【佳學(xué)基因檢測(cè)】導(dǎo)致注意力缺陷障礙的基因及基因檢測(cè)位點(diǎn)
遺傳連鎖研究
遺傳連鎖是精神科疾病與基因序列變化的關(guān)系研究的一個(gè)科學(xué)方法,是第一個(gè)應(yīng)用于多動(dòng)癥的全基因組方法。這種方法搜索基因組,尋找DNA片段在家族中通過(guò)疾病傳播的證據(jù)。對(duì)連鎖的基因解碼的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),對(duì)于哪些染色體區(qū)域與注意力缺陷障礙ADHD相關(guān)存在重大分歧。雖然“提示性”發(fā)現(xiàn)有一些重疊,但沒(méi)有發(fā)現(xiàn)具有全基因組意義。為了理解這些結(jié)果,注意力缺陷障礙遺傳連鎖方向基因解碼應(yīng)用了基因組掃描薈萃分析。他們發(fā)現(xiàn)了16號(hào)染色體上一個(gè)區(qū)域的全基因組顯著連鎖,該區(qū)域位于64 Mb和83 Mb之間。由于連鎖方法僅檢測(cè)具有較大影響的遺傳變異,其他基因座的重要發(fā)現(xiàn)較少,這表明不太可能發(fā)現(xiàn)對(duì)多動(dòng)癥有較大影響的常見(jiàn)DNA變異。幾乎所有的多動(dòng)癥連鎖研究都是從遠(yuǎn)交群體中選擇兄弟姐妹對(duì)或小家庭。另一種方法是評(píng)估多代群體分離中的連鎖。Arcos Burgos等人使用這種策略研究了來(lái)自哥倫比亞的16個(gè)多代家庭。在其中一些家族中,他們發(fā)現(xiàn)了支持與染色體4q13.2、5q33.3、8q11.23、11q22和17p11連鎖的證據(jù)。一個(gè)區(qū)域與LPHN3有關(guān)。
候選基因關(guān)聯(lián)研究
早期的多動(dòng)癥分子遺傳學(xué)研究試圖將多動(dòng)癥與其病因相關(guān)的基因聯(lián)系起來(lái)。由于治療注意力缺陷多動(dòng)障礙的藥物以多巴胺能或去甲腎上腺素能傳遞為目標(biāo),許多研究檢測(cè)了這些途徑中的“候選基因”。結(jié)果常常相互矛盾。在Gizer等人的薈萃分析中,8個(gè)候選DNA突變序列在多個(gè)研究中顯示出與注意力缺陷障礙ADHD的具有統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著性的關(guān)聯(lián)。這些變異涉及六個(gè)基因:5-羥色胺轉(zhuǎn)運(yùn)體基因(5HTT)、多巴胺轉(zhuǎn)運(yùn)體蛋白基因(DAT1)、D4多巴胺受體蛋白基因(DRD4)、D5多巴胺受體蛋白(DRD5)、5-羥色胺1B受體蛋白(HTR1B)和一個(gè)編碼突觸囊泡調(diào)節(jié)蛋白SNAP25的基因。一項(xiàng)涵蓋成人多動(dòng)癥所有遺傳相關(guān)性研究的薈萃分析報(bào)告了成人多動(dòng)障礙與BAIAP2(腦特異性血管生成抑制劑1相關(guān)蛋白2)之間存在顯著相關(guān)性。BAIAP2參與神經(jīng)元增殖、存活、成熟和樹(shù)突棘形態(tài)發(fā)生,并可能影響神經(jīng)元生長(zhǎng)錐導(dǎo)向。即使在Bonferroni校正后,這些發(fā)現(xiàn)仍具有重要意義。對(duì)于兒童和成人的薈萃分析,以優(yōu)勢(shì)比衡量的每個(gè)關(guān)聯(lián)的強(qiáng)度都很小,小于1.5。這為注意力缺陷多動(dòng)障礙的基因檢測(cè)提供了最初的基因列表。
