【佳學(xué)基因檢測】胃癌靶向藥物治療基因解碼與基因檢測

胃癌靶向藥物治療基因解碼與基因檢測導(dǎo)讀

胃癌 (GC) 是許多國家的主要健康問題。胃癌是一種按組織病理學(xué)差異分層的異質(zhì)性疾病。但是，這些變化不用于確定胃癌管理。新一代測序 (NGS) 技術(shù)已得到廣泛應(yīng)用，癌癥基因組分析賊近揭示了各種惡性腫瘤與基因組信息之間的關(guān)系。2014 年，使用全外顯子組測序 (WES) 和全基因組測序 (WGS) 進行胃癌的研究揭示了胃癌基因組學(xué)的整個結(jié)構(gòu)。新一代測序技術(shù)基因檢測 的基因組學(xué)已被用于識別胃癌的新治療靶點。此外，基于腫瘤組織的多重基因組測試為靶點提供特定治療的個性化醫(yī)療已成為臨床應(yīng)用。賊近，免疫檢查點抑制劑 (ICI) 已被用于胃癌治療。然而，他們的回應(yīng)率是有限的。為了預(yù)測免疫檢查點抑制劑對胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤淋巴細胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)?；蚪M學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進一步發(fā)展。他們的回應(yīng)率是有限的。為了預(yù)測免疫檢查點抑制劑對胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤淋巴細胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)。基因組學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進一步發(fā)展。他們的回應(yīng)率是有限的。為了預(yù)測免疫檢查點抑制劑對胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤淋巴細胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)。基因組學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進一步發(fā)展。為了預(yù)測免疫檢查點抑制劑對胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤淋巴細胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)?；蚪M學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進一步發(fā)展。為了預(yù)測免疫檢查點抑制劑對胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤淋巴細胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)?；蚪M學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進一步發(fā)展。

關(guān)鍵詞： 胃癌，基因組學(xué)，下一代序列，液體活檢，正確醫(yī)學(xué)

胃癌正確治療的基本信息

胃癌 (GC) 在全球每年的發(fā)病率超過 100 萬，是許多國家的主要健康問題，在亞洲、非洲、南美和東歐的發(fā)病率很高。全世界有超過 700,000 名胃癌患者死亡。

胃癌是一種按組織病理學(xué)變異分層的異質(zhì)性疾病。Lauren 提出的組織病理學(xué)分類，將胃癌分為“腸”和“彌漫”亞型，應(yīng)用賊廣泛。腸型胃癌與主要由幽門螺桿菌感染引起的腸化生有關(guān)，具有管狀或腺體結(jié)構(gòu)，而彌漫型胃癌通常由分化差的腫瘤細胞組成，這些細胞缺乏粘附并以單個細胞或小亞群浸潤基質(zhì)。盡管這些組織病理學(xué)差異與胃癌預(yù)后相關(guān)，但組織病理學(xué)變化并未常規(guī)用作確定胃癌治療和管理的基礎(chǔ)。

新一代序列（新一代測序技術(shù)基因檢測）技術(shù)已廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)、表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)等領(lǐng)域。揭示整個外顯子組或整個基因組中的拷貝數(shù)變異、單核苷酸變異 (SNV) 和基因融合事件 。RNA測序（RNA-seq）是轉(zhuǎn)錄組學(xué)的一種，不僅可以從大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中讀取RNA片段或互補DNA（cDNA）的每一個堿基，還可以對幾種亞型進行分類，包括外顯子reads、junction reads、poly (A) 末端讀取和非編碼 RNA；組裝有或沒有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組；并評估基因表達譜。在表觀基因組學(xué)中，染色質(zhì)免疫沉淀 (ChIP) 測序用??于分析與這些轉(zhuǎn)錄因子、其他染色質(zhì)相關(guān)蛋白（即非組蛋白 ChIP）或與修飾核小體相對應(yīng)的位點（即組蛋白 ChIP）結(jié)合的 DNA 片段) 特別選擇使用抗體 。使用測序 (ATAC-seq) 進行轉(zhuǎn)座酶可接近染色質(zhì)的測定是一種表觀基因組學(xué)技術(shù)，它使用轉(zhuǎn)座酶捕獲開放染色質(zhì)位點，該轉(zhuǎn)座酶只能插入開放染色質(zhì)區(qū)域，揭示開放染色質(zhì)基因組位置、DNA 結(jié)合之間的相互作用核苷酸分辨率下的蛋白質(zhì)、單個核小體和染色質(zhì)壓實 （圖 2））。使用 新一代測序技術(shù)基因檢測 進行癌癥基因組、表觀基因組和轉(zhuǎn)錄組分析的發(fā)展賊近揭示了各種惡性腫瘤和基因組信息之間的關(guān)系。2014 年，WES 和 WGS 對胃癌的一些研究也有報道，揭示了胃癌基因組學(xué)的整個結(jié)構(gòu)。這些研究將有助于確定惡性疾病的新治療靶點。此外，一些現(xiàn)有的治療藥物，包括化療、分子靶向治療和免疫檢查點抑制劑 (ICIs)，已被選擇用于適當(dāng)?shù)幕颊呷后w。在臨床實踐中，基于對從個體患者獲得的腫瘤組織進行多重基因組檢測的個性化醫(yī)療已經(jīng)投入實際應(yīng)用。這些基因組數(shù)據(jù)將為確定胃癌治療提供信息，并被視為與臨床分期一樣具有指導(dǎo)意義，包括原發(fā)性腫瘤侵襲的程度、區(qū)域淋巴結(jié)受累和轉(zhuǎn)移擴散的存在。

