【佳學(xué)基因檢測(cè)】基因檢測(cè)RASSF1A 啟動(dòng)子甲基化可以指導(dǎo)前列腺癌風(fēng)險(xiǎn)嗎?
腫瘤基因檢測(cè)與靶向藥物選擇導(dǎo)讀:
前列腺癌 (PCa) 仍然是美國(guó)男性癌癥相關(guān)死亡的賊常見(jiàn)原因之一。廣泛使用的前列腺特異性抗原 (PSA) 篩查受限于低特異性。其他生物標(biāo)志物如 RAS 關(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域家族蛋白 1A (RASSF1A) 啟動(dòng)子甲基化在前列腺癌中的診斷價(jià)值以及 RASSF1A 甲基化與病理特征或腫瘤分期之間的關(guān)系仍有待確定。因此,對(duì)已發(fā)表的研究進(jìn)行了薈萃分析,以了解 RASSF1A 甲基化與前列腺癌之間的關(guān)聯(lián)。在本次調(diào)查中,共有 16 項(xiàng)研究涉及 1431 例病例和 565 例對(duì)照,采用隨機(jī)效應(yīng)模型進(jìn)行匯總。與對(duì)照組相比,前列腺癌病例中 RASSF1A 甲基化的優(yōu)勢(shì)比 (OR) 為 14.73,95% CI = 7.58–28.61。分層分析一致顯示不同樣本類型和甲基化檢測(cè)方法的風(fēng)險(xiǎn)相似。此外,RASSF1A 甲基化與高 Gleason 評(píng)分相關(guān),OR=2.35,95% CI:1.56-3.53。此外,所有納入研究的匯總特異性為 0.87(95% CI:0.72-0.94),匯總敏感性為 0.76(95% CI:0.55-0.89)。按樣本類型分層的每個(gè)亞組的特異性保持在 0.84 以上,敏感性也保持在 0.60 以上。這些結(jié)果表明 RASSF1A 啟動(dòng)子甲基化將成為 PCa 診斷和治療的潛在生物標(biāo)志物。所有納入研究的匯總特異性為 0.87(95% CI:0.72-0.94),匯總敏感性為 0.76(95% CI:0.55-0.89)。按樣本類型分層的每個(gè)亞組的特異性保持在 0.84 以上,敏感性也保持在 0.60 以上。這些結(jié)果表明 RASSF1A 啟動(dòng)子甲基化將成為 PCa 診斷和治療的潛在生物標(biāo)志物。所有納入研究的匯總特異性為 0.87(95% CI:0.72-0.94),匯總敏感性為 0.76(95% CI:0.55-0.89)。按樣本類型分層的每個(gè)亞組的特異性保持在 0.84 以上,敏感性也保持在 0.60 以上。這些結(jié)果表明 RASSF1A 啟動(dòng)子甲基化將成為 PCa 診斷和治療的潛在生物標(biāo)志物。
前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟
介紹
前列腺癌仍然是美國(guó)男性癌癥相關(guān)死亡的賊常見(jiàn)原因之一,預(yù)計(jì) 2013 年將有 29,720 人死亡 。如果通過(guò)直腸指檢和血清中的前列腺特異性抗原 (PSA) 及早發(fā)現(xiàn)前列腺癌是可以治好的 。PSA 篩查的敏感性為 80%,顯著提高了前列腺癌的早期診斷率,但 PSA 篩查的特異性僅為 20%,這可能導(dǎo)致不必要的活檢和過(guò)度治療 。因此,診斷和管理因缺乏在疾病早期階段使用的癌癥特異性診斷技術(shù)而感到困惑。迫切需要用于明確檢測(cè)和控制這種癌癥的新方法。
