目標序列捕獲技術是通過定制目標基因組區(qū)域的探針，與基因組DNA進行雜交，將目標區(qū)域DNA富集后進行高通量測序的技術手段。
 

在進行外顯子組測序時，大約85%的致病突變發(fā)生在蛋白編碼區(qū)，為了正確找到并富集所要檢測的外顯子序列，就要采用序列捕獲技術，對研究已知基因的單核苷酸多態(tài)性和小片段插入/缺失突變檢測等具有較大的優(yōu)勢。
 

在人的染色體上有許多與外顯子有同源性的部分，這些有同源性的部分很可能在雜交過程中也被捕獲下來。因此，測到的序列中，有一部分不是外顯子序列。所以捕獲效率是重點，它的定義則是把測序得到的外顯子部分占全部測序序列的比列，目前的技術手段還不能使捕獲效率達到100% 。
 

目標序列捕獲技術針對目的基因組區(qū)域進行遺傳變異位點檢測，以及對特定區(qū)域深入研究，得到更深的覆蓋度和更高的數據正確性有很大幫助，不僅提高了對稀有變異的檢測能力，同時更經濟有效，通量更高，適合大樣本量的研究。
 

目前其主要方法有傳統(tǒng)PCR、固相雜交法及液相雜交法。
 

PCR反應需要合成引物，費用很高， 且實驗周期長、人力資源耗費大。而新一代測序需要對大量外顯子進行測序， 進而研究疾病相關區(qū)域并進行單核苷酸多態(tài)性驗證， 傳統(tǒng)的方法不能滿足這一要求。
 

固相雜交法原理則是將探針固定在芯片上，主要是利用雜交和DNA微陣列技術基因分離原理來捕獲目標區(qū)域。將打斷后的基因組DNA與定制的序列捕獲芯片進行雜交， 洗去未雜交上的片段， 隨后將富集的目標片段洗脫擴增， 賊后進行高通量測序。該方法具有高特異性和高覆蓋度、捕獲區(qū)域可按需設計、省時省力等優(yōu)點。
 

液相雜交法則是在液體里雜交，通過鏈霉親和素磁珠捕獲標記生物素的雜交探針，基于液相序列捕獲的高通量平行靶向測序技術具有高度特異性、高正確性、良好的重現性和廣泛的應用前景。