許多研究檢測(cè)了多巴胺轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因(SLC6A3),特別是位于該基因3′-非翻譯區(qū)的40堿基對(duì)范圍內(nèi)的可變串聯(lián)重復(fù)數(shù)調(diào)節(jié)多態(tài)性。該變異產(chǎn)生兩個(gè)具有9和10個(gè)重復(fù)的常見(jiàn)等位基因(9R和10R)。在人類(lèi)中,這種多態(tài)性的10R等位基因與青年人的注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD相關(guān),而9R等位遺傳基因與成人的注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD有關(guān)。薈萃分析表明,9R等位基因與正電子發(fā)射斷層掃描測(cè)量的成人DAT活性增加相關(guān)。
全基因組關(guān)聯(lián)研究基因檢測(cè)發(fā)現(xiàn)重要常見(jiàn)變異
全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)對(duì)整個(gè)基因組的SNP位點(diǎn)進(jìn)行分析,以檢測(cè)具有非常小病因?qū)W影響的常見(jiàn)DNA基因突變序列。“普通”是指在人群的中的出現(xiàn)頻率1%。為此,GWAS分析了數(shù)十萬(wàn)甚至數(shù)百萬(wàn)個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNP)。這樣做為了獲得統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,需要付出特定的成本:為了得出有全基因組的統(tǒng)計(jì)意義,觀察到的關(guān)聯(lián)必須具有小于0.00000005的p值。這個(gè)嚴(yán)格的p值需要非常大的樣本。
注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD的初始GWA未發(fā)現(xiàn)任何具有全基因組意義的DNA基因突變序列,即使將這些樣本中的大多數(shù)組合在薈萃分析中,樣本量為2064個(gè)三人組(雙親和一名注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD兒童)、896名注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD患者和2455名對(duì)照組。該研究確實(shí)發(fā)現(xiàn)了一組先前由國(guó)際多位點(diǎn)多動(dòng)癥遺傳學(xué)(圖像)項(xiàng)目成員提出的候選基因的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。對(duì)來(lái)自這些初始GWAS研究的頂級(jí)發(fā)現(xiàn)的“分子景觀”以及其他數(shù)據(jù)的檢查得出結(jié)論,調(diào)節(jié)定向神經(jīng)突起生長(zhǎng)的基因與注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD的病因?qū)W密切相關(guān)。GWAS數(shù)據(jù)的通路和基因集分析表明,參與調(diào)節(jié)神經(jīng)遞質(zhì)釋放、軸突生長(zhǎng)和軸突引導(dǎo)的通路是注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD病因?qū)W的基因因素。
多動(dòng)癥的基因解碼研究者聯(lián)盟完成了12項(xiàng)GWAS研究的薈萃分析,包括20183名多動(dòng)癥患者和35191名對(duì)照。12個(gè)位點(diǎn)具有全基因組意義。在研究之間,沒(méi)有一個(gè)全基因組重要SNP顯示出顯著的異質(zhì)性。在涉及的基因中,F(xiàn)OXP2尤其引人注目,因?yàn)橹暗难芯勘砻鱂OXP2與成人注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD以及言語(yǔ)和語(yǔ)言障礙有關(guān)。FOXP2基因敲除小鼠研究發(fā)現(xiàn),該基因調(diào)節(jié)注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD相關(guān)腦區(qū)的多巴胺。
