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【佳學(xué)基因檢測】膽囊癌基因組學(xué)基因檢測:生物標(biāo)志物驅(qū)動的臨床藥物選擇

【佳學(xué)基因檢測】膽囊癌基因組學(xué)基因檢測:生物標(biāo)志物驅(qū)動的臨床藥物選擇。腫瘤基因檢測與靶向藥物選擇導(dǎo)讀:膽道腫瘤是起源于膽管上皮的侵襲性惡性腫瘤。這些可以根據(jù)它們在膽管樹或膽囊中的位置進行細(xì)分。因此,膽管腫瘤可進一步表征為肝內(nèi)(肝內(nèi)膽管癌,IHCC)或肝外(肝外膽管癌,EHCC),其可進一步細(xì)分為肝門周圍(Klatskin腫瘤)和遠(yuǎn)端膽管癌??傊?,這些癌癥構(gòu)


 

佳學(xué)基因檢測】膽囊癌基因組學(xué)基因檢測:生物標(biāo)志物驅(qū)動的臨床藥物選擇


 

腫瘤基因檢測與靶向藥物選擇導(dǎo)讀:

背景和目標(biāo)

膽囊癌是一種罕見的侵襲性膽道惡性腫瘤,預(yù)后不良。盡管靶向療法的部署已在許多腫瘤類型中顯示出顯著的生存益處,但傳統(tǒng)的細(xì)胞毒性化學(xué)療法仍然是不可切除和轉(zhuǎn)移性膽囊癌的主要治療方法。

方法

對正在進行的和先前的臨床研究的系統(tǒng)評價表明,在膽囊癌中使用靶向藥物的生物標(biāo)志物驅(qū)動的治療試驗很少。事實上,在過去的 6 年中,在臨床試驗網(wǎng)站上列出的 38 個膽道治療方案中,只有 6 個(21%)使用了基于腫瘤生物標(biāo)志物或基因組學(xué)的靶向治療?,F(xiàn)在消化科腫瘤靶向用藥優(yōu)化提高協(xié)作團隊已經(jīng)進入了下一代測序和正確醫(yī)學(xué)的時代,消化科腫瘤靶向用藥優(yōu)化提高協(xié)作團隊開始識別膽囊癌中常見和特定的基因改變。

結(jié)果

文獻(xiàn)回顧揭示了 ARID1A、BRAF、CDKN2A/B、EGFR、ERBB2-4、HKN-RAS、PIK3CA、PBRM1 和TP53的變化。鑒于腫瘤基因組分析的廣泛使用以及大多數(shù)上述改變在藥理學(xué)上是易于處理的事實,這些觀察結(jié)果表明這種侵襲性惡性腫瘤的新治療策略的潛力。

結(jié)論

總而言之,迫切需要進一步了解膽囊癌的基因組景觀,以及將治療與目標(biāo)相匹配的生物標(biāo)志物驅(qū)動的臨床試驗。

關(guān)鍵詞: 膽道癌,膽管癌,膽囊癌,靶向治療

 

1 簡介

膽道腫瘤是起源于膽管上皮的侵襲性惡性腫瘤。這些可以根據(jù)它們在膽管樹或膽囊中的位置進行細(xì)分。因此,膽管腫瘤可進一步表征為肝內(nèi)(肝內(nèi)膽管癌,IHCC)或肝外(肝外膽管癌,EHCC),其可進一步細(xì)分為肝門周圍(Klatskin腫瘤)和遠(yuǎn)端膽管癌。總之,這些癌癥構(gòu)成了一組罕見的預(yù)后不良的惡性腫瘤,因為患者經(jīng)常出現(xiàn)在晚期,而全身化療方案通常缺乏顯著的反應(yīng)率。因此,治療目標(biāo)通常是姑息性的 。

由于這些惡性腫瘤的罕見性,以及它們的共同起源細(xì)胞,這些腫瘤促進和發(fā)展的生物學(xué)基礎(chǔ)已作為一種疾病實體進行了研究(圖1)。反過來,所有膽道癌的治療都是相同的。但是,隨著新一代測序 (NGS) 和其他分子技術(shù)的賊新發(fā)展,這些腫瘤實體之間的差異表明,每種腫瘤類型(即膽囊癌 (GBCA)、IHCC 和 EHCC)都具有獨特的體細(xì)胞基因組圖譜. 因此,檢查這些分子特征對于識別靶向特定途徑的藥物可能很重要,這些藥物可用于正確醫(yī)學(xué)方法以及生物標(biāo)志物驅(qū)動的臨床試驗設(shè)計 。在這篇綜述中,消化科腫瘤靶向用藥優(yōu)化提高協(xié)作團隊將重點關(guān)注傳統(tǒng)全身化療對膽道腫瘤的治療,然后概述 GBCA 中存在的基因組改變,以及它們對個性化靶向治療的影響。

圖1:膽道癌變的 Vogelgram。已假定肝內(nèi)膽管癌、肝外膽管癌和膽囊癌之間從良性膽管上皮到膽道腺癌的進展是相同的。這三者被認(rèn)為是通過一系列階段發(fā)生的,包括由幾種危險因素引起的慢性膽道炎癥和膽汁淤積,隨后是細(xì)胞損傷、反應(yīng)性細(xì)胞修復(fù)、克隆增殖、惡性轉(zhuǎn)化、腫瘤生長和轉(zhuǎn)移。這些步驟中的每一個都受到我的因素的調(diào)節(jié),包括上皮-基質(zhì)相互作用、有絲分裂原、基因組改變、表觀遺傳改變、microRNA、失調(diào)的信號通路、上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化和腫瘤-基質(zhì)相互作用。轉(zhuǎn)載自 Sicklick 和 Fanta,第 8B 章:

 

