【佳學(xué)基因檢測】腫瘤臨床治療所需要的基因檢測

臨床中的生物標(biāo)志物檢測

靶向治療在特定患者亞組中顯示出良好的療效。確定這些亞組的過程隨著分子檢測方法的發(fā)展以及在研究和臨床實(shí)踐中的廣泛應(yīng)用，變得越來越準(zhǔn)確和高效。隨著這一過程的改進(jìn)，越來越多的患者能夠獲得更合適的治療方案，從而使靶向治療成為一種比當(dāng)前常用的反復(fù)試驗(yàn)治療模式更具成本效益和普遍益處的選擇。

表格中的生物標(biāo)志物信息（表1）主要基于美國國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)（NCCN）發(fā)布的腫瘤臨床實(shí)踐指南（NCCN指南）、NCCN生物標(biāo)志物匯編，以及FDA的建議和批準(zhǔn)）。雖然NCCN生物標(biāo)志物匯編詳細(xì)介紹了預(yù)測性標(biāo)志物，同時(shí)也涵蓋了預(yù)后、診斷、篩查、監(jiān)測等標(biāo)志物，但本綜述的重點(diǎn)是可用于指導(dǎo)治療決策的預(yù)測性生物標(biāo)志物。

在表1中，“證據(jù)”欄的分類基于可用的臨床證據(jù)水平，以及NCCN專家組和其他專家之間的共識程度。在某些情況下，臨床證據(jù)來自大型、精心設(shè)計(jì)的隨機(jī)對照試驗(yàn)，而在許多情況下，證據(jù)主要依賴于隨機(jī)試驗(yàn)、第2階段或非隨機(jī)試驗(yàn)、多個(gè)小型試驗(yàn)、回顧性研究之間的間接比較數(shù)據(jù)，或者僅僅是臨床觀察。在某些情況下，由于缺乏大量臨床數(shù)據(jù)，證據(jù)僅來自于臨床經(jīng)驗(yàn)。根據(jù)這些因素以及數(shù)據(jù)的說服力，證據(jù)被評級為：

1.基于高水平證據(jù)，NCCN和其他專家一致認(rèn)為干預(yù)措施是適當(dāng)?shù)模ǜ咚?、廣泛接受）。

2A. 根據(jù)較低級別的證據(jù)，NCCN和其他專家一致認(rèn)為該干預(yù)措施是適當(dāng)?shù)模ㄝ^低級別，廣泛接受）。

2B. 根據(jù)較低級別的證據(jù)，NCCN 和其他專家一致認(rèn)為干預(yù)措施是適當(dāng)?shù)模ㄝ^低級別，接受度有限）。

表 1：針對任何實(shí)體腫瘤的預(yù)測性微衛(wèi)星不穩(wěn)定性/錯(cuò)配修復(fù)檢測

縮寫：dMMR，錯(cuò)配修復(fù)缺陷；IHC，免疫組織化學(xué)；MMR，錯(cuò)配修復(fù)；MSI，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性；MSI-H，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高；NGS，下一代測序；PCR，聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)。

a單獨(dú)使用 Nivolumab 或與 ipilimumab 聯(lián)合使用也可能是結(jié)直腸癌患者的一種選擇。

b dMMR 是林奇綜合征的一個(gè)特征，這種綜合征可能在胃腸道（尤其是結(jié)腸直腸癌）、子宮內(nèi)膜癌、卵巢癌、腦癌、乳腺癌和腎盂癌患者（尤其是年輕患者）中發(fā)揮作用。在林奇綜合征中，dMMR 導(dǎo)致重復(fù) DNA 序列修復(fù)不足，因此患多種惡性腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)更高。

表 2:目前推薦的 NSCLC 預(yù)測性分子檢測

縮寫：AS-PCR，等位基因特異性聚合酶鏈反應(yīng)；FDA，美國食品藥品監(jiān)督管理局；FISH，熒光原位雜交；IHC，免疫組織化學(xué)；NGS，下一代測序；NOS，未另行指定；NSCLC，非小細(xì)胞肺癌；PD-L1，程序性死亡1配體；RT-PCR，逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)；TKIs，酪氨酸激酶抑制劑；wt，野生型。

a FISH 是美國食品藥品監(jiān)督管理局批準(zhǔn)的ALK基因重排檢測方法。NGS 和 RT-PCR 目前在臨床上尚未廣泛應(yīng)用。

b IHC 可以作為 FISH 的良好替代品。

不常見但重要的與部位無關(guān)的生物標(biāo)志物

微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高腫瘤和 DNA 錯(cuò)配修復(fù) 