具全基因組顯著性的位點(diǎn)的其他基因具有相關(guān)的生物學(xué)作用。DUSP6通過(guò)影響突觸中的多巴胺水平來(lái)調(diào)節(jié)神經(jīng)遞質(zhì)穩(wěn)態(tài)。SEMA6D在大腦中表達(dá)。它在胚胎發(fā)育期間調(diào)節(jié)神經(jīng)元接線。ST3GAL3含有與智力障礙ID相關(guān)的錯(cuò)義突變。LINC00461在大腦中表達(dá),包括與教育程度相關(guān)的基因突變序列。另一個(gè)與該位點(diǎn)相關(guān)的基因是MEF2C,它與智力殘疾ID和一些精神疾病有關(guān)。
注意力缺陷多動(dòng)障礙基因解碼研究聯(lián)盟進(jìn)行了若干基因集分析,包括三組由FOXP2調(diào)控的基因:(1)野生型與對(duì)照FOXP2基因敲除小鼠大腦中富集的基因;(2) 在野生型與FOXP2敲除小鼠大腦中顯示差異表達(dá)的基因;(3)來(lái)自人胎兒大腦樣本的基底節(jié)或下額葉皮質(zhì)中富集的基因。這些都與多動(dòng)癥無(wú)關(guān)。此外,先前由多動(dòng)癥專(zhuān)家小組提出的一組多動(dòng)癥候選基因也不顯著。其中,只有SLC9A9與注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD的有較弱的相關(guān)性。沒(méi)有基因本體基因集達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,但一組對(duì)功能喪失表現(xiàn)出高度不耐受的基因確實(shí)與ADHD相關(guān)。
注意力缺陷多動(dòng)障礙ADHD作為多基因病的基因檢測(cè)位點(diǎn)
GWAS分析還表明,多動(dòng)癥的遺傳力很大程度上是由于許多常見(jiàn)變異的多基因效應(yīng),每個(gè)變異的影響都很小。SNP遺傳力為0.22,約為雙生子研究計(jì)算出的注意力缺陷障礙ADHD遺傳力的三分之一。注意力缺陷障礙ADHD的多基因結(jié)構(gòu)通過(guò)估計(jì)樣本子集中的多基因風(fēng)險(xiǎn)得分并顯示其在驗(yàn)證子集中以劑量依賴性方式預(yù)測(cè)注意力缺陷障礙ADHD得到證實(shí)。正如其他精神疾病所見(jiàn),由這些風(fēng)險(xiǎn)分?jǐn)?shù)解釋的差異很低(5.5%)。
注意力缺陷障礙ADHD多基因背景有效性的進(jìn)一步證據(jù)來(lái)自分析,分析表明,相關(guān)SNP豐富了涉及基因組保守區(qū)(已知具有生物學(xué)意義)的注釋和中樞神經(jīng)系統(tǒng)特有的調(diào)節(jié)元件。多動(dòng)癥多基因易感性的發(fā)現(xiàn)并未顯示哪些DNA變異構(gòu)成易感性。然而,它確實(shí)支持這樣一種觀點(diǎn),即在更大的樣本中會(huì)發(fā)現(xiàn)更多全基因組的重要變異。
從臨床樣本得出的注意力缺陷障礙ADHD的多基因易感性預(yù)測(cè)了人群樣本中的自閉癥ASD特征,這證實(shí)了雙胞胎研究數(shù)據(jù)和基因集分析,顯示注意力缺陷障礙ADHD和自閉癥ASD之間的基因重疊。注意力缺陷障礙ADHD病例對(duì)照臨床樣本的多基因責(zé)任評(píng)分也預(yù)測(cè)了普通人群的注意力不集中和多動(dòng)癥。基因解碼所提出的多基因評(píng)分算法發(fā)現(xiàn)多動(dòng)癥多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分顯著預(yù)測(cè)了學(xué)齡前兒童和學(xué)齡兒童的父母和教師注意力評(píng)級(jí)。同樣,在一項(xiàng)病例對(duì)照研究中表明,人群樣本中多動(dòng)癥特征的多基因易感性預(yù)測(cè)了多動(dòng)癥的臨床診斷。這些結(jié)果證實(shí)了雙胞胎研究得出的結(jié)論,即臨床定義的多動(dòng)癥是一種在人群中持續(xù)變化的極端特征。