圖1：具有下一代測序的基因組學(xué)、表觀基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)。在基因組學(xué)中，全外顯子組序列和全基因組序列，系統(tǒng)地讀取 DNA 的每一個堿基，可以揭示整個外顯子組或全基因組中的拷貝數(shù)變異、單核苷酸變異和基因融合事件。在表觀基因組學(xué)中，染色質(zhì)免疫沉淀測序用于分析與這些轉(zhuǎn)錄因子、其他染色質(zhì)相關(guān)蛋白或與使用抗體專門選擇的修飾核小體相對應(yīng)的位點結(jié)合的 DNA 片段。使用測序?qū)D(zhuǎn)座酶可接近的染色質(zhì)進行測定是一種表觀基因組學(xué)技術(shù)，它使用轉(zhuǎn)座酶捕獲開放染色質(zhì)位點，該轉(zhuǎn)座酶只能插入開放染色質(zhì)區(qū)域，揭示開放染色質(zhì)基因組位置之間的相互作用，核苷酸分辨率下的 DNA 結(jié)合蛋白、單個核小體和染色質(zhì)壓實。RNA測序（RNA-seq）是一種轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)，不僅可以從大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中讀取RNA片段或互補DNA的每一個堿基，還可以分為三種類型，包括外顯子讀取、連接讀取和多聚(A) end-reads，在有或沒有參考基因組的情況下組裝轉(zhuǎn)錄組，并評估基因表達譜

在這篇綜述中，我們重點介紹了胃癌基因組學(xué)的基礎(chǔ)和臨床進展，并重點關(guān)注基因組靶點和治療政策的直接臨床可操作性。

胃癌的分子分類

癌癥基因組圖譜 (TCGA) 和亞洲癌癥研究小組將胃癌分為 4 種分子亞型：染色體不穩(wěn)定性 (CIN)、基因組穩(wěn)定性 (GS)、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 (MSI) 和 Epstein-Barr 病毒 (EBV) 陽性作為 DNA-基于更改 (圖. 2）。已經(jīng)闡明了四種亞型中每一種的一些特征性基因組異常，這將有助于確定胃癌中的新治療靶點。CIN的大多數(shù)亞型對應(yīng)于腸型，而大多數(shù)亞型GS對應(yīng)于GC組織病理學(xué)分類中的彌漫型。酪氨酸激酶受體擴增通常在亞型 CIN 中發(fā)現(xiàn)，并且磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸 3-激酶催化亞基 α (PIK3CA)和富含 AT 的相互作用結(jié)構(gòu)域 1A (ARID1A)基因突變在 MSI 和 EBV 亞型中富集。針對這些激酶的研究和臨床試驗正在取得進展，未來可能會出現(xiàn)新的治療方法。此外，程序性細胞死亡配體 1/2 (PD-L1/2)通常通過基因擴增和 EBV 陽性亞組中的結(jié)構(gòu)變異過度表達，ICIs 可能是有效的。在 MSI 亞型中，具有高頻基因突變和新抗原表達，ICIs 也有效 。同時，與其他亞型相比，GS亞型中很少發(fā)現(xiàn)基因組異常，包括染色體擴增和缺失。因此，ICIs 被認為對 GS 亞型無效。事實上，在 61 名轉(zhuǎn)移性胃癌患者中，ICIs 對 GS 亞型的療效僅為 12%，而對 MSI 亞型和 EBV 陽性的療效分別為 85.7% 和 100.0% 。此外，人表皮生長因子受體 2 (HER2)的表達可以作為治療靶點，在 GS 亞型中較低。因此，需要先進的方法來改善 GS 亞型的預(yù)后。

圖 2

通過基因組學(xué)分類的胃癌分子亞型。胃癌分為四種分子亞型：染色體不穩(wěn)定性（CIN）、基因組穩(wěn)定性（GS）、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）和愛潑斯坦-巴爾病毒（EBV）陽性。CIN的大多數(shù)亞型對應(yīng)于腸型，并伴有TP53突變和酪氨酸激酶受體-RAS信號放大。根據(jù)胃癌的組織病理學(xué)分類，大多數(shù) GS 亞型對應(yīng)于彌漫型。在 MSI 和 EBV 陽性亞型中，磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸 3-激酶催化亞基 α ( PIK3CA ) 和富含 AT 的相互作用結(jié)構(gòu)域 1A (ARID1A)基因突變豐富。此外，程序性細胞死亡配體 1/2 (PD-L1/2) 通常通過 EBV 陽性亞組中的基因擴增和結(jié)構(gòu)變異過表達

