【佳學(xué)基因檢測】FISH基因檢測中的探針類型選擇
FISH基因檢測中的探針選擇
根據(jù)《不同基因檢測技術(shù)的敏感性與特異性》,F(xiàn)ISH 技術(shù)中的一個重要環(huán)節(jié)是如何選擇合適的探針,這決定了患者的測試價值。 每種類型的 FISH 探針都可以檢測不同的染色體畸變。 圖 1A-G 顯示了不同類型 FISH 探針的實際使用示例。 位點特異性探針可用于評估靶標(biāo)的額外拷貝數(shù)。 建立擴增狀態(tài)需要兩個不同標(biāo)記的基因座、目標(biāo)區(qū)域和對照區(qū)域。 擴增的決定性因素是比率參數(shù)。 它是紅色標(biāo)記的測試基因信號總數(shù)除以綠色標(biāo)記的對照序列信號總數(shù)的商。 賊小結(jié)果 2.0 證實擴增。
FISH技術(shù)在實體瘤基因檢測中的應(yīng)用
腫瘤類型 | 診斷價值 | 預(yù)后價值 | 預(yù)測值 | 可用的 FISH 探針 |
---|---|---|---|---|
肺癌 ALK、 ROS1 |
不 | 是的 |
是的 克唑替尼 |
? Vysis ALK 分離 FISH 探針試劑盒 (Abbott Molecular) ? Vysis 6q22 ROS1分離 FISH 探針 (Abbott Molecular) ? ROS1 分離 FISH 探針 (Empire Genomics) |
膠質(zhì)瘤 1p19q 共同缺失 |
是的 | 是的 | 不 | ? Vysis LSI 1p36 SpectrumOrange/1q25 SpectrumGreen 探針和 Vysis LSI 19q13 SpectrumOrange/19p13 SpectrumGreen 探針 (Abbott Molecular) |
乳腺癌 HER2 |
不 | 是的 |
是的 曲妥珠單抗、 拉帕替尼 |
? PathVysion HER-2 DNA 探針試劑盒 (Abbott Molecular) |
卵巢癌 CCNE1 |
不 | 是的 |
是 鉑類藥物 |
? CCNE1/CEN19p FISH 探針 (Abnova) |
尤文肉瘤 EWSR1 |
是的 | 是的 | 不 | ? Vysis EWSR1 分離 FISH 探針試劑盒 (Abbott Molecular) |
滑膜肉瘤 SS18 |
是的 | 是的 | 不 | ? Vysis SS18 分離 FISH 探針套件 (Abbot Molecular) |
隆突性皮膚纖維肉瘤 COL1A1-PDGFB |
不 | 是的 |
是 TKI (伊馬替尼) |
? SPEC COL1A1-PDGFB 雙色雙融合 (ZytoLight) |
位點特異性探針還可用于評估基因組中染色體序列的丟失。 如《不同基因檢測技術(shù)的敏感性與特異性》所述,探針由兩個不同標(biāo)記的區(qū)域組成:目標(biāo)基因座和對照基因座。 當(dāng)具有主導(dǎo)控制基因座信號的細胞數(shù)量超過具有主導(dǎo)靶基因座信號的細胞數(shù)量時,報告缺失。 應(yīng)分別計算每個組織學(xué)樣本的截止值。
與上述類型的探針不同的是用于檢測染色體重排的探針。 這些探針之一,即雙色探針,包含兩個基因靶標(biāo)。 由于這些靶標(biāo)內(nèi)部的斷裂以及它們的兩半之間的交換,出現(xiàn)了兩次融合,這是染色體水平上易位的證據(jù)。 在分裂型探針的情況下,兩種對比熒光染料與同一基因的兩個遠端互補,與目標(biāo)賊常見的斷點保持密切關(guān)系。
FISH 方法的驗證
使用 FISH 檢測對淋巴結(jié)和實體瘤獲得性染色體異常進行染色體研究的標(biāo)準(zhǔn)和指南是代表美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)學(xué)院 (ACMG) 實驗室質(zhì)量高效委員會為臨床實驗室遺傳學(xué)家制定的,自發(fā)布以來一直沒有改變。 賊后一次修訂于 2018 年。 先進次計數(shù)評估的結(jié)果應(yīng)由第二位診斷醫(yī)生進行驗證,以確保再現(xiàn)性、提高 FISH 結(jié)果的分析高效性并降低錯誤風(fēng)險。 此外,原位雜交過程的自動化和先進的軟件可以顯著提高工作質(zhì)量。 據(jù)估計,F(xiàn)ISH 測試中正常結(jié)果的上限應(yīng)通過計算在代表性正常對照樣品中檢測到的探針信號模式的 95% 置信水平來確定。 作為良好實踐,實驗室應(yīng)定期參與外部質(zhì)量評估。
(責(zé)任編輯:佳學(xué)基因)