其他多基因評(píng)分研究證實(shí)了家族和雙生子研究先前預(yù)測(cè)的交叉疾病遺傳關(guān)聯(lián)。我們?cè)缇椭蓝鄤?dòng)癥與品行障礙同時(shí)發(fā)生。家族和雙生子研究都暗示了這種關(guān)聯(lián)中的共享基因[38103-105]。與之前的研究一致,Hamshere等人[106]報(bào)告了有共同行為問(wèn)題的兒童患多動(dòng)癥的高多基因風(fēng)險(xiǎn)。在一項(xiàng)大規(guī)模人群研究中,Larsson等人[107]報(bào)告,多動(dòng)癥患者的親屬患精神分裂癥和雙相情感障礙的風(fēng)險(xiǎn)增加。與該報(bào)告一致,從精神分裂癥的大量GWA中得出的多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分顯著區(qū)分了ADHD患者與對(duì)照組[108]。對(duì)于成人精神分裂癥和成人雙相情感障礙的危險(xiǎn)等位基因,這種區(qū)分是最強(qiáng)的,這證實(shí)了先前的家庭和雙胞胎數(shù)據(jù),表明ADHD和雙相情感疾病之間存在遺傳聯(lián)系[109]。此外,ADHD和雙相情感障礙的聯(lián)合GWA報(bào)告了ADHD和雙極情感障礙的多基因評(píng)分之間的顯著相關(guān)性,并確定了兩種情感障礙的全基因組顯著位點(diǎn)[110]。類(lèi)似地,先前關(guān)于多動(dòng)癥和抑郁癥家族性共傳播的報(bào)告[54]已經(jīng)通過(guò)顯示兩種疾病之間的共享SNP遺傳力得到了擴(kuò)展[98]。Hart等人[111]使用一種新的藥物挑戰(zhàn)范式,發(fā)現(xiàn)精神分裂癥和注意力缺陷多動(dòng)障礙的多基因評(píng)分與安非他明的欣快反應(yīng)相關(guān),這表明這些疾病之間的遺傳關(guān)聯(lián)可能是由于調(diào)節(jié)安非他敏欣快反應(yīng)的神經(jīng)系統(tǒng)中的變異。
利用許多研究的GWAS結(jié)果,可以計(jì)算出表明兩種疾病或性狀的多基因結(jié)構(gòu)重疊程度的遺傳相關(guān)性。當(dāng)Demontis等人[94]將多動(dòng)癥的多基因風(fēng)險(xiǎn)與220種疾病和特征相關(guān)聯(lián)時(shí),出現(xiàn)了許多高度顯著的相關(guān)性。圖3顯示了其中一些最顯著的相關(guān)性(每個(gè)相關(guān)性都通過(guò)了Bonferroni顯著性閾值)。其中一些基因相關(guān)性符合先前的預(yù)期(例如,神經(jīng)質(zhì)、抑郁和交叉障礙GWAS)。其他與多動(dòng)癥的臨床流行病學(xué)一致(如肥胖、智商、吸煙和學(xué)業(yè)成績(jī))。在某些情況下,這些顯著的相關(guān)性為理解共病提供了新的方向。例如,一些人解釋了多動(dòng)癥和肥胖之間的共病性,這已通過(guò)薈萃分析[112]得到證實(shí),是由多動(dòng)癥相關(guān)的沖動(dòng)性引起的。遺傳相關(guān)數(shù)據(jù)表明,共有的遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素和潛在的共有的病理生理學(xué)解釋了這種共病。
致病基因鑒定基因解碼尋找稀有基因變異
