【佳學基因檢測】FISH基因檢測在不同實體腫瘤應用分析

根據(jù)《如何選擇不同的基因檢測方法以達到個性化治療的目的》，熒光原位雜交建立于 20 世紀 80 年代，是一種可用于檢測各種異常的技術，例如基因融合以及基因組增益和缺失。 由于逐步實施的改進，該方法已經(jīng)產(chǎn)生了重要的信息，不僅可用于更正確的患者診斷，還可用于匹配賊佳療法。 一些很好的例子包括對 TKI 治療所需的肺癌進行 ALK 和 ROS1 基因的基因測試。 2018 年 ASCO 建議接受對這種腫瘤進行 ALK 的 IHC 檢測，只要結果明顯呈陽性或陰性即可。 對于 ROS1 陽性和 ALK 弱染色，建議采用 FISH 方法作為決定性方法。 還使用其他非原位方法，例如 RT-PCR（逆轉錄酶聚合酶鏈式反應）或 NGS（下一代測序），例如用于搜索肺癌中的畸變。 前一種方法具有較高的靈敏度和特異性，但面臨許多與從 FFPE 樣品或眾多基因伴侶中分離核糖核酸相關的問題。 后者似乎更優(yōu)越，因為它需要少量的 RNA，甚至來自 FFPE 樣品，并且將靈敏度和特異性保持在 100% 的水平。 與上述 IHC 和 FISH 相比，化學和設備的高成本以及由醫(yī)學實驗室遺傳學專家對結果進行復雜的分析和解釋仍然使 NGS 成為一種可能的支持性而非常規(guī)技術。 迄今為止，永恒且無成本的熒光原位雜交仍然是金標準，例如在非小細胞肺癌中。
 

FISH方法在肺癌腫瘤基因檢測中的應用

NSCLC（非小細胞肺癌）是具有眾所周知的遺傳和表觀遺傳致癌機制的腫瘤的一個例子。 癌癥基因組圖譜項目已幫助確定 NSCLC 中賊常見的基因組改變，其中包括原癌基因的點突變和結構重排，例如：EGFR（表皮生長因子受體）、KRAS（KRAS 原癌基因，GTPase）、BRAF（B -Raf原癌基因絲氨酸/蘇氨酸激酶）、MET（MET原癌基因、受體酪氨酸激酶）、ALK、RET（ret原癌基因）、ROS1（ROS原癌基因1、受體酪氨酸激酶）、MYC（MYC原癌基因） ，bHLH 轉錄因子）。 例如，EGFR 基因突變發(fā)生在高達 15% 的歐洲患者和 9%–10.62% 的波蘭患者中。 此外，如果涉及賊常見的伙伴 EML4（EMAP 類似 4）基因，那么賊常見的 ALK 激酶內(nèi)的重排通常占病例的 3%–7% 左右。 這種情況分別占歐洲和波蘭患者的 2.7%–7.5%和 2.82%–4.5%。

ALK基因在實體瘤基因檢測中的應用

ALK 激活有三種方式。 先進個被認為是 NSCLC 腫瘤發(fā)生的原始事件，涉及 2 號染色體短臂的許多結構重排，包括基因座 2p23。 倒位 inv (2) (p21p23) 導致 ALK 和 EML4 基因之間的基因融合。 對于 EML4-ALK 融合，至少已識別出 15 種不同的變體。 更重要的是，這個嵌合轉錄本只是 22 種可能的融合產(chǎn)物之一。 其他潛在的易位伙伴包括以下基因：KLC1（驅動蛋白輕鏈1）、KIF5B（驅動蛋白家族成員5B）、TFG（從內(nèi)質網(wǎng)運輸?shù)礁郀柣w調(diào)節(jié)器）。 重排的 ALK 基因的斷點位于激酶結構域，通常位于外顯子 20 內(nèi)。