分子研究揭示了前列腺癌發(fā)展和進(jìn)展中的重要事件,新生物標(biāo)志物的出現(xiàn)可能會(huì)提高前列腺癌的診斷水平 ?;騿?dòng)子的異常 DNA 甲基化是癌細(xì)胞的特征,并且一些基因以癌癥特異性方式發(fā)生表觀遺傳改變。GSTP1 基因啟動(dòng)子甲基化具有多個(gè)獨(dú)立組的廣泛特征,并且被發(fā)現(xiàn)在前列腺癌中具有診斷價(jià)值 。迄今為止,已有一百多個(gè)基因被報(bào)道為前列腺癌的甲基化靶標(biāo),這可能代表了一種監(jiān)測(cè)癌癥發(fā)生和進(jìn)展的有前途的方法。賊近,基于下一代測(cè)序的研究還確定了其他候選基因 。染色體區(qū)域 3p21 在多種腫瘤類型中經(jīng)常丟失(雜合子和純合子),位于該區(qū)域的 RAS 關(guān)聯(lián)域家族蛋白 1A (RASSF1A) 基因是推定的腫瘤抑制基因,與已知小鼠具有高度序列同源性蛋白質(zhì) (Nore1) 。研究表明 RASSF1 作為效應(yīng)器的作用是通過(guò)以三磷酸鳥(niǎo)苷依賴的方式結(jié)合 RAS 來(lái)傳播 RAS 的凋亡效應(yīng) 。RASSF1A 啟動(dòng)子區(qū)域內(nèi) CpG 島的高甲基化是表達(dá)缺失的主要原因 。在許多實(shí)體瘤中,RASSF1A 的甲基化已被確定,其頻率在 30% 至 50% 之間變化 。因此,RASSF1A 甲基化影響其抑癌作用,并與不良預(yù)后相關(guān) 。
盡管在前列腺癌患者中進(jìn)行了許多個(gè)體研究,但 RASSF1A 甲基化狀態(tài)在前列腺癌中的診斷價(jià)值以及 RASSF1A 甲基化與病理特征或腫瘤分期之間的關(guān)系仍存在爭(zhēng)議。因此,本研究的目的是對(duì)RASSF1A甲基化狀態(tài)在前列腺癌中的預(yù)后價(jià)值,以及RASSF1A甲基化與病理分期、Gleason評(píng)分、PSA水平的關(guān)系進(jìn)行薈萃分析。前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟還評(píng)估了體液和組織中 RASSF1A 甲基化對(duì)前列腺癌檢測(cè)的敏感性和特異性。
前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟
材料和方法
研究選擇
以前發(fā)表的研究前列腺癌中 RASSF1 啟動(dòng)子 DNA 甲基化的文章是通過(guò)使用以下關(guān)鍵詞對(duì) PubMed 進(jìn)行電子搜索來(lái)確定的;前列腺癌、PCa、RAS 關(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域家族蛋白 1A 和 RASSF1A。通過(guò)已識(shí)別文章的參考列表發(fā)現(xiàn)了其他研究。本研究?jī)H包括以英文全文發(fā)表的研究。賊后一次檢索是在 2013 年 3 月進(jìn)行的。
納入和排除標(biāo)準(zhǔn)
如果研究符合以下標(biāo)準(zhǔn)(1),則選擇進(jìn)行分析:測(cè)量以下樣品之一中的 DNA 甲基化:血液、血漿、血清、尿液或前列腺組織;(2) 每項(xiàng)研究的受試者由前列腺癌患者和非癌癥對(duì)照組成;(3) 僅當(dāng)文章全文為英文時(shí),數(shù)??據(jù)才被納入分析。排除標(biāo)準(zhǔn)是:(1) RASSF1A 甲基化僅在細(xì)胞系中進(jìn)行;(2) 沒(méi)有可用的原始數(shù)據(jù)或無(wú)法檢索任何原始數(shù)據(jù);(3)審查論文。
數(shù)據(jù)采集