最初,關(guān)于罕見(jiàn)DNA變異(<1%的人群)的信息來(lái)自與多動(dòng)癥相關(guān)的多種醫(yī)學(xué)和精神病問(wèn)題的綜合征染色體異常報(bào)告。例如velo心面部綜合征、脆性X綜合征、Turner綜合征、結(jié)節(jié)性硬化癥、神經(jīng)纖維瘤病、Klinefelter綜合征和Williams綜合征。在單個(gè)家族中,3號(hào)染色體的中心粒周?chē)刮慌c多動(dòng)癥癥狀共分離與SLC9A9有關(guān)。該基因的突變用以制備多動(dòng)癥動(dòng)物模型,并與自閉癥和多動(dòng)癥相關(guān)。
GWAS研究中使用的常見(jiàn)變異基因分型陣列可以檢測(cè)大拷貝數(shù)變異(CNV)。由于CNV經(jīng)常刪除或復(fù)制跨越部分基因甚至整個(gè)基因的大基因組片段,因此它們通常對(duì)基因功能有明確的影響。多動(dòng)癥CNV研究評(píng)估了多動(dòng)癥青少年和對(duì)照組是否存在大(>500 kb),罕見(jiàn)的CNV。除一項(xiàng)研究外,每項(xiàng)研究都發(fā)現(xiàn)優(yōu)勢(shì)比大于1,這表明ADHD患者與對(duì)照組相比,大而罕見(jiàn)的CNV的負(fù)擔(dān)更大。差異研究使用了不同的負(fù)擔(dān)定義。只有三項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn),對(duì)于大型CNV,多動(dòng)癥患者的負(fù)擔(dān)具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義)。正如他們的綜述所示,ADHD樣本中的缺失和重復(fù)同樣過(guò)多,盡管只有重復(fù)出現(xiàn)了統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。采用CNV基因解碼分析人還發(fā)現(xiàn)以前與精神分裂癥有關(guān)的重復(fù)(但不是缺失)豐富,在較小程度上與自閉癥有關(guān)。這些CNV研究涉及的主要生物途徑是:呼吸電子轉(zhuǎn)運(yùn)、有機(jī)氮化合物分解代謝過(guò)程、跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白活性、碳水化合物衍生物分解代謝過(guò)程,配體門(mén)控離子通道活性、甲基轉(zhuǎn)移酶活性、跨膜運(yùn)輸和離子門(mén)控通道活性。
一項(xiàng)對(duì)489名注意力缺陷障礙ADHD患者和1285名對(duì)照者的研究發(fā)現(xiàn),帕金森蛋白二基因(PARK2)中存在罕見(jiàn)的CNV。在對(duì)全基因組測(cè)試進(jìn)行經(jīng)驗(yàn)校正后,結(jié)果是顯著的。PARK2調(diào)節(jié)細(xì)胞的泛素-蛋白酶體系統(tǒng),幫助處理受損、畸形和過(guò)量的蛋白質(zhì)。參與該途徑的另外兩個(gè)基因(FBXO33和RNF122)也參與了其他研究。一項(xiàng)關(guān)于成人多動(dòng)癥的研究沒(méi)有發(fā)現(xiàn)大片段CNV對(duì)ADHD有顯著影響,但確實(shí)發(fā)現(xiàn)小CNV對(duì)ADHD有顯著影響。