胃癌的風(fēng)險，包括種系突變和體細胞變異

1998 年描述的遺傳性彌漫型胃癌(HDGC) 是一種癌癥綜合征，其特點是彌漫型胃癌和常染色體顯性遺傳乳腺癌的高發(fā)病率 。大多數(shù)確診的 HD胃癌病例是由編碼 E-cadherin 的cadherin 1 (CDH1)的失活種系突變引起的，而少數(shù) HD胃癌病例是由α-catenin (CTNNA1)的突變引起的。此外，沒有CDH1變體的 HD胃癌患者的 WES揭示了一些種系突變，例如BRCA1/2、BRCA2 的伙伴和定位子 (PALB2)和RAD51突變。然而，HD胃癌只是整個胃癌的一小部分，遺傳的遺傳變異對胃癌的貢獻 < 3% 。一般來說，GC的發(fā)展不僅是由于遺傳因素，還有環(huán)境因素，如幽門螺桿菌感染。因此，很難正確估計GC與各種遺傳因素之間的關(guān)聯(lián)。

2020 年，針對 243 名日本胃癌參與者的 WES 報告并揭示了生殖系CDH1變異，其中大部分表現(xiàn)為彌漫型胃癌，并歸因于日本和韓國人共有的少數(shù)反復(fù)性 SNV 。這種變異在彌漫型胃癌的 13.3%（14/105 參與者）中顯示，由 5 個 SNV 組成，其中 4 個包含在與 HD胃癌相關(guān)的種系變異中。然而，該變異不一定與胃癌家族史有關(guān)，一半的參與者被認為是散發(fā)病例。雖然罕見種系CDH1的頻率變異為 3.4%，這可能是檢測高危胃癌人群的重要信息。該研究還進行了 WES 以比較 319 名亞洲患者和 212 名非亞洲患者的胃癌外顯子組譜，并揭示了具有酒精相關(guān)突變特征和亞洲特異性缺陷醛脫氫酶 2 家族成員等位基因的不同胃癌亞類 ?；蚪M學(xué)也可用于檢測有胃癌風(fēng)險的人群。

彌漫型胃癌的基因組學(xué)和體細胞突變的可能治療靶點

大多數(shù)彌漫型GC，被稱為預(yù)后不良的GC的組織病理學(xué)分類，通過基因組分析與分子亞型中的GS亞組相對應(yīng)，具有低頻結(jié)構(gòu)染色體畸變和基因突變，可以作為治療的靶點。因此，已經(jīng)使用各種基因組學(xué)方法進行了許多關(guān)于澄清彌漫型胃癌的研究。一些特征性遺傳變異，例如CDH1種系突變和Ras 同源家族成員 A (RHOA)驅(qū)動基因突變，已知是 GS 亞型的一部分。CDH1的種系突變，cording E-鈣粘蛋白（細胞粘附分子之一）似乎不是治療的目標，因為那是功能喪失突變。同時，新發(fā)現(xiàn)的作為 GS 亞型驅(qū)動基因的RHOA信號突變有望成為治療靶點，因為存在一些熱點的RHOA基因突變，如 Y42C、R5W、G17E、L57V 和 L69R，被稱為功能獲得性突變。因此，它有可能成為治療的靶點，盡管RHOA的下游仍存在爭議。然而，RHOA是一種鳥苷三磷酸 (GTP) 結(jié)合蛋白；因此，很難開發(fā)出KRAS等抑制劑。

此外，結(jié)構(gòu)異常，如融合基因，可以通過全基因組或全轉(zhuǎn)錄組分析來檢測。在彌漫型胃癌中，已報道了多個claudin 18 (CLDN18)-rho GTPase 激活蛋白 (ARHGAPs)融合基因，由于 ARHGAP 與RHOA存在于同一通路中，它可能與 RHOA 的變體和基因異常有關(guān)。RHOA信號通路 。在一份分析 32 例胃印戒細胞癌的報告中，在 8 例（25%）中發(fā)現(xiàn)了CLDN18-ARGAP26/6融合基因 。在另外 797 名患有胃印戒細胞癌的參與者中，具有CLDN18-ARGAP26/6融合基因的患者比沒有CLDN18-ARGAP26 /6 融合基因的患者年輕（平均 51.3 歲對 60.7 歲），并且這種融合是女性比男性更常見（18.5% 對 4.6%）。不幸的是，在具有CLDN18-ARGAP26/6融合基因的胃癌患者中，接受化療的患者和未接受化療的患者的預(yù)后沒有顯著差異。對彌漫型胃癌參與者的另一項遺傳分析也表明，與沒有CLDN18-ARGAP融合?？紤]到這些事實，目前的化學(xué)療法可能對具有CLDN18-ARGAP26/6融合基因的胃癌無效。CLDN18.2 是一種上皮緊密連接蛋白，嚴格局限于胃黏膜的緊密連接。然而，在胃癌中，細胞極性的擾動導(dǎo)致 CLDN18.2 暴露在癌細胞表面并被抗體靶向。AMG 910 是一種抗體構(gòu)建體，旨在使 CD3 陽性 T 細胞與表達 CLDN18.2 的胃癌細胞結(jié)合，目前正在研究其對 CLDN18.2 陽性胃癌或胃食管交界處 (GEJ) 腺癌的抗腫瘤作用，預(yù)計將有效 。