2 膽道癌的傳統(tǒng)治療

由于該疾病的隱匿性,大多數(shù)膽道腫瘤在晚期被診斷出來,并且在就診時通常是不可切除的或轉(zhuǎn)移性的。細(xì)胞毒性化學(xué)療法仍然是晚期疾病治療的主要方法(表格1) 。國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò) (NCCN) 指南  根據(jù)迄今為止賊大的隨機對照 III 期 ABC-02 試驗的結(jié)果,將吉西他濱聯(lián)合順鉑作為膽道癌患者的一線化療標(biāo)準(zhǔn),該試驗與單獨使用吉西他濱相比,聯(lián)合治療的中位總生存期有所提高(11.7 個月對 9 個月)。其他積極的化療方案包括(1)吉西他濱與奧沙利鉑或卡培他濱,(2)卡培他濱與順鉑或奧沙利鉑,(3)氟尿嘧啶與順鉑或奧沙利鉑,(4)單藥氟尿嘧啶,(5)單藥卡培他濱,或( 6) 單藥吉西他濱。在包含這三種藥物的這些不同方案中,反應(yīng)率通常在 10% 至 30% 的范圍內(nèi),預(yù)后仍然很差,中位總生存時間通常不到 1 年。賊近,靶向治療(例如,帕尼單抗、西妥昔單抗和厄洛替尼)已在未選擇的轉(zhuǎn)移性和局部晚期患者中進行了研究,其反應(yīng)活性在統(tǒng)計學(xué)上不顯著(表 2) 。

表格1

目前膽道癌的治療策略

臨床情況

 

治療

 

中位生存期

 

可切除的疾?。ㄝo助)

 

手術(shù)切除;其次是:

 

33 個月

 

  基于氟嘧啶的放化療,或氟嘧啶或吉西他濱化療,或觀察

 

 
無法切除的疾病

 

吉西他濱 + 順鉑

 

11.7 個月

 

  基于氟嘧啶的放化療

 

9.8 個月

 

轉(zhuǎn)移性疾病

 

吉西他濱 + 順鉑

 

11.7 個月

 

  基于氟嘧啶或吉西他濱的化療

 

5.1 至 15.4 個月

 

 

表 2

膽道癌的靶向治療臨床試驗:已完成的 II/III 期試驗和臨床試驗網(wǎng)站上列出的所有 I/II/III 期試驗(2009-2015)

已完成的試驗

 

       
靶向治療

 

選定的人群

 

患者人數(shù)

 

藥物靶點

 

整體回復(fù)率

 

西妥昔單抗 + 吉西他濱 + 卡培他濱 

 

 

34

 

表皮生長因子受體

 

17.6 %

 

西妥昔單抗 + 吉西他濱  a

 

 

44

 

表皮生長因子受體

 

20.4 %

 

西妥昔單抗 + GEMOX  b

 

 

133

 

表皮生長因子受體

 

30 %

 

西妥昔單抗 + GEMOX  b

 

 

30

 

表皮生長因子受體

 

63 %

 

厄洛替尼 + 貝伐單抗 

 

 

53

 

EGFR、VEGF-A

 

12%

 

厄洛替尼 + 多西他賽 

 

 

25

 

表皮生長因子受體

 

0%

 

厄洛替尼 + 索拉非尼 

 

 

34

 

EGFR + BRAF、VEGFR

 

6%

 

厄洛替尼 

 

 

42

 

表皮生長因子受體

 

8%

 

拉帕替尼 

 

 

57(17膽)

 

表皮生長因子受體,ERBB2

 

0%

 

帕尼單抗 + 吉西他濱 + 伊立替康  a

 

 

35

 

表皮生長因子受體

 

31 %

 

帕尼單抗 + GEMOX  b

 

是(KRAS野生型)

 

46

 

表皮生長因子受體

 

33 %

 

司美替尼 

 

 

28

 

MEK1/2

 

12%

 

索拉非尼 + 吉西他濱 + 順鉑 

 

 

39

 

BRAF、血管內(nèi)皮生長因子受體

 

12%

 

索拉非尼 

 

 

36

 

BRAF,VEGFR

 

0%

 

索拉非尼 

 

 

46

 

BRAF,VEGFR

 

2%

 

舒尼替尼 

 

 

56

 

PDGFR、試劑盒、VEGFR、RET、CSF-1R、FLT3

 

8.9 %

 

正在進行的試驗

 

       
Targeted therapy

 

Selected population

 

Study phase

 

Drug target(s)

 

NCI identifier

 

Afatinib

 

No

 

I

 

EGFR and Her2

 

NCT01679405

 

Afatinib

 

No

 

I

 

EGFR and Her2

 

NCT02451553

 

Bevacizumab

 

No

 

II

 

VEGF-A

 

NCT00881504

 

Bevacizumab

 

No

 

II

 

VEGF-A

 

NCT01007552

 

Binimetinib

 

KRAS- or BRAF-mutant

 

I

 

MEK

 

NCT00959127

 

Binimetinib

 

No

 

I

 

MEK

 

NCT02105350

 

Binimetinib

 

No

 

II

 

MEK

 

NCT01828034

 

Cabozantinib

 

No

 

II

 

MET and VEGFR2

 

NCT01954745

 

Cediranib

 

No

 

II

 

VEGFR

 

NCT01229111

 

Cediranib

 

No

 

II/III

 

VEGFR

 

NCT00939848

 

Cetuximab

 

No

 

I

 

EGFR

 

NCT01216345

 

Cetuximab

 

No

 

II

 

EGFR

 

NCT01267344

 

Dabrafenib + trametinib

 

BRAF V600E mutant

 

II

 

BRAF + MEK

 

NCT02034110

 

DKN-01

 

Dkk-1 expressing tumor

 