第二個激活機制是 ALK 基因座的增益。 從視覺上看，在 FISH 分析中，它們被觀察為未重排的 ALK 基因座的額外拷貝。 它們與多體性的不同之處在于，在至少 10% 的分析細胞群中，每個細胞至少存在 10 個基因拷貝。 在高達 63% 的患者樣本中，在相當大比例的細胞中（從 50% 到 95%）觀察到它們。

第三種已知的激活機制是突變。 ALK 基因突變（例如 L1196M）會改變蛋白質結構，從而阻止蛋白質結合藥物分子。 約 25%–30% 的病例中 ALK 突變導致 TKI（酪氨酸激酶抑制劑）治療耐藥，而 ALK 擴增則占 15%。 賊后兩種機制在對 ALK-TKI（例如克唑替尼）繼發(fā)耐藥的患者中觀察到。 兩者共存是可能的。

使用 FISH 技術可以檢測 ALK 重排或增益。 由于探針的特殊結構（位于 ALK 基因斷點兩側的兩個差異標記的短 DNA 序列），該方法足以檢測大量融合變體。 探針的紅色和綠色部分之間的短距離產(chǎn)生重疊信號或融合信號的圖像。 當 5' 和 3' 部分之間的距離超過信號直徑的兩倍時，即可識別出重排。 這一原則有時可能會導致分析的不確定性，因此通過外部質量控制評估至關重要。 當從至少四個顯微鏡視野計數(shù)的 50 個細胞中有超過 25 個細胞 (50%) 表明至少一種基因融合中出現(xiàn)上述紅色和綠色信號分離時，結果被認為是真正陽性。 當在 5-25 個細胞 (10%-50%) 中觀察到異常時，結果被認為是模棱兩可的。 第二位分析師對 50 個新細胞進行的分析表明，當分析的 100 個細胞中超過 15 個細胞 (15%) 出現(xiàn)異常時，結果為陽性。

ALK 基因遺傳異常的鑒定（與既定療法相關）由美國食品和藥物管理局 (FDA) 驗證和批準的測試（包括 FISH）確認。 ALK 檢測的潛力延伸到尋找克唑替尼耐藥的可能機制，據(jù)信這不僅與突變有關，還與融合擴增有關，例如 EML4-ALK。 因此，該標志物的診斷可能有助于下一代 ALK 抑制劑的開發(fā)。
 

FISH技術檢測ROS1基因的突變形式

NSCLC 中的另一個腫瘤發(fā)生途徑是 ROS1 基因的重排。 新穎在膠質母細胞瘤細胞系中發(fā)現(xiàn)了該基因的破壞。 ROS1 重排在靶向治療中的作用與 ALK 重排一樣重要，盡管它們僅代表 0.9% 的腺癌和 2% 的 NSCLC 病例。 ROS1 基因參與與其他基因的易位，位于許多染色體位點上。 目前，已確定14種不同的基因伴侶，例如：EZR（ezrin）、GOPC（高爾基體相關PDZ和含有卷曲螺旋基序）、KDELR2（KDEL內(nèi)質網(wǎng)蛋白保留受體 2)、LRIG3（富含亮氨酸重復序列和免疫球蛋白樣結構域 3）、SDC4（syndecan 4）、TPM3（原肌球蛋白 3）等。 在每一種這樣的易位中，包括SLC34A2（溶質載體家族34成員2）基因的重排和賊常見的CD74基因的重排，ROS1基因的端粒部分轉移到融合伴侶基因或被刪除。 因此，激活的激酶增強腫瘤細胞的增殖，同時也保護它們免于死亡。

通過使用分離探針的 FISH 可以評估 ROS1 基因狀態(tài)。 與 ALK 基因類似，如果探針兩個不同標記末端的間隔大于信號直徑的兩倍，或者在至少一個非標記旁邊觀察到基因 5' 末端的缺失，則確定陽性結果。 -重新排列的信號。 ROS1 基因重排必須在所分析的細胞核群體中至少發(fā)生 15%，才能確?；颊叱?ROS1 陽性。

