【佳學(xué)基因檢測】第三代測序是高通量測序嗎?
1.PacBio SMRT單分子測序技術(shù)
Pacific Biosciences于2004年成立,2010年納斯達(dá)克上市,2011年P(guān)acBioRS發(fā)布。
以PacBio測序?yàn)榇淼牡谌驕y序技術(shù)逐漸應(yīng)用到多個科研領(lǐng)域。該平臺利于單分子實(shí)時測序技術(shù),又稱作SMRT(Single Molecule Real-Time)測序,基于納米小孔的單分子讀取技術(shù),無需擴(kuò)增即可快速完成序列讀取。
建庫
因?yàn)闇y序讀長很長,因此可以制備大片段(3-10kb)文庫;不同于其他二代測序文庫,該文庫兩端分別連接環(huán)狀單鏈,單鏈兩端又與雙鏈正負(fù)鏈連接,得到類似啞鈴的結(jié)構(gòu),稱為SMRT Bell。
圖片
測序
SMRT Cell芯片含有數(shù)百萬個納米級的零模波導(dǎo)孔(zero-mode wave guides, ZMWs),ZMW是一個直徑只有10~50nm的孔,引物在模板的單鏈環(huán)部位退火后,這個雙鏈部位就可以結(jié)合到已固定在ZWM底部的聚合酶上。
每個ZMW都能夠包含一個DNA聚合酶及一條DNA樣品鏈進(jìn)行單分子測序,4種dNTP帶有不同的熒光標(biāo)記。當(dāng)激光打在ZMW底部時,只能照亮很小的區(qū)域,DNA聚合酶就被固定在這個區(qū)域。
圖片
只有在這個區(qū)域內(nèi),堿基攜帶的熒光基團(tuán)被激活從而被檢測到。當(dāng)DNA合成進(jìn)行時,下一個堿基進(jìn)行延伸,上一個dNTP上的熒光基團(tuán)就會被切除,高效了檢測的連續(xù)性。
不同的堿基會發(fā)出不同的光,此時根據(jù)光的波長及峰值便可判斷堿基類型。
2.納米孔測序技術(shù)
2005年,牛津納米孔科技有限公司(Oxford Nanopore Technologies)成立,致力于納米孔測序技術(shù)的商業(yè)轉(zhuǎn)化。2014年Nano space單分子測序技術(shù)發(fā)布。
牛津納米孔公司開發(fā)的納米單分子測序技術(shù)與以往的測序技術(shù)皆不同,它是基于電信號而不是光信號。
納米孔測序技術(shù)的核心是一種整合了多個跨膜通道蛋白(即納米孔蛋白)的多聚物膜。通過在膜兩側(cè)施加電壓從而產(chǎn)生穩(wěn)定的穿過納米孔的電流。當(dāng)有其他物體穿過納米孔時,會影響電流的大小,從而產(chǎn)生可識別的電信號的變化。
測序時,DNA雙鏈在馬達(dá)蛋白的牽引下解螺旋為單鏈DNA,并穿過納米孔蛋白(也叫Reader蛋白)。由于ATCG四種堿基結(jié)構(gòu)和大小的差異,會使電流產(chǎn)生特征性離子電流變化,通過識別這種電信號的變化,從而達(dá)到讀取堿基序列的目的。
圖片
不同型號的納米孔測序儀原理非常一致,其核心均為納米孔測序芯片。常規(guī)的納米孔測序芯片整合512個測序通道,每個測序通道包含四個納米孔,官方數(shù)據(jù)顯示單張芯片不間斷測序48h,可產(chǎn)生20-30G的數(shù)據(jù)量。
圖片
二代測序的出現(xiàn)極大地解決了通量問題,在大幅提高測序速度和正確性的同時大大降低了測序成本,但閱讀長度相對較短。而以單分子測序?yàn)橹饕卣鞯娜鷾y序,正朝著單分子、長讀長、低成本、小型化的方向發(fā)展,實(shí)現(xiàn)了測序領(lǐng)域的又一次變革。
- 【佳學(xué)基因檢測】什么是MLPA基因檢測?有什么優(yōu)點(diǎn)?...