對(duì)于每項(xiàng)研究,兩名獨(dú)立調(diào)查人員提取了以下信息,包括作者的姓氏、出版年份、國(guó)家、種族、病例類型和對(duì)照。此外,還收集了有關(guān)檢測(cè)方法類型(如 PCR)、癌癥臨床分期、PSA、Gleason 評(píng)分、引物位置、CpG 位置和引物序列的信息。詳細(xì)信息總結(jié)在表格1,表 S2和表 S3。在前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟進(jìn)行敏感性和特異性分析之前,將病例和對(duì)照甲基化數(shù)據(jù)制成表格。在納入的研究中,兩類被指定為對(duì)照:正常對(duì)照和活檢陰性但患有其他疾?。ò夹郧傲邢僭錾˙PH))的患者。只有活檢證實(shí)的 PCa 和高級(jí)別前列腺上皮內(nèi)瘤變 (HGPIN) 被視為病例。因此,真陽(yáng)性(TP)樣本僅限于在指示病例中具有甲基化的樣本,而假陰性(FN)則表明在病例樣本中沒(méi)有甲基化。對(duì)對(duì)照組中的假陽(yáng)性 (FP) 和真陰性 (TN) 給出了相同的定義(表 S1)。
表格1
納入薈萃分析的研究特征。
作者
|
國(guó)家
|
年
|
樣本
|
方法
|
案子
|
控制
|
遇到案例
|
凱斯烏梅特
|
控制遇見(jiàn)
|
控制烏梅特
|
1.Hoque 等人
|
美國(guó)
|
2005年
|
尿
|
QMSP
|
前列腺素
|
BPH/OCD 或正常#
|
38 (73.1%)
|
14
|
10 (11.0%)
|
81
|
2.Roupret 等人
|
法國(guó)
|
2007年
|
尿
|
QMSP
|
前列腺素
|
正常#
|
74 (77.9%)
|
21
|
3 (7.9%)
|
35
|
3.巴斯蒂安等人
|
葡萄牙
|
2008年
|
血清
|
MSP
|
前列腺素
|
正常#
|
3 (1.4%)
|
207
|
0(0)
|
35
|
4.Roupret 等人
|
英國(guó)
|
2008年
|
血液
|
QMSP
|
前列腺素
|
前列腺增生癥
|
41 (97.6%)
|
1
|
5 (22.7%)
|
17
|
5.丸山等
|
美國(guó)
|
2002年
|
組織
|
MSP
|
前列腺素
|
BPH/正常*(7)
|
54 (53.5%)
|
47
|
5 (15.6%)
|
27
|
6.康等人
|
韓國(guó)
|
2004年
|
組織
|
MSP
|
PCa/HGPIN
|
正常#
|
40 (78.4%)
|
11
|
0(0)
|
20
|
7.杰羅尼莫等人
|
葡萄牙
|
2004年
|
組織
|
QMSP
|
PCa/HGPIN
|
前列腺增生癥
|
117 (99.2%)
|
1
|
28 (93.3%)
|
2
|
8.Yegnasubramanian 等人
|
美國(guó)
|
2004年
|
組織
|
QMSP
|
前列腺素
|
正常*(12)
|
70 (95.9%)
|
3
|
0(0)
|
25
|
9.Singal 等人
|
美國(guó)
|
2004年
|
組織
|
MSP
|
前列腺素
|
前列腺增生癥
|
40 (49.4%)
|
41
|
8 (19.0%)
|
34
|
10.伍德森等人
|
美國(guó)
|
2004年
|
組織
|
QMSP
|
PCa/HGPIN
|
正常*(11)
|
23 (67.6%)
|
11
|
0(0)
|
11
|
11.弗洛爾等人
|
德國(guó)
|
2004年
|
組織
|
MSP
|
前列腺素
|
正常#
|
88 (77.9%)
|
25
|
19 (52.8%)
|
17
|
12.巴斯蒂安等人
|
德國(guó)
|
2005年
|
組織
|
QMSP
|
前列腺素
|
前列腺增生癥
|
36 (67.9%)
|
17
|
4 (28.6%)
|
10
|
13.Cho 等人
|
韓國(guó)
|
2007年
|
組織
|
MSP
|
前列腺素
|
前列腺增生癥
|
155 (86.6%)
|
24
|
7 (23.3%)
|
23
|
14.川本等
|
日本
|
2007年
|
組織
|
MSP
|
前列腺素
|
前列腺增生癥
|
97 (74.0%)
|
34
|
12 (18.5%)
