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【佳學(xué)基因檢測】FISH基因檢測中的探針類型選擇

根據(jù)《不同基因檢測技術(shù)的敏感性與特異性》,F(xiàn)ISH 技術(shù)中的一個重要環(huán)節(jié)是如何選擇合適的探針,這決定了患者的測試價值。 每種類型的 FISH 探針都可以檢測不同的染色體畸變。 圖 1A-G 顯示

佳學(xué)基因檢測】FISH基因檢測中的探針類型選擇

FISH基因檢測中的探針選擇

根據(jù)《不同基因檢測技術(shù)的敏感性與特異性》,F(xiàn)ISH 技術(shù)中的一個重要環(huán)節(jié)是如何選擇合適的探針,這決定了患者的測試價值。 每種類型的 FISH 探針都可以檢測不同的染色體畸變。 圖 1A-G 顯示了不同類型 FISH 探針的實際使用示例。 位點特異性探針可用于評估靶標(biāo)的額外拷貝數(shù)。 建立擴增狀態(tài)需要兩個不同標(biāo)記的基因座、目標(biāo)區(qū)域和對照區(qū)域。 擴增的決定性因素是比率參數(shù)。 它是紅色標(biāo)記的測試基因信號總數(shù)除以綠色標(biāo)記的對照序列信號總數(shù)的商。 賊小結(jié)果 2.0 證實擴增。


圖1:熒光原位雜交 (FISH) 在 FFPE 材料實體瘤遺傳診斷基因檢測中的應(yīng)用:A—1p/19q 探針:a-1 1p32 位點缺失、a-2 正常信號模式(左側(cè)細胞)和 19q13 缺失 基因座(右側(cè)細胞),a-3 正常信號模式(Abbott Molecular),B—雙融合探針:COL1A1 和 PDGFB 基因座的融合和正常信號模式(ZytoVision),C—分離探針:c-1 重排 ALK 基因,c-2 正常信號模式(雅培分子),D—分解探針:EWSR1 位點重排(雅培分子),F(xiàn)—分解探針:ROS1 基因的 f-1 重排,f-2 正常信號模式( Empire Genomics),G—基因座特異性探針:HER2 基因座的 g-1 擴增,g-2 正常信號模式(雅培分子),E—分解探針:SS18 基因座的正常信號模式(雅培分子)。 大多數(shù)探針以紅色表示感興趣區(qū)域,以綠色表示對照區(qū)域,不包括圖片 B,其中紅色表示 COL1A1 基因位點,綠色表示 PDGFB 基因位點,黃色表示 COL1A1-PDGFB 和 PDGFB-COL1A1 的融合。 

FISH技術(shù)在實體瘤基因檢測中的應(yīng)用

腫瘤類型 診斷價值 預(yù)后價值 預(yù)測值 可用的 FISH 探針
肺癌
ALK、
ROS1
是的 是的
克唑替尼
? Vysis ALK 分離 FISH 探針試劑盒 (Abbott Molecular) 
? Vysis 6q22 ROS1分離 FISH 探針 (Abbott Molecular)
? ROS1 分離 FISH 探針 (Empire Genomics)
膠質(zhì)瘤
1p19q 共同缺失
是的 是的 ? Vysis LSI 1p36 SpectrumOrange/1q25 SpectrumGreen 探針和 Vysis LSI 19q13 SpectrumOrange/19p13 SpectrumGreen 探針 (Abbott Molecular) 
乳腺癌
HER2
是的 是的
曲妥珠單抗、
拉帕替尼
? PathVysion HER-2 DNA 探針試劑盒 (Abbott Molecular) 
卵巢癌
CCNE1
是的
鉑類藥物
? CCNE1/CEN19p FISH 探針 (Abnova) 
尤文肉瘤
EWSR1
是的 是的 ? Vysis EWSR1 分離 FISH 探針試劑盒 (Abbott Molecular)
滑膜肉瘤
SS18
是的 是的 ? Vysis SS18 分離 FISH 探針套件 (Abbot Molecular) 
隆突性皮膚纖維肉瘤
COL1A1-PDGFB
是的
TKI
(伊馬替尼)
? SPEC COL1A1-PDGFB 雙色雙融合 (ZytoLight) 


位點特異性探針還可用于評估基因組中染色體序列的丟失。 如《不同基因檢測技術(shù)的敏感性與特異性》所述,探針由兩個不同標(biāo)記的區(qū)域組成:目標(biāo)基因座和對照基因座。 當(dāng)具有主導(dǎo)控制基因座信號的細胞數(shù)量超過具有主導(dǎo)靶基因座信號的細胞數(shù)量時,報告缺失。 應(yīng)分別計算每個組織學(xué)樣本的截止值。

與上述類型的探針不同的是用于檢測染色體重排的探針。 這些探針之一,即雙色探針,包含兩個基因靶標(biāo)。 由于這些靶標(biāo)內(nèi)部的斷裂以及它們的兩半之間的交換,出現(xiàn)了兩次融合,這是染色體水平上易位的證據(jù)。 在分裂型探針的情況下,兩種對比熒光染料與同一基因的兩個遠端互補,與目標(biāo)賊常見的斷點保持密切關(guān)系。

 FISH 方法的驗證

使用 FISH 檢測對淋巴結(jié)和實體瘤獲得性染色體異常進行染色體研究的標(biāo)準(zhǔn)和指南是代表美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)學(xué)院 (ACMG) 實驗室質(zhì)量高效委員會為臨床實驗室遺傳學(xué)家制定的,自發(fā)布以來一直沒有改變。 賊后一次修訂于 2018 年。 先進次計數(shù)評估的結(jié)果應(yīng)由第二位診斷醫(yī)生進行驗證,以確保再現(xiàn)性、提高 FISH 結(jié)果的分析高效性并降低錯誤風(fēng)險。 此外,原位雜交過程的自動化和先進的軟件可以顯著提高工作質(zhì)量。 據(jù)估計,F(xiàn)ISH 測試中正常結(jié)果的上限應(yīng)通過計算在代表性正常對照樣品中檢測到的探針信號模式的 95% 置信水平來確定。 作為良好實踐,實驗室應(yīng)定期參與外部質(zhì)量評估。


(責(zé)任編輯:佳學(xué)基因)
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