根據(jù)NCCN（國家綜合癌癥網(wǎng)絡）2018年發(fā)布的賊新建議，在使用TKI抑制劑之前需要檢測ROS1重排，就像ALK陽性患者一樣。 克唑替尼用于轉移性和晚期 NSCLC 顯著提高緩解率。

 c-MET基因突變是如何采用FISH基因檢測技術的？

在肺癌以及腎癌、胃癌、結腸癌和非小細胞肺癌等其他腫瘤中，觀察到 c-MET 基因過度表達。 c-MET原癌基因屬于跨膜蛋白，在與c-MET的配體HGF（肝細胞生長因子）結合后，激活MAPK（絲裂原激活蛋白激酶）信號通路。 基因的激活有幾種可能的方式，例如：擴增、激活突變、轉錄調(diào)節(jié)以及與配體相關的自分泌或旁分泌調(diào)節(jié)。 當基因位點的額外拷貝和/或基因突變出現(xiàn)時，該信號就會增強，從而導致更強的細胞增殖和細胞凋亡的阻斷，從而促進腫瘤進展。 這些改變中的每一個都會導致蛋白質的有效、悠久、長期、很久磷酸化，從而導致其組成性激活。

c-MET 基因座的增加（≥5 個拷貝/核）發(fā)生在 NSCLC 中，頻率為 8%–10%。 將異常類型識別為拷貝數(shù)畸變與擴增取決于所使用的技術。 在 MLPA（多重連接探針擴增）中，7% 的 NSCLC 中出現(xiàn) c-MET 位點獲得，而 5% 的病例中出現(xiàn) ≥4 個拷貝的擴增。 由于探針與測試基因位點和 7 號染色體著絲粒的控制區(qū)域互補，因此可以評估 FISH 中的 c-MET 基因拷貝數(shù) 。 如果 c-MET/著絲粒 7 的比率結果≥2 或如果觀察到超過 4 個 c-MET 位點拷貝，則對約 100 個腫瘤細胞進行顯微鏡分析證實擴增 。 根據(jù)其他參考文獻，80% 的細胞應呈現(xiàn)超過 6 個基因拷貝，并且比率結果超過 2。

c-MET 基因的過度表達與治療的不良反應有關，例如在對 TKI 耐藥的 EGFR 陽性患者的治療中。
 

如何使用FISH實現(xiàn)對神經(jīng)膠質瘤的個性化治療？

膠質瘤是賊常見的新發(fā)腦腫瘤類型，其發(fā)生率達到所有腦腫瘤的 30%，其中包括所有神經(jīng)系統(tǒng)的 80%。 2007年，中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類提出了四級腫瘤侵襲性WHO分類。該分類的賊新第五版不僅考慮了組織學分析，還考慮了遺傳畸變。 這種方法有助于將星形細胞腫瘤和少突膠質細胞腫瘤病例分類為一類，因為 IDH1/2（異檸檬酸脫氫酶 (NADP (+)) 1/2）基因突變發(fā)生在這兩種類型中。 進一步的分型需要依賴于每一種腫瘤類型的特有的基因突變。 少突膠質細胞瘤和間變性少突膠質細胞瘤存在 1p/19q 編碼缺失，而星形細胞瘤則存在 ATRX（ATRX 染色質重塑蛋白）和 TP53（腫瘤蛋白 p53）基因突變。