|
53
|
15.Syeed 等人
|
印度
|
2010
|
組織
|
MSP
|
前列腺素
|
前列腺增生癥
|
17 (34.0%)
|
33
|
7 (15.6%)
|
38
|
16.Vasiljevic 等人
|
英國(guó)/中國(guó)
|
2011
|
組織
|
PYRO
|
前列腺素
|
前列腺增生癥
|
44 (91.7%)
|
4
|
2 (6.9%)
|
27
|
前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟
BPH,良性前列腺增生;MSP,甲基化特異性 PCR;QMSP,定量實(shí)時(shí)甲基化特異性 PCR;PYRO,焦磷酸測(cè)序;Met,甲基化;Umet,無(wú)甲基化;前列腺癌,前列腺癌;HGPIN,高級(jí)別上皮內(nèi)瘤變;強(qiáng)迫癥,其他癌癥疾病;*對(duì)照欄下括號(hào)內(nèi)的數(shù)字表示匹配的正常組織;#表示來(lái)自沒(méi)有前列腺癌證據(jù)的男性的正常前列腺組織。
Meta分析和統(tǒng)計(jì)分析 具有相應(yīng) 95% CI 的優(yōu)勢(shì)比 (OR) 用于檢查前列腺癌病例和對(duì)照之間 RASSF1A 甲基化頻率的差異。同樣,還檢查了 RASSF1A 甲基化與前列腺癌病理分期、格里森評(píng)分和 PSA 水平之間的關(guān)聯(lián)。為了評(píng)估研究的異質(zhì)性,對(duì)異質(zhì)性進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)。如果研究表明研究是同質(zhì)的,Q 統(tǒng)計(jì)量 P>0.05,則通過(guò)固定效應(yīng)模型計(jì)算 OR 的總結(jié),否則,選擇隨機(jī)效應(yīng)模型。此外,還對(duì)樣本和方法進(jìn)行了分層分析,使用meta回歸研究異質(zhì)性來(lái)源,并進(jìn)行了敏感性分析,每次刪除薈萃分析中的單個(gè)研究以確定單個(gè)數(shù)據(jù)集對(duì)整體合并 OR 的影響,以評(píng)估穩(wěn)定性。潛在的發(fā)表偏倚通過(guò) log [OR] 的漏斗圖對(duì)其標(biāo)準(zhǔn)誤差 (SE) 進(jìn)行視覺(jué)檢查,并通過(guò) Egger 檢驗(yàn)測(cè)試不對(duì)稱程度。賊后采用修剪和填充的方法得出穩(wěn)定的結(jié)論。該薈萃分析使用軟件 STATA 11.0 進(jìn)行。所有 p 值均基于雙邊檢驗(yàn),p<0.05 被認(rèn)為具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。賊后采用修剪和填充的方法得出穩(wěn)定的結(jié)論。該薈萃分析使用軟件 STATA 11.0 進(jìn)行。所有 p 值均基于雙邊檢驗(yàn),p<0.05 被認(rèn)為具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。賊后采用修剪和填充的方法得出穩(wěn)定的結(jié)論。該薈萃分析使用軟件 STATA 11.0 進(jìn)行。所有 p 值均基于雙邊檢驗(yàn),p<0.05 被認(rèn)為具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