熊谷等人。報道了具有RHOA異常的胃癌的腫瘤微環(huán)境 (TME) 。腫瘤浸潤淋巴細胞 (TIL) 的基因組分析和流式細胞術(shù)揭示了一個與免疫反應(yīng)相關(guān)的基因低表達和調(diào)節(jié)性 T 淋巴細胞 (Treg) 高頻浸潤的子集，幾乎一半的子集具有RHOA Y42C 突變。癌細胞中的RHOA突變激活了磷酸肌醇 3 激酶 (PI3K)-AKT -哺乳動物雷帕霉素靶蛋白 (mTOR)信號通路，并減少了 C-X-C 基序趨化因子配體 (CXCL)10/CXCL11，募集 CD8 + 的效應(yīng)子T淋巴細胞。此外，脂肪酸合酶基因在RHOA中上調(diào)與RHOA野生型胃癌細胞相比，Y42C 突變的胃癌細胞表明通過 Tregs 合成的脂肪酸的攝入量上調(diào)。他們還展示了抗程序性細胞死亡 1 (PD-1) 抗體和 PI3K 抑制劑在新植入RHOA Y42C 突變胃癌株的小鼠異種移植模型中的功效，表明抗 PD-1 抗體和 PI3K 抑制劑的組合比單獨使用抗 PD-1 抗體更有效。因此，在RHOA Y42C 突變的胃癌中，Treg 細胞的高頻浸潤和對胃癌的免疫反應(yīng)被下調(diào)。未來的一種可能性是，抗 PD-1 抗體和 PI3K 抑制劑的聯(lián)合治療可能會提高RHOA的治療效果Y42C突變的GC患者。賊近，多組學(xué)對胃癌惡性腹水的研究顯示，播散性胃癌分為 2 組，其中 1 組根據(jù)表達譜具有活躍的 EMT，通過 SMAD3 SE 激活轉(zhuǎn)化生長因子-β通路激活和高表達轉(zhuǎn)錄增強因子 TEF-1 。TEAD通路的抑制可以避免對治療的抵抗，這表明了一種潛在的分子指導(dǎo)治療策略。在 TCGA 報告中，已知 GS 亞型與彌漫型胃癌重疊，但并不完整，TCGA 隊列中有 29 例（42.0%）彌漫型胃癌不是 GS 亞型 [ 12]。盡管在 Tanaka 等人中審查了所有案例。有腹腔內(nèi)轉(zhuǎn)移和惡性腹水，晚期彌漫型GC的特征，CDH1變異50例（52.1%），RHOA變異15例（15.3%）。然而，它們有幾個不是 GS 亞型的典型特征。與 TCGA胃癌隊列相比，該隊列的腫瘤突變負荷高于 GS 亞型。此外，在 45% 的病例中觀察到RTK-Ras通路基因高度擴增，包括KRAS (19.4%)、FGFR2 (11.2%)、MET (7.1%)、HER2 (5.1%) 和表皮生長因子受體（EGFR, 4.1%)，擴增頻率高于 TCGA 隊列中彌漫型胃癌(32.4%) 和亞型 GS (17.5%)。這些結(jié)果表明，該隊列可能具有遺傳變異的獨特特征。這種新方法不僅使我們能夠了解胃癌的顯著基因組特征，而且還展示了治療靶點。

胃癌免疫檢查點抑制劑

賊近，重新激活腫瘤相關(guān) T 淋巴細胞的免疫檢查點抑制劑已被證明對各種類型的惡性腫瘤有效。GC也用ICI治療；但是，響應(yīng)率是有限的。因此，預(yù)測ICI對GC的抗腫瘤作用并選擇適合ICI治療的患者具有重要意義。為此，在臨床實踐中，PD-L1 表達通常通過基于腫瘤比例評分 (TPS) 和聯(lián)合陽性評分 (CPS) 的免疫組織化學(xué) (IHC) 進行評估。

在本例中，不可切除或反復(fù)的胃癌成為惡性疾病，這是免疫檢查點抑制劑的指征。ATTRACTION-2 研究報告了 nivolumab 作為三線藥物的抗腫瘤作用或增加化療的作用。KEYNOTE-158 和 KEYNOTE-061 研究也報道了派姆單抗作為 MSI 高胃癌的二線或更高級別化療的效用。對于各種惡性腫瘤，包括 MSI 高的胃癌，派姆單抗的反應(yīng)率和無進展生存期 (PFS) 在 KEYNOTE-158 中是有利的。在 KEYNOTE-061 中，派姆單抗在 MSI 高亞組中顯著優(yōu)于紫杉醇單藥治療。胃癌中 MSI-high 的頻率有限（6.3-21.9%），尤其是在亞洲人中。然而，必須選擇化療來治療胃癌。需要更多的研究來確定 MSI-high 的臨床意義。

