【佳學(xué)基因檢測(cè)】PrediXcan 在表型與基因型研究中的應(yīng)用
為了讓科研服務(wù)合作伙伴應(yīng)用先進(jìn)的生物信息學(xué)基礎(chǔ),佳學(xué)基因介紹了通過QTL數(shù)據(jù)集(如GTEx, 在介紹時(shí),佳學(xué)基因交替使用QTL和GTE,盡管這些分析方法可以在任何轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中使用)對(duì)GWAS變異序列進(jìn)行協(xié)調(diào)使用和注釋的方法。
在全基因組關(guān)聯(lián)分析研究中(GWAS),存大著大量的、各異的數(shù)據(jù)信息,這些研究的特點(diǎn)是使用的平臺(tái)不同,注釋的方式不同,調(diào)用的參照基因組也互不相同。
佳學(xué)基因?qū)rediXcan系列分析方法時(shí)行了深入分析,并將其移植到新一代全基因組關(guān)聯(lián)分析研究中,以建立轉(zhuǎn)錄本和人體表征的關(guān)聯(lián)性。當(dāng)變異位點(diǎn)和分析模型數(shù)量有限時(shí),分析的效果在每一個(gè)轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)的分析方法中從總體上會(huì)降低。
這說明,在一個(gè)特定的GWAS分析中,參與分析基因位點(diǎn)可能與轉(zhuǎn)錄組分析模型不能很好地進(jìn)行匹配,所以預(yù)測(cè)效果降低。佳學(xué)基因認(rèn)為,在任何一種應(yīng)用中,都需要考慮GWAS模型中的基因位點(diǎn)的變量交叉分析方式。
(責(zé)任編輯:佳學(xué)基因)