【佳學(xué)基因檢測(cè)】對(duì)421例肺癌患者的基因檢測(cè)結(jié)果的比較分析
佳學(xué)基因肺癌基因檢測(cè)大數(shù)據(jù)分析組成
TRACERx 421隊(duì)列代表了賊初在19個(gè)醫(yī)院場(chǎng)所前瞻性招募的421名患者。招募程序符合癌癥研究研究方案。根據(jù)種族、年齡、性別和吸煙狀況,招募情況基本上代表了可手術(shù)治療的早期非小細(xì)胞肺癌人群。該隊(duì)列包括233名男性和188名女性,中位年齡為69歲(范圍34-92歲),210例I期病例、132例II期病例和79例III期病例(其中98例之前已報(bào)告)?？偣灿?,644個(gè)手術(shù)(1,554個(gè))或隨訪(90個(gè))時(shí)采集的腫瘤區(qū)域樣本通過(guò)了質(zhì)量控制。這些腫瘤樣本進(jìn)行了全外顯子組測(cè)序(WES),中位深度為413×(四分位間距(IQR)=367-474),并納入分析。
肺癌基因檢測(cè)的基因數(shù)據(jù)組成及分析
這421例患者在手術(shù)時(shí)共有432例基因組獨(dú)立的腫瘤,包括:248例肺腺癌(LUAD);138例肺鱗癌(LUSC);和46例"其他"非小細(xì)胞肺癌組織學(xué)亞型,包括14例腺鱗狀癌、14例多形性癌、8例大細(xì)胞神經(jīng)內(nèi)分泌癌、6例大細(xì)胞癌、1例癌肉瘤和3例混合組織型腫瘤。如果同一患者有來(lái)自幾個(gè)空間上分離的腫瘤可用于測(cè)序,則基于WES的共享克隆起源評(píng)估(方法)通常與根據(jù)組織學(xué)和疾病進(jìn)程的臨床診斷(多發(fā)性原發(fā)肺癌或存在轉(zhuǎn)移)一致。在6例同期原發(fā)腫瘤中,WES基于克隆起源的評(píng)估與臨床分類(lèi)的多腫瘤相一致(100%);在5例手術(shù)時(shí)發(fā)現(xiàn)的肺內(nèi)轉(zhuǎn)移中有3例(60%)相一致。在49例(96%)反復(fù)病例、12例(83%)第二原發(fā)肺癌病例和2例(100%)新發(fā)非肺原發(fā)癌病例中,當(dāng)將隨訪期間發(fā)現(xiàn)的癌癥相關(guān)疾病與原發(fā)腫瘤進(jìn)行比較時(shí),佳學(xué)基因檢測(cè)也發(fā)現(xiàn)了這兩種方法之間的一致性。然而,在74對(duì)腫瘤對(duì)中有6對(duì)(8%),WES顯示的克隆關(guān)系與臨床評(píng)估不一致,可能需要改變患者管理。這些不一致病例既發(fā)生在兩個(gè)腫瘤同時(shí)在原發(fā)手術(shù)中采樣(11對(duì)中有2對(duì)不一致),也發(fā)生在一個(gè)腫瘤在原發(fā)手術(shù)中采樣而第二個(gè)在隨訪中采樣的情況下(63對(duì)中有4對(duì)不一致)。在421例患者中,有3例(1%)基因組學(xué)上被確定為同一組織學(xué)亞型(肺腺癌(LUAD))的碰撞腫瘤。通常,碰撞腫瘤是一種罕見(jiàn)的腫瘤類(lèi)型,其中兩個(gè)組織學(xué)上不同的腫瘤并存于同一器官內(nèi)作為一個(gè)連續(xù)的腫塊。然而,對(duì)這三個(gè)被組織學(xué)診斷為單一原發(fā)肺腺癌(LUAD)的腫瘤團(tuán)塊的多區(qū)域測(cè)序數(shù)據(jù)顯示,它們分別代表了CRUK0039和CRUK0881患者中存在兩個(gè)獨(dú)立肺腺癌(LUAD)的碰撞腫瘤,以及CRUK0704患者中存在三個(gè)不同肺腺癌(LUAD)的碰撞腫瘤。在這三位患者中,組成碰撞腫瘤的獨(dú)立腫瘤中有一個(gè)(但不是全部)攜帶了可靶向的KRAS G12C驅(qū)動(dòng)突變。類(lèi)似于之前發(fā)表的一個(gè)病例研究10,CRUK0704患者在另一個(gè)碰撞腫瘤中還攜帶了一個(gè)不同的KRAS突變(G13C)。
并行系統(tǒng)發(fā)育分支上的全基因組加倍
為了解碼每個(gè)腫瘤中體細(xì)胞事件的時(shí)間順序,佳學(xué)基因嘗試從確定的體細(xì)胞突變中構(gòu)建腫瘤系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)?？偣卜治隽?,553個(gè)新鮮冷凍的手術(shù)切除腫瘤區(qū)域,不包括1個(gè)harboured兩個(gè)基因組不同腫瘤碰撞的區(qū)域。這些包括1,515個(gè)原發(fā)腫瘤區(qū)域和38個(gè)手術(shù)時(shí)采集的淋巴結(jié)區(qū)域。腫瘤正確用藥基因解碼基因檢測(cè)描述了與反復(fù)相關(guān)的腫瘤進(jìn)化模式。開(kāi)發(fā)了一個(gè)模擬框架,重現(xiàn)了TRACERx 421隊(duì)列中腫瘤和測(cè)序數(shù)據(jù)的特定特征,以驗(yàn)證腫瘤基因檢測(cè)基因解碼的系統(tǒng)發(fā)育重建方法,該框架優(yōu)于現(xiàn)有方法。對(duì)于足以確定至少2個(gè)區(qū)域(總共1,428個(gè)區(qū)域)的全基因組拷貝數(shù)狀態(tài)的401個(gè)腫瘤,能夠構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。平均而言,每個(gè)腫瘤含有4.2個(gè)主干和2.8個(gè)亞克隆驅(qū)動(dòng)突變,而7%的患者h(yuǎn)arboured潛在癌癥易感基因中的致病性遺傳變異。