  Dickkopf-1 (Dkk-1; inhibits canonical Wnt/β-catenin)

 

NCT02375880

 

Dovotinib

 

No

 

I

 

FGFR3

 

NCT01497392

 

Erlotinib

 

No

 

I

 

EGFR

 

NCT00987766

 

Erlotinib + sorafenib

 

No

 

II

 

EGFR + BRAF, VEGFR

 

NCT01093222

 

Everolimus

 

No

 

I

 

PI3K/AKT/mTOR

 

NCT00949949

 

Imatinib

 

No

 

II

 

KIT, PDGFRA

 

NCT01153750

 

MK-2206

 

No

 

II

 

AKT

 

NCT01425879

 

Panitumumab

 

No

 

II

 

EGFR

 

NCT00948935

 

Panitumumab

 

KRAS wild-type

 

II

 

EGFR

 

NCT01320254

 

Pazopanib

 

No

 

II

 

VEGFR, KIT, PDGFR

 

NCT01855724

 

Ponatinib

 

FGFR2 fusion

 

II

 

FGFR2 fusion

 

NCT02265341

 

Ramucirumab

 

No

 

II

 

VEGFR2

 

NCT02520141

 

Refametinib

 

No

 

II

 

MEK

 

NCT02346032

 

Regorafenib

 

No

 

II

 

VEGFR2、TIE2

 

NCT02053376

 

瑞戈非尼

 

 

 

VEGFR2、TIE2

 

NCT02115542

 

RRx-001

 

 

 

ROS介導(dǎo)的泛表觀遺傳劑

 

NCT02452970

 

司美替尼

 

 

 

MEK1/2

 

NCT01949870

 

司美替尼 + MK-2206

 

 

 

MEK1/2 + AKT

 

NCT01859182

 

司米他替

 

 

一/二

 

酪蛋白激酶 2 (CK2)

 

NCT02128282

 

索拉非尼

 

 

 

布拉夫。血管內(nèi)皮生長因子受體

 

NCT00919061

 

SPI-1620

 

 

 

內(nèi)皮素B受體

 

NCT01773785

 

舒尼替尼

 

 

 

PDGFR、試劑盒、VEGFR、RET、CSF-1R FLT3

 

NCT01718327

 

曲美替尼

 

 

 

甲乙酮

 

NCT02042443

 

曲美替尼

 

 

Ⅱa

 

甲乙酮

 

NCT01943864

 

維利帕尼

 

已知或疑似 BRCA1/BRCA2 種系突變

 

 

PARP

 

NCT01282333

 

 

在 Clinicaltrials.gov 上的搜索詞包括膽囊癌、膽管癌或膽道癌;2009 年 1 月 1 日至 2015 年 10 月 1 日

a大多數(shù)研究包括各種膽道腫瘤;然而,標(biāo)有星號的研究僅包括膽管癌

b GEMOX、吉西他濱 + 奧沙利鉑

如前所述,膽道腫瘤在臨床試驗和治療算法中經(jīng)常被歸為一類,例如 NCCN 指南 。然而,它們在生物學(xué)和基因組上是不同的。根據(jù)這一概念,GBCA 和膽管癌的流行病學(xué)差異反映了驅(qū)動這些癌癥發(fā)生的因素的潛在差異 。

 

3 區(qū)分膽道癌的基因組圖譜

基因測序在過去十年中迅速發(fā)展。與依賴一次測序一個基因的舊方法相比,賊近的研究利用 NGS 來表征腫瘤,詳細(xì)介紹了已知在癌癥信號傳導(dǎo)中重要的大量基因的信息。盡管在生物(圖。1)、組織學(xué)和臨床試驗分配、GBCA 和膽管癌具有共享但獨特的體細(xì)胞基因組景觀,這表明不同的治療策略對于每種疾病類型的臨床試驗設(shè)計是必要的。

Borger 及其同事在 2012 年報告了先進項開始描述這些差異的研究 。他們研究了來自胃腸癌患者的 287 個腫瘤,包括膽道癌、結(jié)直腸癌、胃食管癌、肝癌、胰腺癌和小腸癌。他們評估了 15 個已知癌癥基因的 130 個位點特異性基因突變。在其中幾個基因中發(fā)現(xiàn)了突變,包括 KRAS (35 %)、TP53 (22 %)、PIK3CA (10 %)、BRAF (7 %)、APC (6 %)、NRAS (3 %)、IDH1 (2 % ) )、AKT1 (1%)、CTNNB1 (1%) 和PTEN (1%)。而IDH1突變在其他常見的胃腸道惡性腫瘤中很少見,它們在賊初的 12 例膽道癌系列中的 3 例(25%)中發(fā)現(xiàn)。為了更好地定義IDH1和IDH2突變,檢查了另外 75 個膽管癌,總共 87 個腫瘤(IHCC(N = 40)、EHCC(N = 22)和 GBCA(N = 25))(表3)。在子集分析中,只有 IHCC(40 個中的 9 個,23%)有IHD1(20%)或IDH2(3%)突變,而在 EHCC 或 GBCA 中沒有發(fā)現(xiàn)。相比之下,KRAS (23%) 和TP53 (14%) 在 EHCC 中占主導(dǎo)地位,而PIK3CA (12%) 突變在 GBCA 中賊常見。這是先進次,這項研究開始在分子上區(qū)分膽道癌,并確定了潛在的新治療靶點,代表了該領(lǐng)域的重大范式轉(zhuǎn)變。

表3

膽囊癌中賊常見的體細(xì)胞基因組改變和免疫組織化學(xué)變化

基因組改變

 

GBCA ( N =25) 

 

GBCA ( N =64) 

 

GBCA ( N =85) 

 

GBCA ( N =57) 

 

APC

 

4%

 

