【佳學基因檢測】腫瘤基因檢測為什么要獲取編碼區(qū)突變和剪接位點突變？

腫瘤基因檢測導讀：

腫瘤基因解碼基因檢測采用的全基因組測序與全外顯子測序（WES）一樣能夠檢測編碼區(qū)和接近外顯子-內含子接頭處的剪接位點中的體細胞SNV和短插入缺失（1-10 bp）。癌癥全基因組測序能夠檢測內含子區(qū)域的體細胞突變，這些突變對腫瘤的發(fā)生、轉移與反復的影響難以通過數(shù)據(jù)庫比對進行評估和解釋。然而，基因解碼結合RNA-Seq數(shù)據(jù)的分析可以評估深內含子和同義突變的影響，并研究基因組改變的轉錄或功能后果。除了在外顯子-內含子接頭處（GU-AG共識位點）的突變外，深內含子區(qū)域的突變可以產生新的剪接供體或接受體位點，產生新的剪接形式。編碼區(qū)和內含子區(qū)的同義突變可以改變調節(jié)剪接和癌癥相關基因功能的外顯子模體。腫瘤基因解碼對全基因組測序和RNA-Seq進行系統(tǒng)的聯(lián)合分析，以解釋這些非編碼突變。

全基因組測序（WGS）和RNA-Seq中的非編碼突變和基因表達。內含子突變可以影響剪接形式。5'UTR和啟動子區(qū)域的突變可以改變轉錄活性，基因間區(qū)域中的增強子、沉默子或絕緣子等調控元件可以影響染色質結構和轉錄活性。3'UTR的突變可以通過改變miRNA結合和其他機制來改變RNA穩(wěn)定性和蛋白質翻譯。非編碼RNA，尤其是miRNA和lincRNA的突變，可能改變編碼RNA/蛋白質和調控元件的相互作用，并改變染色質結構。
 

什么是編碼區(qū)突變？

編碼區(qū)突變是指發(fā)生在基因編碼區(qū)域的突變。基因編碼區(qū)域是指基因中包含編碼蛋白質所需的信息的區(qū)域，也稱為外顯子區(qū)域。編碼區(qū)突變可以導致蛋白質序列的改變，進而影響蛋白質的功能。這些突變可以是單個堿基的改變，也可以是插入、缺失或倒位等多種形式的改變。編碼區(qū)突變是導致遺傳疾病的主要原因之一，也是腫瘤發(fā)生和發(fā)展的重要驅動因素之一。
 

什么剪接位點突變？

剪接位點突變是指在基因的剪接位點發(fā)生突變，導致剪接過程發(fā)生異常或錯誤。剪接位點是指在基因的轉錄過程中，mRNA的前體RNA（pre-mRNA）經(jīng)過剪接作用，將其中的內含子（intron）剪除，將外顯子（exon）連接起來形成成熟的mRNA。剪接位點突變可能導致以下情況：

1. 剪接位點突變導致剪接錯誤：剪接位點突變可能導致剪接過程中的剪接酶無法正確識別剪接位點，導致剪接錯誤，使得mRNA中含有錯誤的外顯子或缺失某些外顯子，從而影響基因的表達和功能。

2. 剪接位點突變導致剪接劇變：剪接位點突變可能導致剪接過程中的剪接酶選擇性剪接的偏好發(fā)生改變，使得原本正常的剪接模式發(fā)生劇變，產生新的剪接變體。這些剪接變體可能具有不同的外顯子組成，從而導致基因產生不同的蛋白質產物，影響基因的功能。

剪接位點突變是一種常見的基因突變形式，它可以導致多種遺傳疾病的發(fā)生，包括遺傳性疾病、癌癥等。研究剪接位點突變對基因功能的影響，對于理解基因調控和疾病發(fā)生機制具有重要意義。"