使用隨機(jī)效應(yīng)模型分析敏感性和特異性,在該分析中,處理了流體和組織亞組。前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟利用匯總接收操作特征 (S-ROC) 曲線來(lái)評(píng)估陽(yáng)性結(jié)果的閾值定義的變化是否會(huì)在研究中產(chǎn)生敏感性和特異性值之間的關(guān)聯(lián)。每項(xiàng)研究對(duì)真陽(yáng)性率和假陽(yáng)性率的對(duì)數(shù)總和的對(duì)數(shù)優(yōu)勢(shì)比的線性回歸估計(jì)使 S-ROC 計(jì)算成為可能。當(dāng)這些數(shù)量之間的回歸為零時(shí),采用二元數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)方法對(duì)匯總的敏感性和特異性進(jìn)行獨(dú)立分析。在這些情況下,數(shù)據(jù)在對(duì)數(shù)優(yōu)勢(shì)尺度上進(jìn)行分析(例如,對(duì)于特異性,使用的效應(yīng)大小為 log(Spec/(1-Spec))。
前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟
結(jié)果
研究特點(diǎn)
根據(jù)前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟的納入標(biāo)準(zhǔn),共有 16 項(xiàng)符合條件的研究,涉及 1431 例病例和 565 例對(duì)照,被納入?yún)R總分析。這些研究的特點(diǎn)總結(jié)在表格1. 在 16 項(xiàng)研究中,12 項(xiàng)研究使用了組織樣本和 4 項(xiàng)特征體液,例如血液、尿液等。使用甲基化特異性 PCR (MSP)、定量甲基化特異性 PCR (QMSP) 或焦磷酸測(cè)序監(jiān)測(cè)甲基化 RASSF1A 水平。所有病例均來(lái)自活檢證實(shí)的 PCa 或 HGPIN,而對(duì)照僅限于 BPH、健康受試者或患有泌尿生殖系統(tǒng)癌(膀胱癌)且前列腺健康的患者。11 項(xiàng)研究的樣本主要來(lái)自高加索人種,而 4 項(xiàng)研究以亞洲人群為特征,一項(xiàng)研究包括來(lái)自不同大陸的多個(gè)種族的受試者。前列腺癌在所有研究中均得到病理學(xué)證實(shí)。
RASSF1A 啟動(dòng)子甲基化與 PCa 病例病理分期、Gleason 評(píng)分和 PSA 水平之間的關(guān)聯(lián)
在隨機(jī)效應(yīng)模型下,與非癌癥對(duì)照相比,前列腺癌病例中 RASSF1A 甲基化的匯總 OR 為 14.73,95%CI = 7.58–28.61(表 2)。在按樣本進(jìn)行的分層分析中,流體樣本(OR = 26.27, 95%CI = 7.79-88.61)和組織(OR = 12.28, 95%CI = 5.86-25.76)中的 RASSF1A 甲基化風(fēng)險(xiǎn)顯著增加。通過(guò)方法分層分析,MSP(OR 6.75, 95% CI = 3.42-13.22)和 QMSP(OR = 31.50, 95%CI = 10.95-90.62)也發(fā)現(xiàn)風(fēng)險(xiǎn)顯著增加(圖 1A)。前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟還分析了 PCa 病例的病理分期、Gleason 評(píng)分和 PSA 水平與 RASSF1A 甲基化之間的關(guān)系。七項(xiàng)研究 有足夠的信息來(lái)進(jìn)行此分析(表 S2),前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟發(fā)現(xiàn)除了 Gleason 評(píng)分(OR=2.35, 95%)外,具有適當(dāng)模型的組之間沒(méi)有顯著關(guān)聯(lián)CI:1.56-3.53,I 2 =32.3%)。詳細(xì)信息顯示在表3.