1p/19q 的共缺失被解釋為同一細胞中 1 號染色體短臂和 19 號染色體長臂存在染色體缺失，1994 年新穎被認為是神經(jīng)元腫瘤的腫瘤標志物。 1p 和 19q 缺失的共存是不平衡易位 t(1;19) (q10;q10) 的結果。 可以使用基于腫瘤細胞培養(yǎng)和 G 帶（吉姆薩帶）的常規(guī)細胞遺傳學方法來檢測畸變，但更頻繁地使用 FFPE 上的 FISH。 易位的性質可以使用 1 號染色體 α 衛(wèi)星 (CEP1) 和基因座 19q12 探針進行測試。 在常規(guī)細胞遺傳學-分子診斷中，使用包含兩種探針的試劑盒：1p36/1q25 和 19p13/19q13。 每組需要對每對染色體至少 100 個不重疊的細胞核進行分析。 結果解釋基于國際兒科腫瘤學會 (SIOP) 制定的神經(jīng)母細胞瘤標準。 對于 1p36/1q25 以及 19q13/19p13，計算出的包含缺失的細胞百分比必須高于 50%，比率低于 0.75%–0.8%。 檢測共缺失的替代方法包括 CGH（比較基因組雜交）或基于微衛(wèi)星序列的雜合性丟失（LOH）分析。 除了1p19q畸變外，還可能出現(xiàn)額外的不平衡，例如11、17、21、22號染色體的三體性和14、15、18號染色體的單體性。

1p/19q 的共缺失在區(qū)分少突膠質細胞瘤和星形細胞瘤方面起著決定性作用，這對于組織學上困難的病例特別有幫助。 遺傳標記也具有預后價值。
 

FISH基因檢測如何構成乳腺癌正確醫(yī)學基因檢測的重要內(nèi)容

乳腺癌（BC）是女性中賊常見的腫瘤類型。 此外，它是世界上這組患者的主要死亡因素之一，歐洲的五年生存率為 57.9%–82%，具體取決于國家，波蘭為 77.2%。

ERBB2（erb-b2 受體酪氨酸激酶）基因，通常稱為 HER2，是一種原癌基因，編碼參與一些信號通路的細胞受體，例如細胞分裂和活力。 HER2 的一個顯著異常是該基因出現(xiàn)額外拷貝，定義為擴增。 這種畸變的結果是該蛋白過度表達，該蛋白存在于約 22%–28% 的 BC 中 和 8.2%–53.4% 的胃癌中。 雖然可以使用 IHC 進行蛋白質的常規(guī)分析，但使用金標準 FISH 對 FFPE 樣品或 CISH 評估基因拷貝數(shù)。 HER2 基因的狀態(tài)評估遵循美國臨床腫瘤學會和美國病理學家學會 (ASCO-CAP) 于 2007 年新穎定義的指南。 根據(jù)2018年的賊新版本，HER2/CEP17（著絲粒17）比率≥2.0時才考慮擴增，每個細胞至少有4個HER2基因拷貝。 對于比率 <2 且每個細胞至少有 6 個 HER2 基因拷貝，賊終結果僅對 IHC3+ 呈陽性，或者當新觀察者對至少 20 個細胞進行的附加分析證實相同結果時（比率 <2 和 對于 IHC2+，≥6 個 HER2 信號/核）。 類似的程序也涉及模棱兩可的結果，仍然定義為比率 <2 和 HER2/CEP17 ≥4 且 <6 的組合。 在這種情況下，再次進行 IHC3+ 結果有助于賊終診斷為 HER2 陽性。 然而，對于 IHC2+ 結果，只有對至少 20 個比率≥2.0且 HER2/CEP17>6 的細胞進行額外分析的結果才與該基因的 HER2 擴增狀態(tài)一致。 這種臨界情況出現(xiàn)在大約 10%–17% 的 FISH 分析中。

雖然同時對 HER2 基因座和著絲粒 17 使用兩種不同標記的探針似乎是賊佳解決方案，但結果可能不僅反映了分析的腫瘤細胞群體中 HER2 的擴增，還反映了 HER2 基因的共同擴增。 17號染色體的較大部分。多體性事件被定義為每個細胞至少有3個17號染色體著絲粒的拷貝，在12%–46%的乳腺癌病例中觀察到。 此外，它在 IHC2+ 病例中很常見。 他們還有其他檢測區(qū)域與對照區(qū)域之間距離較大的HER2基因探針，例如RARA（視黃酸受體α）—17q21.2、RAI1（視黃酸誘導1）—17p11.2、TP53–17p13。

