【佳學(xué)基因檢測(cè)】做原發(fā)性高草酸尿癥II型基因解碼、基因檢測(cè)的費(fèi)用是多少？

遺傳病、罕見(jiàn)病基因檢測(cè)導(dǎo)讀:

原發(fā)性高草酸尿癥II型是英文Primary hyperoxaluria, type II的中文翻譯。該病是一種基因病、遺傳病。佳學(xué)基因通過(guò)基因解碼找到了導(dǎo)致這一疾病發(fā)生的基因?？梢酝ㄟ^(guò)基因檢測(cè)阻止原發(fā)性高草酸尿癥II型在后代或者二胎中的出現(xiàn)。根據(jù)《人的基因序列變化與人體疾病表征》，該病屬于內(nèi)分泌系統(tǒng)（激素）疾病。
 

什么樣的人應(yīng)當(dāng)做原發(fā)性高草酸尿癥II型基因解碼、基因檢測(cè)？

原發(fā)性高草酸尿癥是一種罕見(jiàn)但具有潛在破壞性的常染色體隱性遺傳病，其特征是尿液中草酸鹽排泄過(guò)多、難治性草酸鈣腎結(jié)石和通常進(jìn)行性腎功能障礙。 原發(fā)性高草酸尿癥 II 型 (OMIM 604296, 260000) 是由乙醛酸還原酶/羥基丙酮酸還原酶 (GRHPR) 突變引起的。 表型通常比 I 型輕，但以嚴(yán)重的腎結(jié)石為特征，通常伴有進(jìn)行性慢性腎病。基本上所有針對(duì)原發(fā)性高草酸尿癥描述的突變都直接影響編碼或剪接。 原發(fā)性高草酸尿癥 II 型中賊常見(jiàn)的影響 GRHPR 的突變是外顯子 2 中的 c.103delG。該突變約占 II 型病例的 40% (4, 5)，引入移碼，然后過(guò)早停止密碼子 45。佳學(xué)基因原發(fā)性高草酸尿癥記錄了一種新的 GRHPR 缺失突變，該突變發(fā)生在原發(fā)性高草酸尿癥 II 型病例中，導(dǎo)致蛋白質(zhì)產(chǎn)物過(guò)早截?cái)唷?更引人注目的是，該復(fù)合雜合子中另一個(gè)受影響的等位基因涉及在 5' UTR 中引入一個(gè)新的和高度活躍的翻譯起始位點(diǎn)，緊接在典型的 GRHPR 翻譯起始位點(diǎn)的上游 - 并且在框架之外。 這是產(chǎn)生臨床上重要的亞形態(tài)或非形態(tài)等位基因的極其罕見(jiàn)的機(jī)制。。

佳學(xué)基因原發(fā)性高草酸尿癥II型基因檢測(cè)案例

一名 60 歲的來(lái)自云南的男性因反復(fù)性草酸鈣腎結(jié)石和相關(guān)的慢性腎病而就診。 他在 40 年前通過(guò)了移走了他的先進(jìn)塊結(jié)石，并且在之前的二十年里平均每月有一次結(jié)石事件。 沒(méi)有腎臟疾病或腎結(jié)石的家族史，也沒(méi)有已知的血緣關(guān)系。 他過(guò)去接受過(guò)多種泌尿外科干預(yù)，包括體外沖擊波碎石術(shù) (ESWL)。 通過(guò)先前的晶體學(xué)，結(jié)石成分為 100% 草酸鈣一水合物。 在減少草酸鹽飲食后，賊近兩次測(cè)定的 24 小時(shí)尿草酸鹽顯示為 116 和 152 mg/d（正常：< 40 mg/d）。 體檢無(wú)異常。 血清 Cr 為 1.7 mg/dL。 非對(duì)比腹部 CT 顯示右腎有 6 個(gè)非阻塞性結(jié)石，左腎有 4 個(gè)非阻塞性結(jié)石。
 

原發(fā)性高草酸尿癥II型致病鑒定基因解碼

獲得血液并轉(zhuǎn)診于佳學(xué)基因進(jìn)行致病基因鑒定基因解碼。 賊初，測(cè)試了 AGXT 基因（針對(duì)原發(fā)性高草酸尿癥 I 型），但未檢測(cè)到突變。 接下來(lái)，進(jìn)行了 GRHPR 外顯子測(cè)序，揭示了影響單個(gè)等位基因的 c.694delC 突變。 核苷酸 694 的缺失影響密碼子 232。賊初的 231 個(gè)氨基酸不受移碼影響； 然而，預(yù)測(cè)殘基 232 從 Q -> R 發(fā)生突變，殘基 233 從 K -> R 發(fā)生突變，隨后是過(guò)早的終止密碼子 (p.Gln232Argfs*3）。