     
AR1D1A

 

    15 %

 

 
BRAF

 

    1%

 

6%

 

CDKN2A/B丟失

 

    19%

 

6%

 

CTNNB1

 

4%

 

     
HRAS

 

      2%

 

IDH1

 

  1.5%

 

   
表皮生長因子受體( ERBB1 )

 

      4%

 

ERBB2放大

 

    16%

 

 
ERBB2

 

      10%

 

ERBB3

 

      12%

 

ERBB4

 

      4%

 

FGFR1-3融合擴增

 

    5%

 

 
KRAS

 

4%

 

13%

 

11%

 

8%

 

MAP2K4

 

      4%

 

MAPK10

 

      6%

 

我的C

 

      4%

 

NRAS

 

4%

 

    2%

 

NRG1

 

      3%

 

PIK3CA

 

12%

 

  14%

 

6%

 

SRC

 

      2%

 

TP53

 

4%

 

41 %

 

  47%

 

免疫組織化學(xué) (IHC)

 

GBCA ( N =194) 

 

GBCA ( N =244) 

 

   
ERBB2過表達(dá)

 

9.8 %

 

15%

 

   
PBRM1 低表達(dá)

 

  53 %

 

   

 

所有百分比均四舍五入到賊接近的整數(shù)

除非另有說明,否則 突變

隨著個性化醫(yī)療的發(fā)展,越來越多的患者正在對其腫瘤進行分子分析。賊近提出了兩項??利用不同分子平臺分析膽道癌的大型研究 ??傊@些研究提供了對每個亞型中確定的不同分子變化的進一步洞察。在先進項研究中,使用商業(yè)多平臺分析服務(wù)(Caris Life科學(xué)) 。測試包括測序和蛋白質(zhì)表達(dá)分析 (IHC)。在該分析中,測試的 47 個基因中有 24 個發(fā)生突變,其中TP53 (28 %)、KRAS (18 %)、IDH1 (9 %) 和SMAD4 (6 %)的發(fā)生率賊高。在膽管癌中,BRCA1和BRCA2突變分別見于 7.3% 和 12.5% 的病例。但是,在 GBCA 中沒有觀察到它們。關(guān)于GBCA的進一步分析(表3), TP53 (41 %) 突變是賊常見的。GBCA (15 %) 也具有高人類表皮生長因子受體 2 (HER2) 過表達(dá)。賊后,GBCA 顯示出高頻率的 PBRM1 低表達(dá) (53 %)。因此,多平臺癌癥分析揭示了膽道癌的其他獨特生物標(biāo)志物特征,為疾病生物學(xué)和潛在的治療干預(yù)提供了見解。

在第二項研究中,使用商業(yè)綜合基因組分析 (CGP) 服務(wù)(基礎(chǔ)醫(yī)學(xué))評估了554 例病例(IHCC ( N = 412)、EHCC ( N = 57) 和 GBCA ( N = 85))。CGP 是在雜交捕獲的、基于接頭連接的文庫上進行的,對于 182 個癌癥相關(guān)基因的 3230 個外顯子以及來自 14 個經(jīng)常在癌癥中重排的基因的 37 個內(nèi)含子,平均覆蓋深度 > 600 倍。所有三種膽道癌亞型在細(xì)胞周期調(diào)節(jié)(例如,CDKN2A/B丟失,17-19%)和染色質(zhì)重塑(ARID1A,12-17%)方面都有基因組改變。GBCA 具有高ERBB2(即 HER2 或 HER2/neu)擴增率(分別為 11 和 16 %)。此外,與 Borger 研究一致, PIK3CA (14 %) 突變在 GBCA 中賊常見 。綜合起來,NGS 數(shù)據(jù)表明 GBCA 有頻繁的PIK3CA和TP53突變,EHCC 有頻繁的 ARID1A、KRAS和TP53突變,而 IHCC 有頻繁的 ARID1A、BAP1、IDH1、KRAS、PBRM1和TP53突變。因此,膽道癌的基因組改變存在多樣化的體細(xì)胞景觀,可以用來區(qū)分它們,也可以為治療提供臨床上合理的靶點。在這里,消化科腫瘤靶向用藥優(yōu)化提高協(xié)作團隊關(guān)注在 GBCA 中賊常見和經(jīng)常發(fā)現(xiàn)的基因組畸變,特別關(guān)注那些具有臨床相關(guān)性的畸變,因為它們具有潛在的可操作性。

 

4 膽囊癌的基因組改變

4.1 APC

腺瘤性結(jié)腸息肉 ( APC ) 編碼一種腫瘤抑制蛋白,可作為 Wnt/β-連環(huán)蛋白信號通路的拮抗劑。它還參與細(xì)胞遷移、粘附、轉(zhuǎn)錄激活和細(xì)胞凋亡。在一項研究中,4% 的 GBCA 病例報告了APC的基因組改變(表3) 。Wnt 通路抑制劑正在開發(fā)或針對幾種腫瘤類型進行臨床試驗。塞來昔布和舒林酸是 FDA 批準(zhǔn)的抑制 Wnt/β-連環(huán)蛋白通路的藥物 。

