【佳學基因檢測】基因解碼致病基因鑒定找到108個精神病風險位點，可以進行基因檢測

如何進行精神病的基因根源的基因解碼？

《精神病的發(fā)病根源研究》課題組，首先納入研究課題的人員的全基因組基因型分型數(shù)據(jù)，從中基因解碼研究人員構(gòu)建了49個祖先匹配、非重疊的病例對照樣本（46個歐洲血統(tǒng)和3個東亞血統(tǒng)，34241個病例和45604個對照），以及3個歐洲血統(tǒng)的基于家族的樣本（1235個受父母影響的后代三人組）。這些大數(shù)據(jù)集構(gòu)成了主要的精神病患者全基因組關(guān)聯(lián)分析（ GWAS）數(shù)據(jù)集。精神病基因病源學研究組使用統(tǒng)一的質(zhì)量控制程序處理所有研究的基因型，然后使用1000基因組項目參考小組插補SNP和插入缺失。在每個樣本中，使用插補標記劑量和主成分（PCs）進行關(guān)聯(lián)測試，以控制人群分層。這些結(jié)果通過一個反向加權(quán)固定效應模型結(jié)合起來。質(zhì)量控制后（插補信息得分）≥ 0.6，MAF≥ 0.01，并在≥ 20個樣本），課題組分析了大約950萬個變異序列。結(jié)果采用下圖方式展現(xiàn)。為了能夠獲得大樣本，精神疾病基因解碼課題組通過臨床醫(yī)生診斷而不是基于研究的評估來確定病例，并提供了這種方法有效性的證據(jù)。事后分析顯示，在不同的評估方法和確定模式中，相關(guān)位點的效應大小模式相似，這說明提交組基因檢測數(shù)據(jù)庫的位點，經(jīng)過基因解碼分析事具有可重復性。這些數(shù)據(jù)進一步強化了基因解碼為基因檢測提供新型位點，并不斷提高全面性與正確性的證據(jù)。

精神病基因解碼所提交的基因檢測位點結(jié)果展示

曼哈頓發(fā)現(xiàn)圖——對49個病例對照樣本（34241個病例和45604個對照）和3個基于家庭的關(guān)聯(lián)研究（1235個受父母影響的后代三人組）進行全基因組關(guān)聯(lián)薈萃分析。x-y軸是染色體的位置(−log10（P））。紅線顯示全基因組顯著性水平（5×10）−8). 綠色的SNPs與代表獨立的全基因組顯著關(guān)聯(lián)的指數(shù)SNPs（菱形）在LD中。

基因解碼是如何建立個體、家族基因型與精神病患者基因檢測的因果關(guān)系的？

對于P<1×10^-6的LD（連鎖不平衡）獨立SNPs子集−6在薈萃分析中，《精神病患者基因原因分析課題組》接下來獲得了解碼遺傳學的結(jié)果（1513例和66236例歐洲血統(tǒng)對照）?！毒癫』颊呋蛟蚍治稣n題組》將LD非依賴性SNP定義為那些在500kb窗口內(nèi)具有較低LD（r2<0.1）到更顯著相關(guān)SNP的SNP。鑒于擴展MHC區(qū)域的高LD跨度約為8MB，《精神病患者基因原因分析課題組》保守地只包含一個MHC SNP來代表該位點。然后將基因解碼數(shù)據(jù)與來自主要GWA的數(shù)據(jù)相結(jié)合，得到一個包含36989例病例和113075例對照的數(shù)據(jù)集。在賊終分析中，128個LD獨立SNP超過了全基因組顯著性（P≤ 5×10^-8） 。