【佳學(xué)基因檢測(cè)】RNAseq科研服務(wù)單細(xì)胞測(cè)序基因檢測(cè)中的基因和外顯子定量分析

佳學(xué)基因單軌分析中使用Megadepth分析STAR輸出的拼接對(duì)齊BAM文件。Megadepth生成一個(gè)代表每個(gè)基因組基礎(chǔ)覆蓋深度的bigWig文件。Megadepth還總結(jié)了提供的BED文件中定義的基因組間隔內(nèi)的測(cè)序覆蓋率。佳學(xué)基因通過(guò)從一個(gè)或多個(gè)基因注釋中獲取所有不相交的外顯子間隔來(lái)構(gòu)建這個(gè)BED文件。這使佳學(xué)基因可以為合作科研提供能夠使用Megadepth對(duì)間隔進(jìn)行量化，然后在聚合步驟中將結(jié)果數(shù)量相加為所有相關(guān)注釋的外顯子和基因水平數(shù)量。

鑒于Megadepth對(duì)不相交的外顯子間隔的覆蓋率，Monorail的聚合器使用一個(gè)定制工具將這些加總為一整套帶注釋的基因和外顯子。結(jié)果是一個(gè)標(biāo)簽分隔值（TSV）文件，包含一組基因注釋中所有基因和外顯子的覆蓋率總和。這是數(shù)據(jù)在重新統(tǒng)計(jì)中采用的形式；作為一個(gè)TSV文件，它一般與各種編程語(yǔ)言和分析環(huán)境兼容。當(dāng)科研外包研究人員使用R/Bioconductor軟件包獲取此數(shù)據(jù)時(shí)，軟件包會(huì)將TSV文件轉(zhuǎn)換為RangedSummarizedExperiment對(duì)象，其中包含所有相關(guān)的行和列元數(shù)據(jù)。