4.2 干旱1A

ARID1A編碼開關(guān)/蔗糖不可發(fā)酵 (SWI/SNF) 家族的成員。SWI/SNF 是一種染色質(zhì)重塑復(fù)合物,包括三個推定的 DNA 結(jié)合亞基(ARID1A、ARID1B 和 PBRM1)。大約 13% 的 GBCA 患者ARID1A異常(通常丟失)。SWI/SNF 基因具有通過染色質(zhì)重塑調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄的解旋酶和 ATP 酶活性。因此,通常由染色質(zhì)抑制的基因的轉(zhuǎn)錄激活需要 SNF/SWI 復(fù)合物。此外,ARID1A的 C 末端可以刺激糖皮質(zhì)激素受體依賴性轉(zhuǎn)錄激活。此外,當(dāng)ARID1A表達(dá)丟失,PI3K/AKT/mTOR 通路的激活更加頻繁;也有報道稱, MLH1基因的表觀遺傳沉默會增加微衛(wèi)星的不穩(wěn)定性。后者可能令人感興趣,因為賊近的數(shù)據(jù)表明,免疫檢查點抑制劑(例如,抗 PD-L1 療法)在微衛(wèi)星不穩(wěn)定性的腫瘤中更有效,微衛(wèi)星不穩(wěn)定性是由 DNA 錯配修復(fù)受損引起的 。

4.3 BRAF

BRAF是絲氨酸-蘇氨酸激酶 Raf 家族的成員,也是參與細(xì)胞生長信號傳導(dǎo)的 MAPK (RAS-RAF-MEK-ERK) 通路的一個組成部分。在大約 1-6% 的膽囊癌中觀察到BRAF突變。雖然BRAF抑制劑 vemurafenib 和 dabrafenib 用于治療經(jīng)常攜帶BRAF V600E 突變的黑色素瘤,導(dǎo)致高反應(yīng)率 ,但在許多非黑色素瘤癌癥中使用BRAF抑制劑是一個非?;钴S的領(lǐng)域正在進行的調(diào)查。

4.4 CDKN2A/B

細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑 2A 和細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶 4 抑制劑 B ( CDKN2A/B ) 丟失見于大約 6-19% 的膽囊癌 。這些基因位于相鄰區(qū)域,導(dǎo)致同時發(fā)生缺失。CDKN2A是一種腫瘤抑制基因,它編碼 p16 INK4A和 p14 ARF ,它可以調(diào)節(jié)細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶 CDK4 和 CDK6,它可以防止 TP53 降解。CDKN2B是一種腫瘤抑制基因,它編碼 p15 INK4B,調(diào)節(jié) CDK4 和 CDK6,并阻止細(xì)胞周期蛋白 D 的激活。CDKN2A/B丟失導(dǎo)致 CDK4/6 復(fù)合物的激活,從而導(dǎo)致細(xì)胞周期蛋白 D、Rb 和 E2F 激活 (60),從而調(diào)節(jié)細(xì)胞周期進程。使用 palbociclib 等藥物抑制 CDK4/6 可能對 CDKN2A 功能喪失的患者有活性 。該藥物目前已獲得 FDA 批準(zhǔn)用于雌激素受體陽性晚期乳腺癌,目前正在單獨研究或與其他藥物聯(lián)合用于多種其他實體瘤類型 。

4.5 CTNNB1

連環(huán)蛋白(鈣粘蛋白相關(guān)蛋白)β-1,也稱為 β-連環(huán)蛋白,是一種由CTNNB1編碼的蛋白質(zhì)。在一項研究中,4% 的 GBCA 報告了該基因的基因組改變(表3) 。CTNNB1編碼的蛋白質(zhì)是粘附連接復(fù)合物的一部分。這些連接對于上皮細(xì)胞層的產(chǎn)生和維持是必需的。編碼的蛋白質(zhì)還錨定肌動蛋白細(xì)胞骨架,并可能傳遞接觸抑制信號,一旦上皮層完成,就會導(dǎo)致細(xì)胞停止分裂。賊后,CTNNB1蛋白與APC基因的產(chǎn)物結(jié)合,是經(jīng)典 Wnt/β-catenin 信號通路的組成部分。同樣,Wnt 通路抑制劑正在開發(fā)或針對幾種腫瘤類型進行臨床試驗。目前,塞來昔布和舒林酸僅是 FDA 批準(zhǔn)的可能抑制 Wnt/β-catenin 通路的藥物 。

4.6 HER家族基因

HER家族基因包括EGFR(即表皮生長因子受體或HER1),其在約 3.9% 的 GBCA  中發(fā)生突變,但在約 38.5% 的病例中過度表達(dá) ;ERBB2和ERBB3分別在 GBCA 的 10-16% 和 12% 中發(fā)生改變 。事實上,在一項針對 57 名患者的研究中,ERBB 信號(包括EGFR、ERBB2、ERBB3、ERBB4及其下游靶標(biāo),如NRG1)在 36.8% 的腫瘤中發(fā)生了突變 。此外,這些基因異??赡軐?dǎo)致更差的預(yù)后。鑒于 EGFR 突變/擴增的頻率相對較低,在未經(jīng)選擇的患者中進行 EGFR 抑制劑治療的臨床試驗產(chǎn)生了較低的客觀反應(yīng)率 ,而尚未進行將EGFR基因組改變作為患者選擇的生物標(biāo)志物的試驗。高ERBB2擴增率與先前關(guān)于膽管癌中HER2過表達(dá)的報道一致。HER2的一項研究37,992 名患者的表達(dá)/擴增包括 194 名 GBCA 患者。在該子集中,9.8% 的 HER2 過表達(dá) (IHC) 與熒光原位雜交的一致性為 92% 。臨床前實驗表明,靶向 HER2 可誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡并抑制皮下膽道腫瘤 。迄今為止,在未經(jīng)選擇的膽道癌患者中使用拉帕替尼進行的小型研究尚未成功 。然而,在子集分析中,5/8 (62.5%) 的HER2擴增/過表達(dá)患者在 HER2 導(dǎo)向治療中獲得了有效或部分反應(yīng) 。因為 HER 家族的成員協(xié)同工作,ERBB3 必須與 ERBB2 二聚化才能發(fā)揮作用。因為 ERBB3 在大約 12% 的 GBCA 中發(fā)生了改變,所以 pan-HER 抑制劑(例如,阿法替尼)以及抗 Her 抗體(例如,帕妥珠單抗)可能在這些患者中具有活性,因為它們會破壞 ERBB2-ERBB3 二聚化。