- 【佳學(xué)基因檢測】如何將全基因組測序(WGS)基因檢測數(shù)據(jù)定位到人的標(biāo)準(zhǔn)基因組上?...
- 【佳學(xué)基因檢測】FISH基因檢測中的探針類型選擇...
- 【佳學(xué)基因檢測】腫瘤基因檢測生物信息分析注意事項(xiàng)...
- 【佳學(xué)基因檢測】癌癥基因組檢測要點(diǎn):一定要知道!...
- 【佳學(xué)基因檢測】什么是基因組檢測?...
- 【佳學(xué)基因檢測】TP53突變基因檢測...
- 【佳學(xué)基因檢測】基因解碼對Y染色體的進(jìn)一步解密...
- 【佳學(xué)基因檢測】腫瘤基因檢測需要包括重復(fù)或反復(fù)區(qū)域的分析嗎?...
- 【佳學(xué)基因檢測】如何采用液體活檢檢進(jìn)行細(xì)胞學(xué)檢測與NGS測序...
- 【佳學(xué)基因檢測】臨床科研服務(wù):GWAS課題中的統(tǒng)計(jì)分析...
- 【佳學(xué)基因檢測】腫瘤靶向藥物Regorafenib (Stivarga) 及其在結(jié)直腸癌治療中的作用...
- 【佳學(xué)基因檢測】ALDOA的群體遺傳學(xué)結(jié)果對基因檢測正確性的影響...
- 【佳學(xué)基因檢測】SLC25A4的雙生子遺傳學(xué)分析結(jié)果簡介...
- 【佳學(xué)基因檢測】ASIC1的分子遺傳學(xué)分析成果...
- 【佳學(xué)基因檢測】ANXA6分子病理學(xué)成果概要...
- 【佳學(xué)基因檢測】檢驗(yàn)科醫(yī)師晉升考試關(guān)于ADRA2C的知識...
- 【佳學(xué)基因檢測】醫(yī)學(xué)院碩士研究考試關(guān)于ACVR2A基因檢測的知識要點(diǎn)...
- 【佳學(xué)基因檢測】醫(yī)學(xué)博士ANK1基因檢測的知識結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備...
- 【佳學(xué)基因檢測】醫(yī)學(xué)院專升本關(guān)于ADCYAP1R1基因檢測的基本技能...
- 【佳學(xué)基因檢測】病例分析會中需要知道的關(guān)于ACLY基因的知識...
- 【佳學(xué)基因檢測】病案討論中需要知道的關(guān)于AIF1的知識...
- 【佳學(xué)基因檢測】質(zhì)譜基因檢測AGTR2基因存在基因突變該怎么理解?...
- 【佳學(xué)基因檢測】飛行質(zhì)譜基因檢測發(fā)現(xiàn)ADRA2A有突變,嚴(yán)重嗎?...
- 【佳學(xué)基因檢測】核型分析發(fā)現(xiàn)NAT1突變了,是什么意思?...
- 【佳學(xué)基因檢測】遺傳學(xué)檢測結(jié)果指出ALOX15突變,該找誰咨詢?...
- 【佳學(xué)基因檢測】高精度基因檢測為什么包含ADD1基因?...
- 【佳學(xué)基因檢測】基因檢測包中為什么一定要有ACTA2基因?...
- 【佳學(xué)基因檢測】基因檢測時查看是否包含ADH1C重要嗎?...
- 【佳學(xué)基因檢測】NR0B1基因間序列存在突變是否需要阻斷遺傳?...
- 來了,就說兩句!
-
請自覺遵守互聯(lián)網(wǎng)相關(guān)的政策法規(guī),嚴(yán)禁發(fā)布色情、暴力、反動的言論。評價:表情:用戶名: 驗(yàn)證碼:
- 賊新評論 進(jìn)入詳細(xì)評論頁>>