還評估了免疫檢查點抑制劑作為一線化療的效用。KEYNOTE-062 研究旨在評估派姆單抗、派姆單抗聯(lián)合化療（順鉑加氟尿嘧啶或卡培他濱）或單獨化療在 PD-L1 CPS 為 1 或更高的未治療胃癌和 GEJ 腺癌患者中的抗腫瘤活性。派姆單抗不劣于化療，不良事件較少 。盡管 PD-L1 抑制劑聯(lián)合化療并不優(yōu)于單獨化療，但派姆單抗可作為 PD-L1 CPS ≥ 1 的胃癌患者的一線化療。為了進一步提高抗腫瘤作用，可能需要用于提取更有效治療靶點的生物標志物。

CheckMate 649 試驗評估了基于 PD-1 抑制劑的一線化療。將腫瘤不可切除、PD-L1 CPS≥5、非HER2陽性GC、GEJ或食管腺癌的參與者分為3組，分別接受納武利尤單抗+化療（奧沙利鉑+卡培他濱或氟尿嘧啶、亞葉酸）、納武利尤單抗+易普利姆瑪或化療分別單獨。賊少隨訪 24 個月后，PD-1 抑制劑加化療在總生存期（OS、中位 OS，14.4 個月 vs 11.1 個月）和 PFS（中位 PFS，7.7 個月 vs 6.0 個月）方面優(yōu)于單獨化療。結(jié)果揭示了 PD-1 在胃癌中對非 HER2 陽性、PD-L1 CPS ≥ 5 的效用。此外，在所有隨機分組的患者中，納武利尤單抗聯(lián)合化療對 OS 的改善明顯優(yōu)于單獨化療（中位 OS，13.8 個月 vs 11.6 個月）。目前，納武利尤單抗加細胞毒化療是不可切除或反復(fù)性胃癌的標準一線治療。同時，與單獨的化療相比，納武利尤單抗加易普利姆瑪對 OS 的抗腫瘤作用并不優(yōu)于單獨的化療，盡管雙重檢查點抑制已被證明對多個實體瘤有效。在接受納武單抗加易普利姆瑪治療的胃癌參與者中也觀察到早期死亡率增加，這是一種已知與免疫腫瘤治療相關(guān)的現(xiàn)象。同時，PD-L1 和 CTLA-4 聯(lián)合治療傾向于延長無進展生存期。需要進一步的研究來評估腫瘤生物學(xué)、分子異質(zhì)性、TME 和其他患者因素如何影響聯(lián)合 PD-L1 和 CTLA-4 阻斷的療效。基因組學(xué)可能有助于發(fā)現(xiàn)更詳細的因素來預(yù)測胃癌的治療效果。

在 III 期 KEYNOTE-811 試驗中，評估了派姆單抗對不可切除的 HER2 陽性胃癌或 GEJ 腺癌的抗腫瘤作用。在曲妥珠單抗和細胞毒化療中添加派姆單抗在一些參與者中誘導(dǎo)有效緩解，并且與僅使用曲妥珠單抗和細胞毒化療相比顯著提高了緩解率（74.4% vs 51.9%）。在 KEYNOTE-811 中，盡管已知意向治療人群中有 0.7% 的參與者患有 MSI 高腫瘤，但 84.1% 的參與者的 PD-L1 CPS 為一個或多個。有趣的是，確定派姆單抗加曲妥珠單抗和化療對 OS 的相對益處是否主要與 PD-L1 表達相關(guān)。同時，在 KEYNOTE-062 中，對于 PD-L1 CPS 為 1 或更高的胃癌患者，派姆單抗和細胞毒性化療的組合并不優(yōu)于單獨的化療。由于派姆單抗加曲妥珠單抗提高了反應(yīng)率，聯(lián)合治療可能是合理的。在之前使用患者衍生的胃癌類器官的研究中，PD-L1 表達在HER2敲低時降低，導(dǎo)致PD-L1/HER2 陽性胃癌細胞中AKT-mTOR通路的抑制，并與細胞毒性 T 淋巴細胞的增加相關(guān)增殖。這些結(jié)果表明HER2和PD-L1的共表達可能有助于腫瘤細胞免疫逃逸。這可以解釋為什么 pembrolizumab 和曲妥珠單抗的組合有利于胃癌治療。

基因組學(xué)預(yù)測免疫檢查點抑制劑對胃癌的影響

MSI-high 是眾所周知的預(yù)測免疫檢查點抑制劑對惡性腫瘤的抗腫瘤作用的標志物，也已通過基因組測序發(fā)現(xiàn)。此外，基因組學(xué)揭示了一些與免疫檢查點抑制劑對惡性腫瘤的反應(yīng)率相關(guān)的替代標志物，例如 TME 和腸道菌群中高度活化的免疫細胞 。還評估了表觀基因組變化，并且還顯示了預(yù)測對胃癌的免疫檢查點抑制劑治療反應(yīng)的潛力。使用 ATAC-seq 評估患者外周血中循環(huán) CD8 + T 淋巴細胞的全基因組染色質(zhì)可及性。循環(huán) CD8 陽性 T 淋巴細胞特定基因組位置的高染色質(zhì)開放性表明比封閉染色質(zhì)顯著更好的存活率。。