4.7 RAS

KRAS突變見于 4-13% 的膽囊腫瘤。KRAS是 RAS 家族的一部分,突變導(dǎo)致 MAP 激酶途徑中 RAF-MEK-ERK 的組成型激活。其他 RAS 家族基因,包括NRAS和HRAS,也已在 GBCA 中發(fā)現(xiàn),盡管分別在高達(dá) 2-4 和 2% 的病例中不太常見 。在 MAPK 通路中,MEK 作為 RAS 的關(guān)鍵下游效應(yīng)器發(fā)揮作用。賊近,曲美替尼是一種小分子 MEK 抑制劑,已獲得 FDA 批準(zhǔn)用于治療黑色素瘤,并且正在進行其他癌癥類型的臨床研究 。另一種 MEK1/2 抑制劑司美替尼已在未經(jīng)選擇的轉(zhuǎn)移性膽道癌患者中進行了研究 。在 3/28 (12 %) 的患者中觀察到客觀反應(yīng);然而,患者不是根據(jù)突變狀態(tài)選擇的。值得注意的是,這接近于四項大型膽道癌研究中 KRAS 突變的比例(2.5-37.5 %)。

4.8 PI3K/AKT/mTOR通路基因

PIK3CA中的突變激活 AKT/mTOR 通路,并已在許多惡性腫瘤類型中得到描述,包括結(jié)腸癌、乳腺癌、胃癌和腦癌。體細(xì)胞突變在膽道癌中不太常見;PTEN和PIK3CA突變分別在大約 1% 和 12-14% 的 GBCA 中觀察到。這些突變的存在可能使腫瘤對目前正在研究的 PI3K 特異性抑制劑以及 mTOR 抑制劑(如依維莫司、坦索莫司和雷帕霉素)敏感。與此一致,有已發(fā)表的 II 期數(shù)據(jù)表明依維莫司和雷帕霉素在化療后進展的膽道癌中的活性 。

4.9 PBRM1

SWI/SNF 是一種染色質(zhì)重塑復(fù)合物,包括三個推定的 DNA 結(jié)合亞基(ARID1A、ARID1B 和 PBRM1)。PBRM1(或BAF180)充當(dāng)腫瘤抑制基因。在透明細(xì)胞腎癌中,體細(xì)胞突變導(dǎo)致染色質(zhì)生物學(xué)異常 。在 GBCA 中,免疫組織化學(xué)顯示 PBRM1 的低表達(dá)發(fā)生率約為 53% 。尚不清楚是否可以針對這種基因畸變。然而,鑒于有關(guān)免疫療法和檢查點抑制在錯配修復(fù)基因突變患者中的作用的新數(shù)據(jù),這些突變會增加體細(xì)胞突變率 ,染色質(zhì)重塑受損有可能成為遺傳不穩(wěn)定性的另一個來源和抗 PD-1 或??抗 PD-L1 療法的潛在應(yīng)用。

4.10 SMAD4

SMAD4是 TGF-β 信號通路中的轉(zhuǎn)錄因子和腫瘤抑制基因,在幾種癌癥類型中發(fā)生突變。在通路激活后,TGF-β 受體復(fù)合物磷酸化受體調(diào)節(jié)的 SMAD,其隨后在細(xì)胞核中積累并充當(dāng)轉(zhuǎn)錄因子。SMAD4的基因組改變見于約 6% 的 GBCA 。靶向 SMAD4 具有挑戰(zhàn)性,因為 TGF-β 在腫瘤發(fā)生中起著雙重作用。在腫瘤的起始和早期進展過程中,TGF-β 充當(dāng)腫瘤抑制因子,這得到了 TGF-β 信號通路成員的缺失或功能突變導(dǎo)致不受調(diào)節(jié)的細(xì)胞生長和癌癥這一事實的支持。然而,在腫瘤進展的晚期,TGF-β水平升高會促進腫瘤生長。目前,沒有關(guān)于 TGF-β 調(diào)節(jié)劑或抗 SMAD4 藥物的研究。

4.11 TP53

4% 到 41% 的 GBCA 在 TP53 中存在突變,TP53是 TP53-MDM2-MDMX 軸的成員 。它作為一種腫瘤抑制基因發(fā)揮作用,參與細(xì)胞過程,包括基因表達(dá)、DNA 修復(fù)和細(xì)胞凋亡。TP53 突變導(dǎo)致癌細(xì)胞生長和永生。迄今為止,靶向TP53突變已被證明是一項挑戰(zhàn)。已經(jīng)提出了幾種策略:(1) Wee-1 激酶抑制劑和 DNA 損傷劑,(2) p53-MDM2 相互作用的抑制劑,導(dǎo)致 p53 穩(wěn)定,和 (3) 血管內(nèi)皮生長因子受體 (VEGFR)/ TP53突變患者的 VEGF 靶向藥物。

Wee-1 是一種絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶,可磷酸化細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶 1 (Cdk1)。它在有絲分裂的 G2/M 檢查點起作用。臨床前研究表明,抑制 Wee-1 后癌細(xì)胞的活力可以減弱。此外,當(dāng)細(xì)胞與常規(guī)的 DNA 損傷療法(例如,放射和/或細(xì)胞毒性化學(xué)療法)聯(lián)合處理時,這種情況會得到增強。有絲分裂災(zāi)難是由于未修復(fù)的 DNA 損傷過早進入有絲分裂造成的。因此,癌細(xì)胞通過 Wee-1 抑制對常規(guī)治療變得敏感,尤其是由于 p53 信號傳導(dǎo)不足而導(dǎo)致 G1 阻滯不足的細(xì)胞 。MK-1775 是一種小分子 Wee-1 抑制劑,可誘導(dǎo)TP53細(xì)胞凋亡- 與破壞 DNA 的化學(xué)治療劑(如吉西他濱、卡鉑、順鉑)聯(lián)合使用時的缺陷細(xì)胞 。但是,在與這些藥物組合的 I 期研究中,沒有觀察到客觀反應(yīng) 。然而,Wee-1 抑制劑仍在臨床研究中 。

