??【佳學基因檢測】ACMG:重新評估和重新分析基因檢測結(jié)果的要點

編者按：基因測序成本的降低和人們對基因的作用的承認，使得基因檢測在疾病診斷和治療中的作用越來越現(xiàn)實和適用。盡管基因解碼將基因檢測推進到一個新的技術(shù)水平，基因檢測仍然是部分臨床大夫根深蒂固的概念。本文根據(jù)美國遺傳與基因組學學院（ACMG)的指南介紹了基因檢測結(jié)果分析和評價中的幾個要點。

基因測行成本的降低和臨床診斷基因?qū)＠Ｗo的消除使臨床實驗室能夠使用測序、微陣列和其他方法提供越來越更多的基因檢測，從而產(chǎn)生大量數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)的分析成為一種需求。臨床實驗室的基因分析面臨的一個重大挑戰(zhàn)是提供正確一致的變異分類。 ?一直以來，對基因變異序列進行分類受到對基因 - 疾病關(guān)系的認的滯后的制約，同時也受到缺乏臨床實驗室和其他來源公開數(shù)據(jù)（包括參考數(shù)據(jù)）的阻礙。???隨著越來越多的臨床實驗室通過公共數(shù)據(jù)庫交換變異分類數(shù)據(jù)，對變異分類中的差異有了更清晰的認識。

認識到現(xiàn)有的注釋框架需要改進，美國醫(yī)學遺傳學和基因組學學院（ACMG）在2011年創(chuàng)建了拷貝數(shù)變異解釋標準（參考文獻3），并在2015年公布了更新的序列變標準 （參考文獻4）。隨著公共和私立機構(gòu)來自患者和健康人的變異和表型信息量增加，致病性計算方法的不斷改進，功能研究的日益積累，關(guān)于變異分類的知識不斷演變。變異分類是一個持續(xù)變化的過程。對于曾經(jīng)做過的變異分類進行反復評估，仍會不斷受益。

此外，個體的表型隨著時間的推移而發(fā)展，在進行初始變異分類后，新的相關(guān)表現(xiàn)可能才會出現(xiàn)。而且，隨著新的具有相同基因型的個體的增加，對于一個疾病的表型譜的認識也在增加。 因此，在一個個體中看到的變異序列的影響可能并不總是清晰的，而且在變異序列賊初被發(fā)現(xiàn)時，這些變異序列可能并沒有報道。由于許多臨床基因分析無法明確一個或多個明確的致病性改變，不能充分解釋受檢者的臨床表征，在研究尋找新的基因疾病和變異序列與疾病的關(guān)系時，對基因檢測的結(jié)果重新分析是至關(guān)重要的。

臨床基因檢測結(jié)果的解釋發(fā)生改變是讓人期待的。醫(yī)務人員及臨床檢驗實驗室都希望使用新出現(xiàn)的證據(jù)對基因檢測結(jié)果進行重新分析以幫助患者和患者家庭得到合適的臨床治療。然而，定期重新評估DNA的序列變化需要實驗室和臨床醫(yī)生花費大量時間和金錢，卻得不得適當?shù)难a償。因此，重新分析應當使得醫(yī)療效果賊大化，同時盡量減輕實驗室和醫(yī)療系統(tǒng)的負擔。以下要點是為臨床醫(yī)生，臨床實驗室基因檢測工作者，遺傳咨詢師以及其他健康界從業(yè)員提供的信息指導。更具體地說，本文旨在幫助實驗室制定適用于其具體情況和臨床場景的變異序列和疾病案例重分析的政策和方案以及每種臨床情景所呈現(xiàn)的具體情況。

變異序列的重新評估

變異序列的重新評估主要是指對曾經(jīng)報道過的變異序列的質(zhì)疑和重新分類。它可能是應外在的請求（如臨床醫(yī)生和病人），或者是由實驗室提出?？梢酝ㄟ^系統(tǒng)分析選定的變異序列，也可以是在新的案例中檢測已報道過的變異序列。

臨床案例的重新分析

臨床案例的重新分析是指對一個外顯子或基因組中的所有變異序列進行分析，即包括報道過的變異序列，也包括未報道的變異序列。一般來說，這是在經(jīng)過知識收集、生物信息分析后用于發(fā)現(xiàn)可能的致病的變異序列。案例重分析可能只是指對已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的變異序列的重新評價，或者是，在合適的情況下，重新進行整個分析過程（包括測序結(jié)果的坐標標記，變異序列調(diào)出，對變異序列進行過濾和數(shù)據(jù)庫注釋）。這一過程中可能會應外在的要求而進行（如臨床醫(yī)師或病人的要求），或者是應實驗室的要求進行，以滿足對生物信息分析工具不斷優(yōu)化的要求，從而對懸而未決的案例進行周期性分析。

總體考慮

• 醫(yī)學檢驗實驗室對于初始變異分類，變異序列重新評估和疾病案例再分析應當有不同的規(guī)定和方案，而且應當定期檢查和更新（例如，美國病理學家學會建議至少每兩年一資審查所有政策和方案），至少每兩年一次）。當受檢者需要時，實驗室應當可以提供這些規(guī)定和政策。
• 臨床檢驗實驗室應當及時回應進行變異序列重新評估和疾病案例重新分析的請求。應當為回應這些請求制定規(guī)章制度。
• 在實驗室內(nèi)部建立并維護不斷更新的已經(jīng)分類的變異序列數(shù)據(jù)庫對于提供正確一致的變異序列分類是至關(guān)重要的。
• 臨床實驗室提供的文件（例如，同意書，報告）應包括通過新發(fā)現(xiàn)，增強的臨床相關(guān)性、功能或流行病學研究而引起的變異序列分類明顯變化。
• 對基因數(shù)據(jù)的進行重新評估/再分析需要臨床實驗室的專業(yè)服務時，可能需要額外的費用。建立收費機制，并由人付費對于盡力做到臨床基因檢測的成功是至關(guān)重要的。
• 除了向臨床醫(yī)生發(fā)布正式報告外，臨床實驗室還應定期向公共數(shù)據(jù)庫（例如ClinVar）提交變異序列分類、變異序列重分類和更新的疾病表征信息。提交材料應附有支持分類或重新分類的證據(jù)摘要。

變異序列重評估考慮要點

• 在制定變異序列重新評估的實驗室政策和方案時，優(yōu)先考慮使工作的臨床效益賊大化。例如，具有高度確信的描述或目前不被認為具有臨床意義的變異序列（即，良性或可能是良性的）的變異序列分類與具有不確定或可能致病性分類變異序列相比，應當較少地進行重新評估。
• 對臨床實驗室的全部內(nèi)部變異序列數(shù)據(jù)庫進行常規(guī)重新評估可能是不切實際的。但是，在以下情況下，可以進行部分、自動審核或優(yōu)先審核。
  • 有了新的數(shù)據(jù)庫資源（例如，gnomAD）
  • 發(fā)布和/或采用新的/更新的變異評估方法
  • 發(fā)表了支持新的基因 - 疾病關(guān)系和/或疾病機制的證據(jù)
• 在重新評估時，任何在實施現(xiàn)行ACMG變異序列分類標準之前的變異序列分類應使用當前的ACMG標準進行重新評估。
• 使用實驗室現(xiàn)行的方案進行的分類沒有任何不確定時（致病的，良性）分類時，可以采用現(xiàn)行變異序列分類方案而不需要重新評估。