CNV研究涉及到幾種生物途徑?;蚪獯a發(fā)現(xiàn)注意力缺陷障礙ADHD患者的α-7煙堿乙酰膽堿受體基因(CHRNA7)存在重復(fù),并表明該發(fā)現(xiàn)在來(lái)自英國(guó)、美國(guó)和加拿大的四個(gè)獨(dú)立隊(duì)列中重復(fù)。在意大利樣本中報(bào)告了另一種重復(fù)。煙堿系統(tǒng)的含義特別有趣,因?yàn)闊焿A神經(jīng)元調(diào)節(jié)多巴胺能神經(jīng)元,注意力缺陷多動(dòng)障礙患者吸煙率高,服用尼古丁可減少注意力缺陷多動(dòng)癥癥狀。在99名患有嚴(yán)重ADHD的兒童和青少年的樣本中?;蚪獯a研究人員發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)CNV,包括一個(gè)在染色體7p15.2-15.3上長(zhǎng)達(dá)3MB的復(fù)制,攜帶神經(jīng)肽Y(NPY)。對(duì)其他家庭成員的調(diào)查發(fā)現(xiàn),這種重復(fù)與NPY血漿濃度增加和功能磁成像評(píng)估的大腦異常有關(guān)。
基因解碼還報(bào)告了注意力缺陷障礙ADHD CNV的生物途徑研究,數(shù)據(jù)來(lái)自五項(xiàng)研究。這些CNV數(shù)據(jù)豐富了先前與精神分裂癥、脆性X智力殘疾以及(在較小程度上)自閉癥相關(guān)的基因。多動(dòng)癥CNV發(fā)現(xiàn)顯著豐富了幾種生物途徑,最顯著的是離子通道途徑,它與多動(dòng)癥、自閉癥、精神分裂癥、雙相情感障礙和抑郁癥的交叉障礙分析有關(guān)。CNV分析還指出了調(diào)節(jié)免疫功能和氧化應(yīng)激的途徑。這些途徑以前曾通過(guò)非遺傳研究與注意力缺陷障礙ADHD有關(guān)。
基因解碼的解析研究表明,影響代謝型谷氨酸受體基因的CNV在多組患者中顯著富集。支持證據(jù)來(lái)自Akutagava Martins等人,他們報(bào)告了谷氨酸能基因中的CNV與注意力缺陷障礙ADHD的認(rèn)知和臨床損傷相關(guān)。在藥物基因組學(xué)GWAS中,谷氨酸受體基因GRM7中的SNP是最重要的發(fā)現(xiàn)之一。在注意力缺陷障礙ADHD的大鼠模型中觀察到谷氨酸能缺陷,人類(lèi)的磁共振波譜顯示注意力缺陷障礙ADHD患者中谷氨酸和谷氨酸/谷氨酰胺濃度的失調(diào)。
ADHD的外顯子組測(cè)序研究報(bào)告了123名持續(xù)性注意力缺陷障礙ADHD成人和82名健康對(duì)照的結(jié)果。在一組注意力缺陷障礙ADHD候選基因中,出現(xiàn)罕見(jiàn)錯(cuò)義或破壞性變異的病例明顯多于對(duì)照組。在一項(xiàng)對(duì)無(wú)注意力缺陷障礙ADHD家族史的ADHD患者的外顯子組測(cè)序研究中,采用致病基因鑒定基因解碼報(bào)告了腦表達(dá)基因中的六個(gè)新發(fā)錯(cuò)義SNV:TBC1D9、DAGLA、QARS、CSMD2、TRPM2和WDR83。他們還對(duì)與智力障礙ID和自閉癥ASD相關(guān)的26個(gè)基因進(jìn)行了測(cè)序,但只發(fā)現(xiàn)了一個(gè)潛在的有害變體。在一項(xiàng)外顯子組芯片研究中,基因解碼研究人員分析了1846例病例和7519例對(duì)照樣本,以尋找罕見(jiàn)的遺傳變異。他們檢測(cè)到四個(gè)研究范圍內(nèi)的重要基因座,涉及到產(chǎn)前發(fā)育階段大腦中已知表達(dá)的四個(gè)基因:NT5DC1、SEC23IP、PSD和ZCCHC4。Hawi等人通過(guò)對(duì)152名多動(dòng)癥青年和188名對(duì)照組的117個(gè)基因進(jìn)行測(cè)序,發(fā)現(xiàn)了BDNF基因中新的罕見(jiàn)變異。
導(dǎo)致注意力缺陷障礙的基因及基因檢測(cè)位點(diǎn)的研究結(jié)論
影響注意力缺陷障礙的基因有多個(gè),在功能上即具有多樣性又具有復(fù)雜性,采用數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)的基因檢測(cè)方法會(huì)遇到大量意義未明的挑戰(zhàn),而基于結(jié)構(gòu)與功能分析的基因解碼方法更有可能為ADHD患者標(biāo)注致病基因。
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