靶向 p53 的另一種方法是使用 MDM2 抑制劑,該抑制劑在野生型 p53 存在時具有活性。有趣的是,MDM2 過表達(dá)與 GBCA 的預(yù)后不良有關(guān)。有幾種小分子 MDM2 抑制劑,例如 MI-219 和 Nutlin-3 的類似物,它們正在開發(fā)中。

賊后,基于一項回顧性研究,還提出了第三種靶向突變TP53的方法,該研究表明,與野生型患者相比, TP53 突變型晚期癌癥患者在接受含有貝伐單抗的方案治療時具有更長的無進展生存時間。 -類型TP53 。此外,TP53突變與VEGF-A mRNA 表達(dá)增加相關(guān),這是貝伐單抗的目標(biāo) 。

 

5 靶向藥物臨床試驗概述

過去 60 年來,治療晚期惡性腫瘤的模式發(fā)生了變化。歷史上,化學(xué)治療劑已被用于治療多種類型的癌癥??茖W(xué)家們現(xiàn)在正試圖利用癌癥生物學(xué)、基因組學(xué)和免疫調(diào)節(jié)方面不斷增長的知識來創(chuàng)造對良性細(xì)胞危害較小、對癌細(xì)胞更致命的靶向療法。迄今為止,在晚期疾病中進行的分子匹配方法已經(jīng)對個性化癌癥治療產(chǎn)生了重要的見解。因此,這種方法是有先例的。

GBCA 體細(xì)胞改變的鑒定概念(表3) 可以與針對同源基因組改變的靶向藥物配對,這已被證明可以在多種癌癥類型中導(dǎo)致更高的反應(yīng)率 。例如,在BRAF V600E突變的黑色素瘤患者中使用威羅非尼和曲美替尼可顯著提高生存率 。同樣,分別用厄洛替尼和克唑替尼靶向肺癌中的EGFR突變和EML4-ALK融合產(chǎn)物,已導(dǎo)致顯著改善的結(jié)果 。賊后,針對 PI3K/AKT/mTOR 通路與同源抑制劑聯(lián)合使用(但不是作為單一藥物)導(dǎo)致疾病穩(wěn)定超過 6 個月,并且在PIK3CA突變個體中部分緩解率高達(dá) 45% 。

盡管有上述針對其他疾病的研究,但 PubMed 的一篇綜述顯示,使用靶向藥物治療膽道癌的已發(fā)表臨床試驗數(shù)量有限(表 2)。除一份報告外,對未經(jīng)選擇的人群進行了治療。少有一項在選定人群中報告結(jié)果的試驗在KRAS野生型人群中使用了抗 EGFR 抗體帕尼單抗。由于這些研究中的反應(yīng)率變化很大,因此很難評估靶向藥物的貢獻(xiàn)。此外,在幾項僅使用靶向藥物的試驗中,反應(yīng)率非常低,這表明生物標(biāo)志物選擇的重要性。事實上,賊近的大型薈萃分析(約 70,000 名患者)表明,匹配的靶向治療可改善結(jié)果,但沒有匹配的靶向治療通常具有低或可忽略的有益效果 。此外,在晚期難治性 GBCA 和膽管癌患者中,主要匹配的靶向藥物或局部治療的 I 期試驗的 PFS 與 FDA 批準(zhǔn)的藥物的一線、二線和賊后一線治療相似 。此外,用肝動脈輸注奧沙利鉑和血管生成抑制劑、HER-2 或 MEK 治療導(dǎo)致疾病穩(wěn)定超過 6 個月,在 28% 接受過大量治療的膽道惡性腫瘤患者中部分緩解。

 

6 正在進行的試驗

在過去 6 年中注冊的新膽道和相關(guān)方案的臨床試驗.gov 搜索確定了 38 個方案(搜索標(biāo)準(zhǔn):2009 年 1 月 1 日至 2015 年 10 月 1 日期間在數(shù)據(jù)庫中注冊的試驗;膽囊癌或膽管癌或膽道癌)。對這些方案的審查確定,其中只有六個使用針對 EGFR 和 MEK 的靶向藥物,這些藥物針對的是經(jīng)過生物標(biāo)志物選擇的人群(表 2)。據(jù)消化科腫瘤靶向用藥優(yōu)化提高協(xié)作團隊所知,尚無對 GBCA 患者使用 PD-1 或?? PD-L1 阻斷劑進行免疫治療的試驗。

 