表 2
RASSF1A 甲基化和前列腺癌風(fēng)險(xiǎn)的分層分析。
變量
|
帕_
|
或(95% 置信區(qū)間)
|
異質(zhì)性檢驗(yàn)(I 2 , p-value)
|
RASSF1A
|
|||
全部的
|
16
|
14.73 (7.58-28.61)
|
75.5%,0.000
|
樣品類型
|
|||
體液
|
4
|
26.27 (7.79-88.61)
|
56.6%,0.075
|
組織
|
12
|
12.28 (5.86-25.76)
|
75.5%,0.000
|
方法
|
|||
QMSP
|
7
|
31.50 (10.95-90.62)
|
61.8%,0.015
|
MSP
|
8
|
6.75 (3.42-13.22)
|
67.9%,0.003
|
焦磷酸測(cè)序
|
1
|
148.50 (25.45-866.36)
|
不適用
|
前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟
MSP,甲基化特異性 PCR;QMSP,定量實(shí)時(shí)甲基化特異性 PCR;或,優(yōu)勢(shì)比;
CI,置信區(qū)間;多項(xiàng)研究;不適用,不適用。
圖1:顯示 RASSF1A 甲基化與前列腺癌之間關(guān)聯(lián)的森林圖。
(A) 16 項(xiàng)研究的森林圖表明,通過(guò)方法進(jìn)行分層分析,RASSF1A 甲基化與 PCa 風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。(B) 去除 6 項(xiàng)研究的敏感性分析后的森林圖顯示相同的風(fēng)險(xiǎn)沒(méi)有異質(zhì)性 (p = 0.089)。菱形符號(hào)表示來(lái)自薈萃分析的總體估計(jì)及其 CI(置信區(qū)間),而其中心位于總體效應(yīng)估計(jì)的值上。菱形寬度描述了整個(gè) CI 的寬度。
表3
RASSF1A 啟動(dòng)子甲基化與 PCa 病例病理分期、Gleason 評(píng)分和 PSA 水平之間的關(guān)聯(lián)。
臨床病理學(xué)
|
類別
|
或(95% 置信區(qū)間)
|
異質(zhì)性檢驗(yàn)(I 2,P 值)
|
發(fā)表偏倚檢驗(yàn)(P 值) |
|
格里森分?jǐn)?shù)
|
GS≥7
|
2.35 (1.56-3.53)
|
32.3%,0.182
|
0.40 |
|
GS<7
|
|||||
PSA水平
|
PSA>4
|
2.19 (0.27-17.76)
|
67.4%,0.046
|
0.04 |
|
PSA≤4
|
|||||
病理階段
|
Ⅲ&Ⅳ
|
2.01 (0.77-5.23)
|
68.4%,0.007
|
0.73 |
|
Ⅰ&Ⅱ
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前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟
或,優(yōu)勢(shì)比;CI,置信區(qū)間;PSA,前列腺特異性抗原;GS格里森分?jǐn)?shù)。
Meta回歸結(jié)果表明ORs的趨勢(shì)與甲基化檢測(cè)方法相關(guān),這占了異質(zhì)性的一部分(系數(shù)=-1.69,p=0.024,調(diào)整后的R 2 = 47.41%),但是,其他因素如樣本類型 (p=0.525)、發(fā)表年份 (p=0.608) 和患者來(lái)源 (p=0.847) 無(wú)法解釋異質(zhì)性。前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟還進(jìn)行了敏感性分析,以確定省略一項(xiàng)研究對(duì)整體效果的影響,其中六項(xiàng)獨(dú)立研究被發(fā)現(xiàn)引入了一些異質(zhì)性來(lái)源。因此,當(dāng)前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟排除由于不同類型的病例和對(duì)照而可能引入高異質(zhì)性的六項(xiàng)研究時(shí),前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟觀察到異質(zhì)性降低(p = 0.089),結(jié)論穩(wěn)定(OR = 14.45, 95%CI = 8.35-25.01)(圖 1B)。