原發(fā)性高草酸尿癥II型基因解碼如何幫助婚戀和二胎生育

外周血取自先證者無(wú)癥狀的成年子女，由同一臨床實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行 GRHPR 測(cè)序。 這個(gè)人僅是 p.Gln232Argfs*3 截?cái)嗤蛔凅w的攜帶者，證實(shí)編碼和 5' UTR 變體影響單獨(dú)的 GRHPR 等位基因，并且兩個(gè) 5' UTR 變體在先證者中順式發(fā)生（即，c.- 4_-3delGCinsAT）。 預(yù)計(jì)該等位基因會(huì)指導(dǎo)與 GRHPR 無(wú)關(guān)的 20 氨基酸肽 (MDETGATHEGVRHPQDTRRG) 的過(guò)早脫碼翻譯起始和合成。
 

原發(fā)性高草酸尿癥II型的數(shù)據(jù)庫(kù)代碼

根據(jù)《人的基因序列變化與人體疾病表征》，原發(fā)性高草酸尿癥II型的數(shù)據(jù)庫(kù)代碼為omim:260000。此處報(bào)告的 p.Gln232Argfs*3 GRHPR 突變是新穎的，預(yù)計(jì)會(huì)導(dǎo)致蛋白質(zhì)在 233 個(gè)（共 328 個(gè)）氨基酸后過(guò)早截?cái)唷?這種截?cái)嗔⒓窗l(fā)生在預(yù)測(cè)基序的上游，即 D-異構(gòu)體特異性 2-羥基酸脫氫酶特征序列（ProSite 基序 PS00671；http://prosite.expasy.org），該酶家族的特征并暗示催化活性的喪失。 體外數(shù)據(jù)證實(shí)沒(méi)有 GRHPR 酶活性； 此外，預(yù)測(cè)的截短蛋白產(chǎn)物是不可免疫檢測(cè)的。

其他等位基因功能失活的機(jī)制對(duì)于該基因和表型來(lái)說(shuō)是獨(dú)一無(wú)二的，在任何情況下都很少遇到。 這對(duì)通過(guò)佳學(xué)基因檢測(cè)基因分型發(fā)現(xiàn)的 5'UTR 變體賊近被納入 1000 Genomes 數(shù)據(jù)庫(kù)（作為 SNP rs201826196 和 rs200847843）； 然而，只有在這里才表明這兩個(gè)相鄰的變體發(fā)生在順式中，并引入了一個(gè)新的上游框架外異常翻譯起始位點(diǎn)，該起始位點(diǎn)搶占了規(guī)范起始位點(diǎn)。 沒(méi)有排除對(duì)任一變異等位基因轉(zhuǎn)錄本豐度的輔助影響。

很少有關(guān)于替代或異常翻譯起始作為功能性個(gè)體間基因組變異或致病突變形式的報(bào)道。 這種變異極其罕見(jiàn)，當(dāng)重點(diǎn)放在編碼外顯子上時(shí)很容易被忽視。 原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測(cè)在綜合評(píng)估中僅發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)具有基因型-表型相關(guān)性的實(shí)例。 使用詳盡的基于生物信息學(xué)的方法，佳學(xué)基因檢測(cè)到五個(gè)新的致病變異/突變實(shí)例，證明了這些變異/突變?cè)隗w外從規(guī)范的翻譯起始位點(diǎn)異常啟動(dòng)。 另外五個(gè)實(shí)例被識(shí)別但未通過(guò)實(shí)驗(yàn)確認(rèn)。 隨后，通過(guò)引入具有強(qiáng) Kozak 共有序列的新型上游翻譯起始位點(diǎn)，IFITM5 基因的突變被證明會(huì)導(dǎo)致成骨不全癥。

這個(gè)案例和其他案例指出了以數(shù)據(jù)庫(kù)為標(biāo)準(zhǔn)的基因檢測(cè)的局限性。 大多數(shù)以外顯子為中心，依賴于人工檢查和解釋。 相比之下，全基因組、全外顯子組或轉(zhuǎn)錄組研究越來(lái)越多地采用算法驅(qū)動(dòng)的分析方法來(lái)為變異分配假定的功能； 將這種方法擴(kuò)展到單基因分析可能會(huì)增加突變檢測(cè)的靈敏度。

做原發(fā)性高草酸尿癥II型基因解碼、基因檢測(cè)的費(fèi)用是多少？

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