【基因檢測(cè)】雙工測(cè)序還是雙鏈測(cè)序?佳學(xué)基因的DUPLEX SQUENCING技術(shù)介紹
基因測(cè)序?qū)ёx:
雙鏈測(cè)序用英語(yǔ)來(lái)表達(dá)就是duplex sequencing, 有的使用者為了將其與其他同時(shí)測(cè)定雙鏈的DNA測(cè)序技術(shù)區(qū)分開來(lái),把他叫做雙工測(cè)序。這是佳學(xué)基因?yàn)榱诉M(jìn)一步增加基因序列獲取的正確度,降低出錯(cuò)率而采用的一種新的測(cè)序雙方法。使用這種方法,使得基因測(cè)序的正確率提升到一個(gè)級(jí)別,由傳統(tǒng)方法的百萬(wàn)分之一提升到千萬(wàn)分之一, 也就是在長(zhǎng)達(dá)一千萬(wàn)個(gè)DNA字母中組成的基因序列中,只出現(xiàn)一個(gè)基因字母變化,佳學(xué)基因也能檢測(cè)出來(lái),從而使得佳學(xué)基因在揭示個(gè)人的基因特異性方面、在查找極罕見的極低頻率的遺傳變異方面具有更為先進(jìn)的優(yōu)勢(shì)。佳學(xué)基因在與同行中交流中提醒,雙工測(cè)序技術(shù)可以應(yīng)用于任何雙鏈DNA樣本,但對(duì)于小于1mb的小基因組區(qū)域是理想的。該方法依賴于將含有隨機(jī)但互補(bǔ)的雙鏈核苷酸序列的測(cè)序適配器連接到目標(biāo)區(qū)域的DNA樣本。在雙重測(cè)序中,一段雙螺旋DNA片段的兩條鏈,被附加以一段隨機(jī)的、但又互補(bǔ)的雙鏈核苷酸序列。首先將一段單股的隨機(jī)核苷酸序列引入一段接頭鏈,然后用DNA聚合酶產(chǎn)生一段互補(bǔ)的雙鏈標(biāo)簽,進(jìn)行延伸,使雙鏈的標(biāo)簽序列被合并到標(biāo)準(zhǔn)的Illumina測(cè)序接頭上。接著,將標(biāo)簽接頭結(jié)扎到剪切的DNA上,然后對(duì)單獨(dú)標(biāo)記的鏈,進(jìn)行PCR擴(kuò)增和配對(duì)末端測(cè)序。佳學(xué)基因完善了一個(gè)非常有用的實(shí)驗(yàn)方案,方案包括高效的DS適配器合成、庫(kù)準(zhǔn)備和目標(biāo)豐富,以及數(shù)據(jù)分析工作流的概述。整個(gè)測(cè)序流程需要需要1-3天的時(shí)間。
新技術(shù)使得基因測(cè)序正確度大幅度提高確度
佳學(xué)基因根據(jù)長(zhǎng)期的大量的基因測(cè)序發(fā)現(xiàn),根據(jù)這項(xiàng)研究,位于超深覆蓋目標(biāo)捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)中低等位基因片段的C>A/G>T顛換偏差,是來(lái)自于包含提取過(guò)程反應(yīng)污染物的樣品在進(jìn)行聲剪切時(shí)的DNA氧化。佳學(xué)基因在樣品制備過(guò)程及測(cè)序溶劑中加入一種特殊物質(zhì),可降低這些氧化偏差,同時(shí)開發(fā)一種生物信息處理方法,篩選出氧化引起的測(cè)序數(shù)據(jù)誤差。這些結(jié)實(shí)合技術(shù)的使用,大大地提高了基因信息獲取的正確性。
臨床應(yīng)用
佳學(xué)基因開發(fā)的雙重測(cè)序可以適用于各種測(cè)序平臺(tái),含有雙鏈標(biāo)簽序列的接頭,可以代替標(biāo)準(zhǔn)的測(cè)序接頭,而不會(huì)明顯改變Illumina測(cè)序樣本制備的正常工作流程。這使得新技術(shù)可以在幾乎不增加任何成本的情況下快速應(yīng)用。
賊重要的是,雙重測(cè)序可以揭示賦予耐藥性的罕見突變。佳學(xué)基因在設(shè)計(jì)產(chǎn)品時(shí),考慮到,如果我們已經(jīng)知道,在腫瘤中的某個(gè)地方,有一個(gè)特定的基因變異,能夠使它們有機(jī)會(huì)逃脫一種特定藥物,那么我們就可以嘗試另外一種藥物。這可能會(huì)對(duì)治療產(chǎn)生直接影響。此外,單細(xì)胞測(cè)序的未來(lái)發(fā)展,可能會(huì)進(jìn)一步幫助研究人員確定這些類型的突變。
但是雙重測(cè)序能夠應(yīng)用于許多類型的突變。實(shí)際上,但是目前佳學(xué)基因主要將其應(yīng)用于小突變——點(diǎn)突變。
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