微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 (MSI) 是 DNA 錯(cuò)配修復(fù) (MMR) 系統(tǒng)失活的結(jié)果，其特征是微衛(wèi)星 DNA 中移碼突變的頻率很高。在部分腫瘤中，MSI 是由 MMR 基因之一（MLH1、MSH2、MSH6或PMS2 ）的種系突變引起的，從而導(dǎo)致遺傳性林奇綜合征。然而，大多數(shù) (80%) MSI 病例是散發(fā)性的，通常是由于MLH1基因啟動(dòng)子高甲基化所致。

MSI‐high (MSI‐H) 已在多達(dá) 24 種原發(fā)性癌癥類型中發(fā)現(xiàn)，其中大部分顯示在表格中?表3,并且似乎是約 4% 所有成人癌癥的普遍癌癥表型。腫瘤 MSI-H 狀態(tài)具有預(yù)后意義（MSI-H 早期癌癥患者的預(yù)后優(yōu)于微衛(wèi)星穩(wěn)定腫瘤患者），也具有預(yù)測作用——許多 MSI-H 腫瘤對 PD-1/PD-L1 抑制劑極其敏感。

表 3:不同癌癥類型的 MSI‐H 狀態(tài)頻率

縮寫：MSI-H，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高；NO./TOTAL NO.，MSI-H 腫瘤數(shù)/檢測的腫瘤樣本總數(shù)；NSCLC，非小細(xì)胞肺癌。

a數(shù)據(jù)來源：Vanderwalde A、Spetzler D、Xiao N、Gatalica Z、Marshall J。通過新一代測序確定 11,348 名患者的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性狀態(tài)并與 PD-L1 和腫瘤突變負(fù)擔(dān)進(jìn)行比較。Cancer Med。2018；7：746-756；以及 Bonneville R、Krook MA、Kautto EA 等人。39 種癌癥類型的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性概況。JCO Precis Oncol。2017；1：1-15。doi：10.1200/ PO.17.00073。

b Bonneville 2017 引用了檢測肺腺癌和鱗狀細(xì)胞癌，它們是 NSCLC 的亞型。Vanderwalde 2018 引用了一般 NSCLC。

c Bonneville 2017 引用了檢測性漿液性囊腺癌，這是卵巢表面上皮癌的一個(gè)亞型。Vanderwalde 2018 引用了一般卵巢表面上皮癌。

d Bonneville 2017 引用了檢測鱗狀細(xì)胞癌和宮頸管腺癌，它們是宮頸癌的亞型。Vanderwalde 2018 引用了一般宮頸癌。

目前，F(xiàn)DA 已批準(zhǔn)醫(yī)生使用 PD-1 抑制劑 pembrolizumab 治療不可切除或轉(zhuǎn)移性 MSI-H 或 MMR 缺陷 (dMMR) 實(shí)體瘤患者（部位不明）。目前，該批準(zhǔn)適用于既往治療后出現(xiàn)腫瘤進(jìn)展且沒有滿意替代治療方案的患者，以及在接受氟嘧啶、奧沙利鉑和伊立替康治療后出現(xiàn)進(jìn)展的 MSI-H 或 dMMR 結(jié)直腸癌 (CRC) 患者，以及非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC) 的一線治療患者。2017年，F(xiàn)DA 加速批準(zhǔn)了另一種 PD-1 抑制劑單藥 nivolumab，用于治療 12 歲以上的成人和兒童 MSI-H 或 dMMR CRC 患者。隨后，2018 年，F(xiàn)DA 加速批準(zhǔn)了nivolumab和 ipilimumab （一種 CTLA-4 抑制劑）的組合療法，用于治療同一組患者。見表格?表1有關(guān) MSI/MMR 生物標(biāo)志物檢測的建議。