除了常規(guī)的癌細胞基因組序列外，還可以分析 TILs 的抗原受體庫，這使得更全面地了解對腫瘤的獲得性免疫的概況成為可能。在亞型之間的 TME 中觀察到顯著的異質(zhì)性 。MSI-high 和 EBV 陽性胃癌含有許多強烈的 T 細胞浸潤，這是 GS 的一種亞型，其中一半具有富含 CD4 + T 細胞、巨噬細胞和 B 細胞的三級淋巴結(jié)構(gòu) (TLS)。相反，大多數(shù) CIN胃癌表現(xiàn)出 T 細胞排斥和浸潤巨噬細胞。此外，免疫差的 CIN胃癌與MYC活性和CCNE1擴增相關(guān)，這些特征對于預(yù)測免疫檢查點抑制劑的抗腫瘤作用可能是必不可少的。

賊近，通常認為在抗腫瘤免疫中起主要作用的T細胞以及負責(zé)體液免疫的B細胞由于它們在腫瘤免疫中起重要作用而受到關(guān)注。在一份關(guān)于彌漫性胃癌組織中 TILs 的抗原受體庫分析的報告中，單克隆 B 細胞在許多情況下增殖，其抗體的主要抗原是硫酸化糖胺聚糖 。ICI 和 B 細胞之間的關(guān)系也有報道。在惡性黑色素瘤和腎細胞癌中，與B細胞相關(guān)的基因在免疫檢查點抑制劑反應(yīng)組中更富集和表達，B細胞浸潤??癌組織并在癌組織中形成TLS。有趣的是，成熟的 TLS 可能與腫瘤組織中 T 淋巴細胞的激活有關(guān)。

胃癌正確醫(yī)療

WGS 顯示，胃癌可根據(jù)分子病理學(xué)分為 4 種亞型 ，而每個病例都具有癌癥基因組的異質(zhì)性和不同的基因變異模式。需要評估胃癌亞型和治療效果組合的臨床研究，以評估根據(jù)遺傳變異模式分類的罕見胃癌亞型的治療效果。因此，建立了一項稱為主方案的指定研究，以評估對按遺傳特征分層的每個亞組的治療效果。傘式研究是在單一疾病背景下研究多種靶向治療的主要方案。在 715 名轉(zhuǎn)移性胃癌參與者中，VIKTORY 傘式試驗是一項指定的臨床研究，旨在根據(jù)胃癌中的遺傳變異和分子標志物表達評估每個亞組的標準化療和特異性分子靶向治療 （表1）。在生物標志物特異性試驗中，105 名參與者被分為 8 個亞組，包括RAS（突變或擴增）/ MEK特征（高或低）、TP53（突變）、PIK3CA（突變或擴增）、MET（擴增）、MET（ 3 + 由 IHC）、TSC2（空）、RICTOR（放大）和所有負面的；選擇性聯(lián)合治療的效率分別由每個信號通路的抑制劑和抗微管劑組成。結(jié)果，在所有亞組中，與接受標準治療的另一組相比，接受選擇性治療組的 OS 顯著延長（中位數(shù) 9.8 個月 vs 6.9 個月，P值 < 0.0001）。特別是，與其他亞組相比，在使用 MET 抑制劑 savolitinib 治療的MET擴增亞組中觀察到賊大的腫瘤減少效果。此外，沃利替尼在腫瘤組織中經(jīng)常出現(xiàn)MET擴增的參與者中更有效。MET的游離 DNA (cfDNA)不僅與抗腫瘤作用有關(guān)，而且與化療相關(guān)的腫瘤進展和反復(fù)有關(guān)。結(jié)果表明，液體活檢也可能在正確醫(yī)學(xué)中有用。2021 年，針對胃食管腺癌的個體化抗體（一項 II 期傘形研究）也有報道 （表???1）。參與者分為 8 個亞組，包括免疫腫瘤學(xué)（PD-L1 CPS > 10、高微衛(wèi)星不穩(wěn)定性、腫瘤突變負荷 > 15 個突變/兆堿基和/或 EBV 陽性）、HER2擴增、EGFR擴增、FGFR2擴增、MET擴增, MAPK/PIK3CA異常、EGFR 過表達、全部陰性，并且針對每個信號通路接受了額外的選擇性抑制劑，即納武單抗、曲妥珠單抗、ABT-806（EGFR 抑制劑）、貝馬妥珠單抗（FGFR2 抑制劑），無可用（兩名參與者被排除在意向治療之外（ ITT）分別接受了克唑替尼（一種 MET 抑制劑）、雷莫蘆單抗（VEGFR2 抑制劑）、ABT-806 和雷莫蘆單抗。每個歷史對照組的參與者僅接受細胞毒治療。通過 ITT 分析的 68 名參與者中，1 年生存率為 66%，中位 OS 為 15.7 個月。一線反應(yīng)率 (74%)、疾病控制率 (99%) 和中位 PFS (8.2 個月) 優(yōu)于歷史對照。