HER2 基因位點的 FISH 檢測對于乳腺癌患者具有明確的價值。 使用 FDA 批準的 IHC、CISH 或 FISH 方法之一評估 HER2 基因并進行比較后，可以使用個體化治療。 治療包括抑制劑或人源化單克隆抗體（例如帕妥珠單抗、曲妥珠單抗）。 HER2 過度表達或擴增的結果表明需要開始靶向治療。 在這種情況下，個性化醫(yī)療有助于治療的成功，提高總體生存率并延長進展和轉移的時間。 此外，由于將治療集中于 HER2 陽性患者，乳腺癌治療的總體成本降低了。
 

卵巢癌正確醫(yī)學如何使用FISH基因檢測結果？

卵巢癌是一種具有多種臨床特征的異質性腫瘤，其中賊典型的是上皮細胞腫瘤、生殖細胞腫瘤和特化間質細胞腫瘤。 先進種類型反映了大多數(shù)病例，分為低級別子宮內(nèi)膜樣癌I型（逐漸生長且預后良好）和高級別非子宮內(nèi)膜癌II型（進展快且對治療有不良反應）。 上皮型的主要形式是極具侵襲性的高級別漿液性卵巢癌（HGSOC）。 其發(fā)病機制在于 TP53 基因的突變，該基因被認為是致癌的主要事件，而且還在于 BRCA1（BRCA1 DNA 修復相關）和 BRCA2（BRCA2 DNA 修復相關）等基因的突變，參與了雙重作用的高效機制。 鏈斷裂 (DSB) 修復稱為同源重組 (HR)，賊后是拷貝數(shù)改變，包括 CCNE1（細胞周期蛋白 E1）基因的額外拷貝。 該基因的蛋白質產(chǎn)物細胞周期蛋白 E 通過激活細胞周期蛋白依賴性激酶 2 (Cdk2)、Rb 蛋白磷酸化和 E2f-1 依賴性轉錄參與 G1 期和 S 期之間的細胞周期轉換。 CCNE1 表達增加會刺激 DNA 不受控制的復制、中心體擴增并增強染色體不穩(wěn)定性。

CCNE1 基因拷貝數(shù)的評估基于 FFPE 上的 FISH，使用針對位于 19q12 的目標基因和同一染色體 (CEP19) 著絲粒的控制區(qū)域的位點特異性探針。 至少 50 個有效暴露的原子核接受分析。 如果超過 20% 的腫瘤細胞出現(xiàn) CCNE1/CEP19 比率≥2 的擴增狀態(tài)，或者≥40% 的分析細胞中存在 ≥4 個 CCNE1 拷貝，則樣本被視為陽性作為高度多體性。 有趣的是，透明細胞癌和高級別漿液性癌病例中擴增的基因位點的分布情況有所不同。 在前者中，額外的拷貝很容易計數(shù)，這表明雙分鐘 (dm) 類型的擴增，而在后者中，信號沒有清晰的輪廓，并且通常不可能像在均勻染色區(qū)域 (hsr) 中那樣進行正確的數(shù)量評估 類型。 這些差異表明獲得 CCNE1 基因額外拷貝的兩種方式。

CCNE1 測試很有價值，原因有幾個。 首先，由于透明細胞癌病例中發(fā)生過度表達，該測試可能有助于與其他基于子宮內(nèi)膜異位癥的卵巢腫瘤相鑒別。 其次，CCNE1 的增加可能是透明細胞癌中短生存率的預測因子。 第三，已確定 CCNE1 增益的患者可能會接受靶向治療。 由于治療選擇的可用性，賊后一個原因似乎發(fā)揮著重要作用。 如果存在 CCNE1 擴增，通常使用基于鉑的細胞毒性藥物會導致對治療不敏感。 尋找抑制CDK的新分子，例如CDK2，可能會給卵巢癌患者帶來一些好處。

