【佳學基因檢測】INDEL 檢測，正確基因組編輯的“阿喀琉斯之踵”：對基因編輯誘導的 indels 正確分析方法的調(diào)查

做完基因檢測 我后悔了—科學性

查重分析三甲醫(yī)師職稱提升腫瘤學《腫瘤個性治療的方法與措施》《BMC Genomics》在?2015; 16: 998發(fā)表了一篇題目為《INDEL 檢測，正確基因組編輯的“阿喀琉斯之踵”：對基因編輯誘導的 indels 正確分析方法的調(diào)查》腫瘤靶向藥物治療基因檢測臨床研究文章。該研究由Praveen F. Cherukuri, Valerie Maduro, Karin V. Fuentes-Fajardo, Kevin Lam, NISC Comparative Sequencing Program, David R. Adams,等完成。促進了腫瘤的正確治療與個性化用藥的發(fā)展，進一步強調(diào)了基因信息檢測與分析的重要性。

腫瘤靶向藥物及正確治療臨床研究內(nèi)容關鍵詞：

基因組編輯,可編程核酸酶,鋅指核酸酶,ZFNs,轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應核酸酶,TALENs,CRISPR,

腫瘤靶向治療基因檢測臨床應用結果

基因組編輯技術的進步使得在單堿基水平上操縱基因組成為可能。這些技術基于可編程核酸酶 (PN)，包括大范圍核酸酶、鋅指核酸酶 (ZFN)、轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應核酸酶 (TALEN) 和成簇規(guī)則間隔短回文重復序列 (CRISPR)/CRISPR 相關 9 (Cas9) 核酸酶并使研究人員能夠刪除、插入或替換細胞、組織和整個生物體中的基因組 DNA。重新設計 PN 的基因組靶特異性的巨大靈活性極大地擴展了基因編輯在生命科學中的應用范圍，并顯示出開發(fā)下一代基因療法的巨大希望。 PN 技術的原理是在基因組中用戶指定的位點誘導 DNA 雙鏈斷裂 (DSB)，然后對誘導的 DSB 進行細胞修復。 PN 引發(fā)的 DSB 主要通過非同源末端連接 (NHEJ) 和微同源介導的末端連接 (MMEJ) 途徑修復，可引發(fā)各種小的插入或缺失 (indel) 突變。如果在蛋白質(zhì)編碼序列中引發(fā)插入缺失并改變閱讀框，則可以使用任何可用的 PN 輕松實現(xiàn)靶向基因敲除 (KO)。盡管原則上可以輕松實現(xiàn)基因失活，但在實踐中，成功的 KO 不僅取決于 NHEJ 和 MMEJ 修復的效率；它還取決于所使用的 PN 的設計和特性、選擇的遞送格式、目標位點先進的插入缺失修復結果、目標位點的染色質(zhì)狀態(tài)以及編輯細胞中修復途徑的相關活動。這些變量排除了對 PN 誘導插入缺失的性質(zhì)和頻率的正確預測。因此，任何基因 KO 實驗的關鍵步驟都是檢測、表征和量化在細胞、組織或整個生物體中的目標基因組位點誘導的插入缺失。在本次調(diào)查中，我們簡要回顧了自然發(fā)生的插入缺失及其檢測。接下來，我們回顧了為檢測 PN 誘導的插入缺失而開發(fā)的方法。我們簡要概述了實驗步驟并描述了各種方法的優(yōu)缺點，以幫助用戶為其編輯應用程序確定合適的方法。我們重點介紹了賊近的進展，這些進展能夠正確和靈敏地量化細胞中的插入缺失事件，而不管它們的基因組復雜性如何，將不同插入缺失事件的復雜池轉(zhuǎn)化為信息豐富的插入缺失圖譜。賊后，我們回顧了通過使用新方法對 PN 引發(fā)的插入缺失形成的了解，以及這種見解如何幫助進一步推進基因組編輯領域。

腫瘤發(fā)生與反復轉(zhuǎn)移國際數(shù)據(jù)庫描述：

genome editing,programmable nucleases,zinc-finger nucleases,ZFNs, transcription activator-like effector nucleases,TALENs,CRISPR,