目標序列捕獲技術(shù)是通過定制目標基因組區(qū)域的探針,與基因組DNA進行雜交,將目標區(qū)域DNA富集后進行高通量測序的技術(shù)手段。
在進行外顯子組測序時,大約85%的致病突變發(fā)生在蛋白編碼區(qū),為了正確找到并富集所要檢測的外顯子序列,就要采用序列捕獲技術(shù),對研究已知基因的單核苷酸多態(tài)性和小片段插入/缺失突變檢測等具有較大的優(yōu)勢。
在人的染色體上有許多與外顯子有同源性的部分,這些有同源性的部分很可能在雜交過程中也被捕獲下來。因此,測到的序列中,有一部分不是外顯子序列。所以捕獲效率是重點,它的定義則是把測序得到的外顯子部分占全部測序序列的比列,目前的技術(shù)手段還不能使捕獲效率達到100% 。
目標序列捕獲技術(shù)針對目的基因組區(qū)域進行遺傳變異位點檢測,以及對特定區(qū)域深入研究,得到更深的覆蓋度和更高的數(shù)據(jù)正確性有很大幫助,不僅提高了對稀有變異的檢測能力,同時更經(jīng)濟有效,通量更高,適合大樣本量的研究。
目前其主要方法有傳統(tǒng)PCR、固相雜交法及液相雜交法。
PCR反應需要合成引物,費用很高, 且實驗周期長、人力資源耗費大。而新一代測序需要對大量外顯子進行測序, 進而研究疾病相關(guān)區(qū)域并進行單核苷酸多態(tài)性驗證, 傳統(tǒng)的方法不能滿足這一要求。
固相雜交法原理則是將探針固定在芯片上,主要是利用雜交和DNA微陣列技術(shù)基因分離原理來捕獲目標區(qū)域。將打斷后的基因組DNA與定制的序列捕獲芯片進行雜交, 洗去未雜交上的片段, 隨后將富集的目標片段洗脫擴增, 賊后進行高通量測序。該方法具有高特異性和高覆蓋度、捕獲區(qū)域可按需設(shè)計、省時省力等優(yōu)點。
液相雜交法則是在液體里雜交,通過鏈霉親和素磁珠捕獲標記生物素的雜交探針,基于液相序列捕獲的高通量平行靶向測序技術(shù)具有高度特異性、高正確性、良好的重現(xiàn)性和廣泛的應用前景。
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