前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟沒(méi)有觀察到任何發(fā)表偏倚(Egger 檢驗(yàn);p = 0.066),并通過(guò)實(shí)施修剪和填充方法進(jìn)一步證實(shí)了這一觀察結(jié)果。使用或不使用修剪和填充方法的薈萃分析沒(méi)有得出不同的結(jié)論,表明前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟的結(jié)果在統(tǒng)計(jì)上是穩(wěn)健的。Egger 檢驗(yàn)提示 RASSF1A 甲基化與病理分期或 Gleason 評(píng)分相關(guān)性研究不存在發(fā)表偏倚(P>0. 05)(表3)。
使用不同類型樣品的 RASSF1A 啟動(dòng)子甲基化的特異性和敏感性
所有納入研究的匯總特異性為 0.87(95% CI:0.72-0.94),匯總敏感性為 0.76(95% CI:0.55-0.89)。對(duì)于傳統(tǒng)的生物標(biāo)志物而言,PSA的敏感性各不相同,但特異性普遍較低,約為20%,這表明RASSF1A甲基化檢測(cè)的特異性遠(yuǎn)高于PSA檢測(cè)。異質(zhì)性的 p 值 <0.001,表明存在顯著的異質(zhì)性。沒(méi)有發(fā)表偏倚的證據(jù)(p=0.13)。此外,前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟根據(jù)樣本類型(流體/組織)將所有樣本分為兩組。在液體研究(尿液/血液/血漿)中,匯總的敏感性和特異性分別為 0.60(95% CI:0.08-0.96)和 0.93(95% CI:0.75-0.98)。對(duì)于組織研究,匯總的敏感性和特異性為 0.79(95% CI:0.64-0.89)和 0.84(95% CI:0.63-0圖 2.
圖 2:使用 S-ROC 曲線進(jìn)行 Meta 分析。
SENS:靈敏度,SPEC:特異性,AUC:曲線下面積。
前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟
討論
前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟的薈萃分析結(jié)果表明,當(dāng)在尿液、血液或組織樣本中監(jiān)測(cè)時(shí),前列腺癌中的 RASSF1A 甲基化與癌癥風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)。它還與高 Gleason 評(píng)分的風(fēng)險(xiǎn)增加有關(guān)。RASSF1A 的綜合特異性 (0.87) 遠(yuǎn)高于 PSA 的特異性 (20%)。此外,按樣本類型分層的每個(gè)亞組的特異性保持在 0.84 以上,RASSF1A 的敏感性也保持在 0.60 以上。這些結(jié)果表明 RASSF1A 啟動(dòng)子甲基化將是診斷 PCa 的有價(jià)值的生物標(biāo)志物。
DNA 甲基化是使癌癥中的腫瘤抑制基因失活的常見(jiàn)機(jī)制 。監(jiān)測(cè)異常甲基化模式有助于檢測(cè)臨床標(biāo)本(如組織活檢或體液)中的腫瘤細(xì)胞。RASSF1A是一種推定的抑癌基因,在不同類型人類腫瘤的調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。以前的報(bào)告表明,RASSF1A 的遺傳變異會(huì)影響前列腺癌的易感性,并且發(fā)現(xiàn) RASSF1A 甲基化的頻率在患者組中顯著高于對(duì)照組 。為了進(jìn)一步確認(rèn)前列腺癌患者診斷中的 RASSF1A 啟動(dòng)子甲基化狀態(tài),前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟對(duì)涉及 1431 例病例和 565 例對(duì)照的 16 項(xiàng)研究進(jìn)行了薈萃分析,以得出更正確的關(guān)聯(lián)估計(jì)。前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟的結(jié)果表明 RASSF1A 甲基化是 PCa 的潛在危險(xiǎn)因素,在體液和組織中均檢測(cè)到。