表格1

使用主要方案評估胃癌化療的臨床研究

MSI-H微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高，CPS聯(lián)合陽性評分，EBV愛潑斯坦-巴爾病毒，TMB腫瘤突變負荷，mFOLFOX改良 FOLFOX

液體活檢在胃癌中的應(yīng)用

一些研究還揭示了液體活檢在預(yù)測治療對胃癌的影響方面的效用。各種分子靶向療法也已嘗試用于不可切除或反復(fù)的胃癌?？?HER2 抗體曲妥珠單抗僅被指示為 HER2 陽性胃癌的一線治療 。

將拉帕替尼（一種表皮生長因子受體和 HER2 的酪氨酸激酶抑制劑）添加到卡培他濱加奧沙利鉑中并沒有增加 HER2 擴增的胃癌和 GEJ 參與者的 OS 。然而，HER2陽性胃癌對曲妥珠單抗的反應(yīng)率有限。因此，為了預(yù)測曲妥珠單抗對 HER2 陽性胃癌的影響，使用了基于液體活檢的循環(huán)腫瘤 DNA (ctDNA)，一種 cfDNA 。因此，HER2基因的體細胞拷貝數(shù)改變 (SCNA) 與熒光原位雜交 (FISH) 數(shù)據(jù)高度一致，與基線和 PD 水平相比，治療期間HER2拷貝數(shù)下降，因為HER2通過曲妥珠單抗的抗腫瘤作用減少了擴增克隆。此外，與基線相比，先天性曲妥珠單抗耐藥患者在進展期間表現(xiàn)出較高的HER2 SCNA 水平，而獲得性耐藥患者的HER2 SCNA 水平下降。耐藥相關(guān)的腫瘤進展似乎與血液中HER2擴增拷貝的持續(xù)或反復(fù)相互關(guān)聯(lián)。此外，NF1、PIK3CA/R1/C3和HER2/ERBB4突變對耐藥性有很大貢獻，而ERBB4 S774G 突變增加了對曲妥珠單抗治療的敏感性。此外，檢測到的HER2SCNA水平在預(yù)測腫瘤縮小和進展方面優(yōu)于血漿癌胚抗原水平。這些結(jié)果表明，ctDNA 分析可能有助于監(jiān)測曲妥珠單抗耐藥的發(fā)生和分析潛在的分子機制?？紤]到患者組織獲取的侵入性，惡性病變的臨床和基因評估不能重復(fù)。液體活檢可以提供可以重復(fù)獲得的信息數(shù)據(jù)，而不是腫瘤組織分析。

還評估了 EGFR 抗體（如西妥昔單抗和帕尼單抗）對胃癌的效率；然而，對胃癌參與者的 OS 沒有額外的影響。然而，抗 EGFR 抗體治療可能對生物標志物選擇的人群有效。REAL3 試驗是化療或化療加抗 EGFR 單克隆抗體帕尼單抗的隨機一線 III 期臨床試驗，旨在評估帕尼單抗對EGFR擴增的胃癌 的抗腫瘤作用。EGFR的拷貝數(shù)通過 FISH 或數(shù)字滴 PCR 在參與者的預(yù)處理組織和血漿 cfDNA 中進行評估。不幸的是，在化療中加入帕尼單抗與提高生存率無關(guān)，即使在EGFR拷貝數(shù)顯著增加的參與者中也是如此。同時，在組織和 cfDNA 中可以高效地檢測到EGFR狀態(tài)，并且在 95% 的病例中觀察到兩者之間的一致性。根據(jù)這些結(jié)果，EGFR的液體活檢可能有助于在胃癌患者中選擇EGFR高表達的人群。該研究還揭示了抗 EGFR 藥物和表柔比星之間的拮抗作用，特別是在EGFR-擴增的類器官，表明在未來的組合試驗中，對于EGFR擴增的胃癌參與者，EGFR 抑制劑可能不必與蒽環(huán)類藥物一起使用。

在 TARGET 研究中，對 100 名患有多種惡性腫瘤的參與者的 641 個癌癥相關(guān)基因組的體細胞突變和拷貝數(shù)改變進行了評估，并與福爾馬林固定石蠟包埋的腫瘤組織分析進行了比較  . 當(dāng)應(yīng)用 2.5% 的變異等位基因頻率 (VAF) 閾值時，100 名參與者中有 41 人發(fā)現(xiàn)了可操作的突變，其中 11 人接受了匹配治療。然而，缺乏評估 ctDNA 基因分型相對于基于組織的基因分型的效用的比較。

