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【佳學基因檢測】GWAS技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌風險位點:基因檢測再升級

【佳學基因】GWAS技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌風險位點:基因檢測再升級。結(jié)直腸癌基因檢測導讀:《腫瘤基因檢測及正確治療的必要性》指出:結(jié)直腸癌是男性第三大常見癌癥,女性第二大常見癌癥?!赌[瘤發(fā)生發(fā)展的趨勢分析》統(tǒng)計,僅2015年新增病例165萬例,死亡近835000例。單個個體體內(nèi)的腫瘤遺傳易感性基因是大腸癌發(fā)生的一個重要病因,它可以早期檢測,早期預防,并可以通

佳學基因檢測】GWAS技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌風險位點:基因檢測再升級


結(jié)直腸癌基因檢測導讀

腫瘤基因檢測及正確治療的必要性》指出:結(jié)直腸癌是男性第三大常見癌癥,女性第二大常見癌癥?!?a href='http://deyicom.cn/cp/zhongliu/' target='_blank'>腫瘤發(fā)生發(fā)展的趨勢分析》統(tǒng)計,僅2015年新增病例165萬例,死亡近835000例。單個個體體內(nèi)的腫瘤遺傳易感性基因是大腸癌發(fā)生的一個重要病因,它可以早期檢測,早期預防,并可以通過《婚前、孕前基因解碼阻斷遺傳》。據(jù)《結(jié)直腸癌發(fā)生的趨動基因》估計,結(jié)直腸癌的易感基因有APC、MUTYH、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、PTEN、STK11、GREM1、BMPR1A、SMAD4、POLE、POLD1、NTHL1和TP53等近850個。其中罕見的高外顯率種系突變在普通人群中的結(jié)直腸癌病例中所占比例不到10%。在過去十年中,全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)已經(jīng)確定了大約100個與結(jié)直腸癌風險相關(guān)的獨立位點。然而,這些常見的遺傳風險變異體或者是突變序列僅解釋了結(jié)直腸癌家族相對風險的一小部分,表明其他給患者帶來易感性的基因突變序列并未能通過已有的GWAS突變得以發(fā)現(xiàn),基于引,部分基因檢測機構(gòu)提出基因解碼解決方案,將腫瘤風險及腫瘤致病基因的檢測拓展到數(shù)據(jù)庫記錄的位點之外。這一做法在奉行檢測指導共識的人群中持審慎態(tài)度,但是對于將探索結(jié)直腸癌的廣大未知領域的專家則對此持歡迎態(tài)度。

《腫瘤發(fā)生及轉(zhuǎn)移的人群差異》記錄了亞洲人在基因結(jié)構(gòu)上與歐洲后裔存在的顯著差異。亞洲人的遺傳學研究可能為探索結(jié)直腸癌的遺傳結(jié)構(gòu)提供機會,包括識別新的變異。結(jié)直腸癌基因解碼聯(lián)盟于2010年成立了亞洲結(jié)直腸癌聯(lián)合會(ACCC),以確定結(jié)直腸癌的新遺傳風險因素。在過去的10年里,結(jié)直腸癌研究與治療聯(lián)盟已經(jīng)確定了大約30個新的結(jié)直腸癌風險位點。為了進一步提高發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌易感基因座的統(tǒng)計能力,結(jié)直腸癌基因解碼專業(yè)小組利用來自58131例病例和67347例歐洲血統(tǒng)對照組(10)的研究數(shù)據(jù),復制了在三個東亞國家(中國、日本和韓國)進行的15項研究中招募的23572例病例和48700例對照組所組成的GWAS中發(fā)現(xiàn)的很有意義的基因突變序列。此外,結(jié)直腸癌風險基因鑒定研究還加放了條件分析,以確定亞洲人先前研究中確定的每個結(jié)直腸癌風險位點的潛在獨立信號。

結(jié)直腸癌風險基因解碼新增加的基因檢測位點


基因座 SNP 位點坐標 (hg19) 鄰近基因 等位基因 亞州人 ( 23,572 病例 48,700 對照)controls)
歐洲裔 (58,131 病例 67,347 對照)
綜合數(shù)據(jù)分析
RAF OR (95% CI) P Phet RAF OR (95% CI) P Phet OR (95% CI) P Phet
(選擇標準: P < 5 × 10−8                    
1p13.3 rs67052019 110,365,461 EPS8L3 Dela/Ref 0.18 1.13 (1.08–1.18) 3.9 × 10−8 0.28 NAb
12q22 rs11108175 96,050,887 NTN4 A/G 0.80 1.08 (1.05–1.12) 5.7 × 10−6 0.10 0.59 1.05 (1.03–1.07) 2.6 × 10−7 0.88 1.05 (1.04–1.07) 2.7 × 10−11 0.10
12q24.21 rs9634162 115,098,094 TBX3 A/G 0.48 1.07 (1.03–1.10) 2.4 × 10−5 0.68 0.51 1.04 (1.03–1.06) 7.5 × 10−7 0.02 1.05 (1.03–1.07) 2.3 × 10−10 0.24
Loci near genome-wide significance with P <1 × 10−7 but > 5 × 10−8                    
8p21.2 rs60911071 23,664,632 STC1 G/C 0.64 1.07 (1.04–1.10) 1.2 × 10−6 0.8 0.95 1.05 (1.01–1.10) 3.2 × 10−2 0.14 1.07 (1.04–1.09) 5.8 × 10−8 0.48
9p13.3 rs62558833 34,039,002 UBAP2 T/C 0.55 1.08 (1.05–1.11) 3.6 × 10−7 0.1 0.29 1.03 (1.01–1.05) 1.7 × 10−3 0.62 1.05 (1.03–1.06) 7.5 × 10−8 0.01

Abbreviations: alleles, risk allele/reference allele; CI, confidence interval; PhetP value derived from the heterogeneity test; RAF, risk allele frequency.


(責任編輯:佳學基因)
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