PCa 病例中 RASSF1A 甲基化的頻率是對(duì)照組的 14.73 倍。此外,由于研究之間病例和對(duì)照之間的差異,前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟進(jìn)行了敏感性分析并刪除了選定的研究以使數(shù)據(jù)更加均勻,并且觀察到前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟的結(jié)論沒(méi)有重大變化。重要的是,RASSF1A 基因的頻繁甲基化與 Gleason 評(píng)分顯著相關(guān),
如前所述,PSA 檢測(cè)具有不同的敏感性和較差的特異性(約 20%)。目前的要求是提供更高特異性而不是敏感性和補(bǔ)充 PSA 測(cè)試的測(cè)試。有希望的是,前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟的結(jié)果表明,RASSF1A 甲基化檢測(cè)由于其高特異性而有可能補(bǔ)充 PSA 篩查。在這里,前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟相信順序測(cè)試模型將更有幫助,其中 PSA 測(cè)試將賊初用于識(shí)別 PSA 水平升高的患者,然后是 RASSF1A 甲基化測(cè)試以增加真實(shí)陽(yáng)性。RASSF1A 檢測(cè)呈陰性的患者可以觀察等待,而結(jié)果呈陽(yáng)性的個(gè)體可以推薦進(jìn)行活檢。因此,順序測(cè)試將大大減少僅基于 PSA 測(cè)試的不必要的活檢建議。
本研究有幾個(gè)局限性。首先,用于監(jiān)測(cè)基因啟動(dòng)子甲基化的方法的異質(zhì)性,如 MSP、Q-MSP 和焦磷酸測(cè)序。根據(jù)所進(jìn)行的研究,如果能夠就標(biāo)準(zhǔn)測(cè)試達(dá)成共識(shí)將是有幫助的。與單獨(dú)使用 PCR 的方法相比,基于測(cè)序的技術(shù)通常被認(rèn)為具有優(yōu)越的性能。使用下一代測(cè)序 (NGS) 檢測(cè)來(lái)監(jiān)測(cè)基因組和表觀基因組變化的迅速發(fā)展勢(shì)頭必將引領(lǐng)該領(lǐng)域的進(jìn)步 。可以預(yù)見(jiàn),綜合診斷測(cè)試的發(fā)展將同時(shí)測(cè)量一組生物標(biāo)志物的轉(zhuǎn)錄物表達(dá)和 DNA 甲基化變化,此外還可以識(shí)別每個(gè)患者的基因異常,例如基因融合和拷貝數(shù)變異 。目前的研究與其他研究一起幫助篩選出具有巨大潛力的生物標(biāo)志物,這些生物標(biāo)志物在分析通常會(huì)產(chǎn)生一長(zhǎng)串甲基化區(qū)域的 NGS 結(jié)果時(shí)將受到特別關(guān)注。其次,這些研究中使用的不同樣本類型(包括血漿、血清、尿液、全血和組織)是異質(zhì)性的潛在來(lái)源。在這里,再次開(kāi)發(fā)具有高靈敏度和特異性的高性能穩(wěn)健分析可能有助于在不久的將來(lái)克服這一問(wèn)題。
前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟
結(jié)論
這項(xiàng)薈萃分析表明,前列腺癌中的 RASSF1A 甲基化與不同研究人群的癌癥風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。RASSF1A 是一種很有前途的生物標(biāo)志物,可用于篩查和識(shí)別 PCa,尤其是與 PSA 測(cè)試相結(jié)合以降低不必要的活檢率時(shí)?;谙乱淮鷾y(cè)序方法的更大樣本隊(duì)列和新測(cè)定的未來(lái)研究將有助于進(jìn)一步加強(qiáng)前列腺癌的基因檢測(cè)的基因與位點(diǎn)收集聯(lián)盟的觀察。
Pan J, Chen J, Zhang B, Chen X, Huang B, Zhuang J, Mo C, Qiu S.
PLoS One. 2013 Sep 20;8(9):e75283. doi: 10.1371/journal.pone.0075283. eCollection 2013.
(責(zé)任編輯:佳學(xué)基因)