SCRUM-Japan GI-SCREEN 和 GOZILA 研究還揭示了 ctDNA 在晚期胃腸癌患者中的效用 。在 GI-SCREEN 中，5621 名參與者接受了基于組織的 DNA 測序，而 1687 名參與者在 SCRUM-Japan GOZILA 中接受了基于 ctDNA 的測序。為了評估 ctDNA 分析與基于組織的基因分型相比在進行了組織和 ctDNA 基因分型的 287 名患者中進行試驗的效用，如果克隆性，ctDNA 的陽性預(yù)測值 (PPV) 與 ctDNA 突變的克隆性和 VAF 相關(guān)為0.3以上，PPV在80%以上。此外，基于 ctDNA 的基因分型顯著縮短了篩查時間（11 天 vs. 33 天，P值 < 0.0001）并提高了試驗入組率（9.5 對 4.1%，P值 < 0.0001），與基于組織的基因分型相比，不影響治療效果。在正確醫(yī)療中，ctDNA 有助于基于基因組分析預(yù)測治療有效人群。

胃癌轉(zhuǎn)移灶的基因組學(xué)

在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而且轉(zhuǎn)移灶往往對多種藥物耐藥。對于不可切除或反復(fù)的胃癌，考慮基因變異和原發(fā)灶的分子表達來確定化療的類型。在結(jié)直腸癌和乳腺癌中，轉(zhuǎn)移性病變的遺傳變異與原發(fā)性病變幾乎相同。在胃癌中，一項研究表明HER2原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間的表達狀態(tài)幾乎相同，其中 30-50% 的病例之間存在分化，由另一個報告。一般來說，胃癌是一種基因組異質(zhì)性惡性疾病，原發(fā)灶和轉(zhuǎn)移灶的遺傳變異可能存在差異。果膠等。在幾組胃癌參與者中對原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變進行基因組學(xué)研究，并報告說原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài) [ 65]。分別比較接受全外顯子組測序的 11 名參與者的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間的突變和擴增，存在約 42% 的基因突變和 63% 的基因擴增狀態(tài)差異。在這些隊列中，TP53突變在每種情況下的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間幾乎是同質(zhì)的，而PIK3CA的突變和EGFR、HER2、CDK4/6和MET的擴增在它們之間是異質(zhì)的。75% 的參與者存在與酪氨酸激酶受體相關(guān)的遺傳變異的異質(zhì)性，尤其是HER2的異質(zhì)性變體出現(xiàn)在 60% 的病例中。在 87.5% 的原發(fā)灶和轉(zhuǎn)移灶之間存在靶向遺傳變異異質(zhì)性的病例中，cfDNA 分析的結(jié)果與轉(zhuǎn)移灶的基因分析結(jié)果一致。因此，cfDNA 反映了轉(zhuǎn)移性病變中的遺傳變異；因此，一些參與者可以根據(jù) cfDNA 分析接受足夠的治療。在臨床實踐中，通常不進行轉(zhuǎn)移性病變的基因組學(xué)，因為診斷后需要額外的組織采集。然而，如果可以通過分析 cfDNA 作為替代標志物獲得轉(zhuǎn)移性病變的基因組數(shù)據(jù)，那么胃癌患者可能能夠接受足夠的治療并延長他們的 OS。

在基因組和轉(zhuǎn)錄組圖譜中，還顯示了淺表原發(fā)性腫瘤病變和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移性病變之間的差異 。在這項研究中，對原發(fā)腫瘤的淺表和深層亞區(qū)進行了注釋，并使用基因組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析評估了胃癌切除標本的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移。結(jié)果，IGF1、PIK3CD 和 TGFB1 在深部亞區(qū)和/或淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病灶中過表達，但在淺亞區(qū)沒有。此外，深亞區(qū)和/或淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病灶中存在的 40% 突變不在淺亞區(qū)，盡管淺表病灶中只有 6% 的突變不在深亞區(qū)和/或淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病灶中。這表明通過內(nèi)窺鏡活檢從原發(fā)性胃癌病變獲得的標本不適合基因組和轉(zhuǎn)錄組分析，盡管它們用于臨床診斷。

結(jié)論

基因組學(xué)揭示了胃癌的亞型和治療靶點，而 TME 的免疫系統(tǒng)，如 TIL 和 TLS，已成為通過免疫檢查點抑制劑預(yù)測抗腫瘤作用的生物標志物。正確醫(yī)學(xué)已在臨床上使用，并允許對每位胃癌患者進行特定的分子靶向治療，以改善他們的預(yù)后。同時，胃癌存在基因組瘤內(nèi)異質(zhì)性，這可能與抗腫瘤治療耐藥有關(guān)。因此，需要對轉(zhuǎn)移性病變進行基因組分析，包括液體活檢，以制定更合適的治療策略。然而，有些病例，尤其是 GS 亞型，不一定適應(yīng)以前的化療，包括細胞毒治療、分子靶向治療和 ICI。RHOA用于 GS 亞型，用于治療胃癌?；蚪M學(xué)不僅可用于識別治療胃癌的靶點，還可用于篩查和預(yù)測胃癌的反復(fù)。此外，通過液體活檢監(jiān)測基因組變異，可以為具有基因組改變的胃癌選擇合適的治療方法?；蚪M學(xué)已成為胃癌臨床實踐中不可缺少的工具，有望在未來得到進一步發(fā)展。