì)。佳學(xué)基因也可以在不同階段參與規(guī)劃、設(shè)計(jì)和執(zhí)行。
單細(xì)胞測(cè)序?qū)ёx:
根據(jù)《人體基因信息測(cè)序技術(shù)大全》,“轉(zhuǎn)錄組”是指細(xì)胞、組織或生物體內(nèi)全部轉(zhuǎn)錄本的總合。結(jié)合生物學(xué)、醫(yī)學(xué)及臨床診斷的需要。其全部含義應(yīng)包括全部表達(dá)出來(lái)的基因序列及其對(duì)應(yīng)的生理功能和組織狀態(tài)。因此,一個(gè)優(yōu)質(zhì)的轉(zhuǎn)錄本測(cè)序不僅包括正確全面的獲得轉(zhuǎn)錄本的序列,更主要的是將這種基因序列同已知及未知的生物學(xué)醫(yī)學(xué)功能狀態(tài)結(jié)合起來(lái)。目前,這實(shí)際上是由兩個(gè)技術(shù)體系精密配合下才得以完成。即測(cè)序技術(shù)和基因解碼技術(shù)。轉(zhuǎn)錄組包括蛋白質(zhì)編碼信使RNA(mRNA)以及核糖體功能的重要參與者,這里是指核糖體RNA(rRNA)、轉(zhuǎn)移RNA(tRNA)和具有調(diào)節(jié)功能的非編碼RNA。根據(jù)《人體基因序列與人體疾病表征》,這三者的功能是相互交織的。部分mRNA序列也行使著調(diào)節(jié)RNA的功能。2005年高通量測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)使得佳學(xué)基因及其合作研究機(jī)構(gòu)可以在核苷酸水平上分析RNA,從而對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行詳細(xì)研究。
批量RNA測(cè)序(RNA seq)是采用勻漿組織對(duì)大群細(xì)胞中提取的RNA進(jìn)行的。佳學(xué)基因采用這一技術(shù)可以分析基因的組織及時(shí)空特異性表達(dá)、腫瘤組織及發(fā)育過程中選擇性剪接的存在、變異的發(fā)現(xiàn)和由基因組重排引起的嵌合基因融合的檢測(cè)。然而,由于提取和研究的RNA代表“平均值”,在樣本中存在的數(shù)千到數(shù)百萬(wàn)個(gè)單個(gè)細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中,細(xì)胞之間潛在的重大和生物學(xué)上重要的差異被忽視了。佳學(xué)基因單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄本測(cè)序分析技術(shù)可以為合作者提供因?yàn)樗撕鲆暥鴰?lái)的創(chuàng)新發(fā)現(xiàn)。
2009年,在高通量測(cè)序開始改變生物學(xué)領(lǐng)域僅僅四年,單細(xì)胞RNA-seq(scRNA-seq)的方案就誕生了。但是那時(shí),分析技術(shù)和樣本制備技術(shù)還不夠完善。由于,這項(xiàng)技術(shù)能夠以前所未有的分辨率研究單個(gè)細(xì)胞的生物學(xué)特性。在第一次scRNA-seq研究中,就對(duì)10到100個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了分析和表征。從那時(shí)起,該方法逐漸得到完善和改進(jìn)。成本降低了,吞吐量提高了,研究社區(qū)現(xiàn)在可以使用幾個(gè)商業(yè)平臺(tái)。研究人員目前能夠?yàn)閱蝹€(gè)項(xiàng)目分析和排序多達(dá)數(shù)萬(wàn)個(gè)單個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組。在這里,我們概述了目前使用的賊常見的scRNA-seq實(shí)驗(yàn)方案以及scRNA-seq數(shù)據(jù)分析的基礎(chǔ)知識(shí)。佳學(xué)基因還提供了其生物應(yīng)用以及與新興scRNA-seq技術(shù)相關(guān)的一些有待解決的問題,為佳學(xué)基因的合作伙伴提供進(jìn)一步貢獻(xiàn)學(xué)術(shù)研究的機(jī)會(huì)。賊后,佳學(xué)基因?yàn)楹献餮芯咳藛T設(shè)計(jì)課題及研究計(jì)劃提供可供模仿和優(yōu)化的scRNA-seq實(shí)驗(yàn)實(shí)用指南。
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