FISH基因檢測軟組織肉瘤提供更有效的治療方案

軟組織肉瘤 (STS) 是一種罕見的癌癥，發(fā)病率為 3.58–6.1/100,000。 在許多情況下，它們復雜的生物學阻礙了腫瘤類型的正確識別。 因此，需要免疫組織化學和組織學分析。 雖然基因檢測不是主要的診斷工具，但它對賊終診斷有重要支持。 這些測試的價值已在許多肉瘤的 WHO 分類中得到承認，其中關鍵基因序列已被確定，例如尤文肉瘤 (ES)。

在分子水平上，ES 的特點是 EWSR1（EWS RNA 結合蛋白 1）基因的重排。 該基因有幾個屬于 ETS 轉錄因子家族的易位伙伴，例如位于 11q24 位點的 FLI1（Fli-1 原癌基因，ETS 轉錄因子）基因 或 ERG（ETS 轉錄因子 ERG） 基因位于 21q22 位點。 EWSR1 基因與其伴侶的易位是致癌的原因：細胞代謝和增殖的變化以及細胞凋亡的阻斷。

另一種肉瘤——滑膜型 (SS)——以 SS18（BAF 染色質重塑復合體的 SS18 亞基）基因異常為代表，例如由于 t(X;18) (p11.2;q11.2) 易位所致。 SSX1（SSX 家族成員 1）和 SSX2（SSX 家族成員 2）等基因伴侶決定 SS 的組織學亞型：分別為單相型和雙相型。 據(jù)觀察，SYT-SSX1 融合的患者生存期更長。

在上述兩種肉瘤中，可以使用分離探針和 FISH 技術評估基因狀態(tài)。 由于探針的結構，所要求的圖像應該顯示在分析的 50 個腫瘤細胞中超過 14 個 EWRS1 基因的融合信號和至少 10 個 SS18 基因的細胞中的融合信號分離。

基于識別基因重排或特定基因融合的FISH檢測可以區(qū)分病理診斷，這對于低分化肉瘤特別有幫助，例如，一些SS腫瘤可能類似于EWS的小圓形細胞，但在遺傳上具有SS18基因的重排。 診斷的正確性直接影響療程和患者的預后。

隆突性皮膚纖維肉瘤（DFSP）是一種罕見的間葉組織腫瘤。 在2013年發(fā)布的賊新WHO軟組織腫瘤分類中，DFSP被歸入成纖維細胞/肌纖維母細胞腫瘤的中間組。 病變經(jīng)常反復并導致重復手術。 轉移大多出現(xiàn)在具有纖維肉瘤成分的病例中。 此類腫瘤的診斷基于體檢，然后進行形態(tài)學和免疫組織化學檢測。 然而，自從發(fā)現(xiàn)大部分病例存在遺傳異常以來，基因檢測已成為一種有用的診斷程序。 在 68%–96% 的隆突性皮膚纖維肉瘤病例中，17 號和 22 號染色體之間發(fā)生易位。 這種畸變的結果是 COL1A1（I 型膠原蛋白 α1 鏈）基因與 PDGFB（血小板源性生長因子 B 亞基）基因的融合。 融合主要導致 PDGFB 表達增強，但也會強烈激活該配體 PDGFRB 的受體并刺激間充質細胞增殖。 可以通過使用雙色雙融合探針的 FISH 方法檢測異常。 當觀察到兩個不同標記位點的信號重疊為黃色信號時，如果它影響至少 10% 的分析細胞，則結果被認為是陽性。 或者，可以使用分體式探針來測試 PDGFB 基因座。 至少 10% 的細胞中與測試基因座互補的信號分離證實了該基因座的重排。

COL1A1-PDGFB 融合蛋白的診斷在未來的治療決策中起著至關重要的作用，因為它是開始基于甲磺酸伊馬替尼治療的指征。 該抑制劑可用于無法手術、轉移性和反復性皮膚纖維肉瘤病例，似乎也是一線治療的一種選擇。

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