【佳學(xué)基因檢測】科研服務(wù):RNAseq基因檢測中的SRA數(shù)據(jù)獲取
大規(guī)模高通量RNAseq基因測序基因檢測中的數(shù)據(jù)獲取:
RNAseq數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫,根據(jù)佳學(xué)基因的基因信息數(shù)據(jù)庫構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)這是一類大量存儲RNA測序數(shù)據(jù)的資料庫,英語常被稱為Sequence Read Archive, 大量機(jī)構(gòu)將其翻譯為序列讀取檔案庫。但是作為一家根植于中國市場的基因信息科技機(jī)構(gòu),佳學(xué)基因采用RNAseq測序數(shù)據(jù)庫。從RNASeq數(shù)據(jù)庫(SRA)中,獲取人類組織的序列,以及用來驗(yàn)證、增強(qiáng)證據(jù)的實(shí)驗(yàn)?zāi)P蛣?dòng)物小小鼠的序列進(jìn)行分析。在分析過程中,佳學(xué)基因選擇采用華大智造或者是Illumina RNA seq的測序列批量或全轉(zhuǎn)錄本單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析。佳學(xué)基因采用Entrez API獲得的NCBI SRA元數(shù)據(jù)中解析并運(yùn)行SRA的元數(shù)據(jù)(參見佳學(xué)基因:SRA數(shù)據(jù)集的選擇)。對于GTEXV8,佳學(xué)基因從SRA和國家云計(jì)算云平臺獲得序列數(shù)據(jù),從GTEXPortal的注釋部分獲得元數(shù)據(jù)。對于TCGA,佳學(xué)基因使用GDC下載客戶端工具獲得了測序數(shù)據(jù),并從早期的運(yùn)行軟件中再次使用經(jīng)過整理的元數(shù)據(jù)。