神經(jīng)營養(yǎng)受體酪氨酸激酶 

神經(jīng)營養(yǎng)受體酪氨酸激酶 (NTRK) 融合致癌基因家族的成員NTRK1/NTRK2/NTRK3在罕見的成人癌癥類型和幾種兒童癌癥中最為常見，盡管它們只出現(xiàn)在極小比例（約 1%）的成人常見癌癥類型中，包括非小細(xì)胞肺癌、結(jié)直腸癌、頭頸癌、甲狀腺癌、膀胱癌、神經(jīng)膠質(zhì)瘤和惡性黑色素瘤（表4 )。NTRK1 、NTRK2和NTRK3融合以及它們編碼的蛋白質(zhì)（分別為神經(jīng)營養(yǎng)因子受體激酶 A [TRKA]、TRKB 和 TRKC）在多形性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤等高度侵襲性癌癥中出現(xiàn)的頻率增加，并且認(rèn)識到它們的潛在致癌活性導(dǎo)致將此融合家族用作預(yù)測生物標(biāo)志物以及藥物靶點(diǎn)。

表4:特定癌癥中的 NTRK 頻率

縮寫：NO./TOTAL NO.，融合腫瘤數(shù)/檢測的腫瘤樣本總數(shù)。

a這些是 Gatalica 等人確定的融合伴侶，這并不是所有當(dāng)前已知的NTRK融合伴侶的完整列表。

b這里提供的頻率數(shù)據(jù)與之前的研究基本一致，但由于研究的腫瘤數(shù)量巨大（篩查了超過 11,000 名患者），它們比其他研究更廣泛地概述了NTRK融合的頻率和類型。數(shù)據(jù)來自：Gatalica Z、Xiu J、Swensen J、 Vranic S。具有 NTRK 基因融合的癌癥的分子表征。Mod Pathol。2019；32：147-153.2018。

拉羅替尼是一種口服高選擇性 TRK 抑制劑，于 2018 年 11 月 26 日獲得 FDA 加速批準(zhǔn)，用于治療具有NTRK融合且無已知獲得性耐藥突變（NTRK激酶結(jié)構(gòu)域突變，包括溶劑前沿突變）的轉(zhuǎn)移性或不可切除實(shí)體瘤的成人和兒童患者。患者必須患有在治療后病情進(jìn)展的癌癥和/或沒有令人滿意的替代治療方法。拉羅替尼的獲批是繼派姆單抗之后，F(xiàn)DA 批準(zhǔn)的第二款用于治療癌癥的組織不可知藥物。

另一種 TRK 抑制劑恩曲替尼 (RXDX‐101) 于 2017 年被 FDA 授予突破性療法認(rèn)定，但尚未獲準(zhǔn)用于治療NTRK陽性、局部晚期或轉(zhuǎn)移性實(shí)體瘤的成人和兒童患者，這些患者要么在之前的治療后病情出現(xiàn)進(jìn)展，要么沒有可接受的標(biāo)準(zhǔn)治療方案。

NTRK融合檢測在過去一兩年內(nèi)發(fā)生了巨大變化，人們不斷通過各種不同的檢測方法發(fā)現(xiàn)新情況。下表中顯示的NTRK融合?(表4)取自 2018 年最初發(fā)表的一項(xiàng)研究。盡管當(dāng)時(shí)很全面，但該表并不包含 2019 年如今已知的融合完整列表。IHC 已被用作初步篩查工具，為高度敏感但可用性較低且價(jià)格昂貴的分子檢測方法提供信息。然而，現(xiàn)在很明顯，IHC 沒有足夠的靈敏度來檢測所有現(xiàn)有的NTRK融合編碼蛋白，這意味著腫瘤樣本從一開始就應(yīng)該使用 FISH 或 NGS 進(jìn)行檢測。總之，臨床醫(yī)生需要了解所有 3 個(gè) TRK 靶點(diǎn)，并為所有靶點(diǎn)安排充分的測試。

