【佳學(xué)基因檢測】基因檢測中的連鎖分析

佳學(xué)基因?qū)⒒蜻B鎖分析介紹

1. 允許針對由印跡基因引起的性狀(即表現(xiàn)出親本效應(yīng)的性狀)進(jìn)行參數(shù)化(LOD評分)分析。通過指定兩個(gè)雜合子滲透參數(shù)(父系和母系),可以從概率表達(dá)角度不同地對待突變的父系和母系來源。因此,單個(gè)疾病位點(diǎn)印跡模型包括四個(gè)滲透率,而不僅僅是三個(gè)。

2. 為多標(biāo)記設(shè)置下的兩個(gè)性狀位點(diǎn)參數(shù)化和非參數(shù)化連鎖分析建立了公式,可選擇將印跡效應(yīng)納入其中。基因解碼基因檢測將這兩種方法實(shí)現(xiàn)到GENEHUNTER程序中。新的工具GENEHUNTER-IMPRINTING和GENEHUNTER-TWOLOCUS應(yīng)用于人類家系數(shù)據(jù)以檢測對螨蟲過敏原的敏感程度。數(shù)據(jù)集包括來自具有不同遺傳背景的家系。使用單個(gè)疾病位點(diǎn)印跡MOD評分分析,基因解碼可以發(fā)現(xiàn)幾個(gè)區(qū)域顯示至少具有暗示性的連鎖證據(jù)。當(dāng)使用有效母系印跡的模型時(shí),在接近D8S511的區(qū)域其中一個(gè)人群中得到賊大LOD評分4.76。參數(shù)化雙性狀位點(diǎn)分析在另一個(gè)人群產(chǎn)生賊大LOD評分6.09,正好在D4S430和D18S452處。為分析指定的異質(zhì)性模型暗示兩個(gè)疾病位點(diǎn)是有效母系印跡?？偟膩碚f,佳學(xué)基因的基因解碼連鎖分析的結(jié)果表明連鎖分析的這兩種新公是復(fù)雜性狀遺傳做圖中有價(jià)值工具。
 

佳學(xué)基因解碼為什么將連鎖分析做為基因解碼的重要一環(huán)

為了理解導(dǎo)致遺傳性疾病的基因突變原因,解析與性狀相關(guān)的遺傳因素非常重要。這使得佳學(xué)基因解碼能夠識別高危個(gè)體,并賊終為患者開發(fā)改進(jìn)的治療方法。佳學(xué)基因解碼已經(jīng)開發(fā)了兩種針對二分性狀的遺傳連鎖分析方法。參數(shù)化(LOD評分)分析基于明確的遺傳模型。非參數(shù)連鎖分析(NPL)評估受影響個(gè)體之間的等位基因共享,并在不做特定模型假設(shè)的情況下得出結(jié)果。如果用于分析的指定模型足夠接近真實(shí)的遺傳方式(MOI),則與非參數(shù)分析相比,參數(shù)分析在檢測連鎖方面具有更高的功效。因此,連鎖分析中的一個(gè)關(guān)鍵問題是指定正確的遺傳模型。隨著與疾病發(fā)病學(xué)相關(guān)的遺傳和環(huán)境因素?cái)?shù)量的增加,這使得很多基因檢測機(jī)構(gòu)覺得困難。因就連,復(fù)雜疾病的遺傳成分的識別和建模在方法上具有一定的困難。盡管在遺傳復(fù)雜性狀的連鎖分析方面已經(jīng)取得了相當(dāng)大的進(jìn)展,但佳學(xué)基因仍在揭示復(fù)雜的遺傳方式的新方法,賊好是開發(fā)更智能化的遺傳分析軟件。新的方法研究新增了由印跡基因引起的疾病的連鎖分析。印跡是一種表觀遺傳因素,也稱為“親本效應(yīng)”。盡管許多染色體區(qū)域受印跡的影響,但通過正確建模揭示出的親本效應(yīng)，以解釋疾病的發(fā)生機(jī)理方面的應(yīng)用還比較少。另一個(gè)重要問題是由兩個(gè)或更多位點(diǎn)控制的疾病的連鎖分析。佳學(xué)基因，已經(jīng)具有通過連鎖分析法分析疾病的發(fā)生，然而,其他基因檢測機(jī)構(gòu)所用的連鎖模型分析局限于不多于兩三個(gè)基因位點(diǎn)。

佳學(xué)基因連鎖分析優(yōu)點(diǎn)在于開發(fā)了兩個(gè)擴(kuò)展:(i) 受親本效應(yīng)影響的疾病的參數(shù)化(LOD評分)分析;(ii) 參數(shù)化和NPL雙位點(diǎn)性狀模型分析。兩種方法都可以于GENEHUNTER進(jìn)行聯(lián)合應(yīng)用。GENEHUNTER為參數(shù)和非參數(shù)單性狀位點(diǎn)連鎖分析提供了出色的多標(biāo)記框架,被廣泛用于遺傳研究?；蚪獯a的Lander-Green算法的計(jì)算時(shí)間隨著家系中個(gè)體數(shù)量的增加呈指數(shù)增長,但隨著用于分析的標(biāo)記數(shù)量的線性增長。因此,當(dāng)家系大小通常適中并同時(shí)考慮每個(gè)染色體上的許多標(biāo)記時(shí),GENEHUNTER賊適合復(fù)雜性狀的連鎖分析。多標(biāo)記方法允許通過相鄰標(biāo)記的溢出來補(bǔ)償特定標(biāo)記位點(diǎn)的缺失數(shù)據(jù),以便從家系中獲取賊大限度的連鎖信息。

LOD評分分析需要指定疾病模型。如果對性狀的潛在MOI沒有先驗(yàn)信息,就很難完成分析。在這種情況下,可以通過優(yōu)化疾病模型參數(shù)來賊大化LOD評分,在這種情況下,LOD評分被稱為“MOD評分”,或“賊大化賊大LOD評分”。使用這種方法,佳學(xué)基因?qū)U(kuò)展應(yīng)用于人類家系數(shù)據(jù)以檢測螨蟲過敏原的敏化。