7 結(jié)論

膽囊癌是罕見的侵襲性腫瘤,使用生物標(biāo)志物引導(dǎo)的靶向治療的臨床試驗很少。標(biāo)準(zhǔn)化療治療的中位生存期約為 1 年。基因組匹配或免疫治療選擇目前尚未獲得 FDA 批準(zhǔn)。使治療決策復(fù)雜化,GBCA 與其他膽道惡性腫瘤,如肝內(nèi)和肝外膽管癌,但 GBCA 生物學(xué)是不同的。事實上,大多數(shù)生物學(xué)研究將這些癌癥的信號通路歸為一類,盡管它們之間存在差異(圖1)。在肺癌和黑色素瘤中,使用基于特定分子或生物學(xué)改變的匹配靶向治療,這些改變指向基因組靶向治療和/或免疫治療策略的利用,已導(dǎo)致生存率顯著提高,并作為認(rèn)知方法向周到臨床的范式轉(zhuǎn)變試驗設(shè)計。因此,原發(fā)性和/或轉(zhuǎn)移性疾病的病理記錄對于基因組分析至關(guān)重要。在 GBCA 中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了多種潛在的可操作基因組改變(表3)。此外,一些基因共享共同的下游信號通路,包括 MAPK ( N = 7)、PI3K/AKT/mTOR ( N = 5)、磷脂酶 Cγ ( N = 2)、Wnt/β-catenin ( N = 2) 和染色質(zhì)重塑復(fù)合物 ( N = 2) (表 4)。其他途徑(包括 TP53/MDM2/MDMX、TGF-β、Src、JNK、JAK/STAT、PKC、FGF、細(xì)胞質(zhì) NADPH 產(chǎn)生、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和細(xì)胞周期調(diào)控)各自僅與一個基因相關(guān)。盡管有許多可用的同源靶向藥物的改變或途徑(表 4),很少有人在臨床試驗中進行過研究,而在臨床試驗.gov 上的搜索顯示,此類協(xié)議的持續(xù)缺乏。迫切需要開發(fā)一種生物標(biāo)志物驅(qū)動的方法,用于 GBCA 等罕見惡性腫瘤的臨床試驗設(shè)計。

表 4

將基因組改變與膽囊癌的靶向治療相匹配:值得研究的理論可操作性

改變的基因目標(biāo)

 

受影響的下游途徑

 

FDA 批準(zhǔn)的靶向治療

 

替代代理;發(fā)育療法

 

APC

 

Wnt/β-連環(huán)蛋白

 

塞來昔布和舒林酸(作為 WNT 抑制劑)

 

 
AR1D1A

 

染色質(zhì)重塑復(fù)合物;PI3K/AKT/mTOR

 

依維莫司、西羅莫司(mTOR 抑制劑)

 

損失可能會導(dǎo)致微衛(wèi)星不穩(wěn)定,因此 PD-1 阻斷也可能適用 

 

BRAF

 

MAPK

 

Vemurafenib 和 dabrafenib(BRAF 抑制劑);曲美替尼(MEK 抑制劑) 

 

 
CDKN2A/B

 

細(xì)胞周期

 

Palbociclib(CDK4/6 抑制劑)

 

 
CTNNB1

 

Wnt/β-連環(huán)蛋白

 

塞來昔布和舒林酸(作為 WNT 抑制劑)

 

臨床試驗中的 Wnt 抑制劑(例如,PRI-724)

 

表皮生長因子受體(ERBB-1)

 

MAPK、PI3K/AKT/mTOR、JNK

 

阿法替尼、厄洛替尼、吉非替尼、帕尼單抗、依魯替尼(弱)、拉帕替尼、西妥昔單抗(EGFR 抑制劑和抗體) [ 69、70 ]

 

 
HER2/c-neu (ERBB-2)

 

MAPK、PI3K/AKT/mTOR、JAK/STAT、PKC、磷脂酶 Cγ

 

阿法替尼、拉帕替尼、帕妥珠單抗、(ado-)曲妥珠單抗 emtansine(Her2/3 抑制劑和抗體)[ 47、49、70 ]

 

 
她 3 ( ERBB-3 )

 

MAPK、PI3K/AKT/mTOR、磷脂酶 Cγ

 

阿法替尼、帕妥珠單抗(Her2/3 抑制劑和抗體)

 

 
HRAS

 

MAPK

 

曲美替尼(MEK 抑制劑;療效不明確)

 

司美替尼(MEK-1/2 抑制劑)

 

FGFR1-3

 

生長因子

 

帕唑帕尼、瑞戈非尼、波納替尼、樂伐替尼(FGFR 抑制劑)

 

 
1DH1

 

細(xì)胞質(zhì) NADPH 產(chǎn)生

 

5-氮雜胞苷、地西他濱(DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶抑制劑)

 

臨床試驗中的谷氨酰胺酶抑制劑

 

KRAS

 

MAPK

 

曲美替尼(MEK 抑制劑) 

 

司美替尼(MEK-1/2 抑制劑)

 

我的C

 

轉(zhuǎn)錄

 

  溴結(jié)構(gòu)域抑制劑(例如 JQ1)

 

NRAS

 

MAPK

 

曲美替尼(MEK 抑制劑;療效不明確)

 

司美替尼(MEK-1/2 抑制劑)

 

PBRM1

 

染色質(zhì)重塑復(fù)合物

 

   
PIK3CA

 

PI3K/AKT/mTOR

 

依維莫司、西羅莫司 (mTOR 抑制劑;可聯(lián)合使用,因為在某些匹配環(huán)境中單藥活性較低 )

 

 
SMAD4

 

轉(zhuǎn)化生長因子-β

 

   
SRC

 

 

博舒替尼、達(dá)沙替尼、波納替尼、凡德他尼(Src 抑制劑)

 

 
TP53

 

TP53/MDM2/MDMX

 

VEGF 抑制劑(回顧性研究顯示 TP53 突變體與野生型腫瘤相比,貝伐單抗的 PFS 更長 ;TP53 突變導(dǎo)致 VEGF-A 轉(zhuǎn)錄物增加 

 

臨床試驗中的 Wee-1 抑制劑(例如 MK-1775)

 

 

a列表包括 FDA 批準(zhǔn)的藥物,但標(biāo)簽外適應(yīng)癥


 

Genomics of gallbladder cancer: the case for biomarker-driven clinical trial design.

Sicklick JK, Fanta PT, Shimabukuro K, Kurzrock R.

Cancer Metastasis Rev. 2016 Jun;35(2):263-75. doi: 10.1007/s10555-016-9602-8.

 

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