種系改變及其檢測 

基因突變可以是體細(xì)胞突變或生殖細(xì)胞突變；前者在出生后自發(fā)發(fā)生，而后者是遺傳的（即出生時(shí)存在）。腫瘤基因（體細(xì)胞）檢測可檢測出實(shí)際上可能是生殖細(xì)胞變異的突變，但生殖細(xì)胞變異需要在來自腫瘤宿主的匹配正常樣本（例如從白細(xì)胞、口腔拭子或培養(yǎng)的皮膚成纖維細(xì)胞中提取的 DNA）中確認(rèn)。疑似生殖細(xì)胞突變和基因檢測與癌癥治療和預(yù)防相關(guān)。患者有可能在其他部位患上腫瘤，或家庭成員有可能患上癌癥，尤其是早發(fā)性惡性腫瘤。

桌子?表5列出了可能為種系的體細(xì)胞突變。此表指示了如果在患者的腫瘤概況中發(fā)現(xiàn)指定的體細(xì)胞突變，則應(yīng)進(jìn)行種系檢測的癌癥類型。

表 5:廣為人知的體細(xì)胞突變也可能是種系突變

縮寫：GI，胃腸道。

表格改編自：Lartigue J. 癌癥中種系突變和體細(xì)胞突變之間的界限模糊。Oncol Live。2017；18。onclive.com/publications/oncology-live/2017/vol-18-no-13/blurring-the-lines-between-germline-and-somatic-mutations-in-cancer。2019年 2 月 6 日訪問

腫瘤基因修飾主要有 3 類，它們之間的差異很大，但預(yù)期這些基因修飾反映了種系變化。第一類包括與罕見種系改變相關(guān)的常見腫瘤突變。例如，超過 60% 的肺癌患者存在TP53突變。盡管TP53突變可以在 Li‐Fraumeni 綜合征中遺傳，但這種家族性綜合征很少見。大多數(shù)人認(rèn)為，除非個(gè)人或家族病史提示有這種綜合征，否則幾乎不需要進(jìn)行種系檢測。第二類包括可能與家族性綜合征相關(guān)的中等常見體細(xì)胞突變。例如，在結(jié)腸癌中，常規(guī) MSI 或 IHC 檢測在約 12% 的腫瘤中發(fā)現(xiàn) dMMR。分子種系檢測表明，這些 dMMR 改變中約有四分之一是遺傳的。因此，腫瘤檢測應(yīng)能確認(rèn)患者的種系，并可能對家庭成員進(jìn)行進(jìn)一步評估。最后一類包括不常見的腫瘤突變，這些突變通常反映的是種系突變。例如，乳腺癌和卵巢癌患者定期進(jìn)行BRCA1和BRCA2種系檢測，特別是當(dāng)個(gè)人病史或家族病史具有提示性時(shí)。通過常規(guī)分子遺傳學(xué)腫瘤檢測，可以在其他不太可能出現(xiàn)這種突變的腫瘤患者中發(fā)現(xiàn)BRCA1 / BRCA2突變。對 100 名胰腺癌患者的分析發(fā)現(xiàn)，7 名患者有BRCA2突變，其中 4 名是種系突變。發(fā)現(xiàn)腫瘤中的BRCA1/BRCA2突變可能有助于選擇治療方法，但需要進(jìn)行種系檢測以確認(rèn)，并考慮為家人提供遺傳咨詢。

人們通常認(rèn)為，如果已經(jīng)進(jìn)行了體細(xì)胞腫瘤檢測，就不一定需要進(jìn)行種系檢測。然而，必須記住，分子遺傳腫瘤檢測可能會漏掉一小部分遺傳病例，這些病例的突變不在體細(xì)胞面板所涵蓋的熱點(diǎn)范圍內(nèi)，或者發(fā)生了大規(guī)模的缺失和重復(fù)。相反，盡管缺乏相關(guān)的臨床病史，但更大的基因組分析實(shí)際上可能會識別出以前未知的、臨床相關(guān)的種系改變，無論是新生的還是從父母那里遺傳的。

總之，考慮到種系檢測和全外顯子組測序在識別可遺傳突變方面的應(yīng)用越來越廣泛，以及個(gè)人和家族癌癥病史以及潛在的遺傳咨詢需求，醫(yī)療團(tuán)隊(duì)可以幫助為某些類型癌癥患者提供更好的治療選擇，并有助于創(chuàng)建系統(tǒng)的遺傳風(fēng)險(xiǎn)方法。