【佳學(xué)基因靶向藥物基因檢測(cè)】在NSCLC肺部癌患者中發(fā)現(xiàn)的 EGFR L858R基因突變的治療策略
人體基因檢測(cè)的收費(fèi)比較
佳學(xué)基因檢測(cè)每周會(huì)通過(guò)集中會(huì)議學(xué)習(xí)掌握國(guó)際腫瘤基因檢測(cè)的研究進(jìn)展，其中一次基因檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室人員知識(shí)更新中在討論《神奇藥物選擇的重要標(biāo)準(zhǔn)》時(shí)，大家分析了《Front Immunol》在 2022 Nov 23;13:1022598.發(fā)表了一篇題目為《An EGFR L858R mutation identified in 1862 Chinese NSCLC patients can be a promising neoantigen vaccine therapeutic strategy》腫瘤靶向藥物治療基因檢測(cè)臨床研究文章。該研究由Jing Lin, Jun Liu, Shi-Guang Hao, Bin Lan, Xiao-Bin Zheng, Jia-Ni Xiong, Ying-Qian Zhang, Xuan Gao, Chuan-Ben Chen, Ling Chen, Yu-Fang Huang, Hong Luo, Yu-Ting Yi, Xin Yi, Jian-Ping Lu, Xiong-Wei Zheng, Gang Chen, Xue-Feng Wang, Yu Chen等完成。促進(jìn)了腫瘤的正確治療與個(gè)性化用藥的發(fā)展，進(jìn)一步強(qiáng)調(diào)了基因信息檢測(cè)與分析的重要性。腫瘤基因檢測(cè)研究的目標(biāo)是開(kāi)發(fā)一種針對(duì)中國(guó)非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）患者中EGFR L858R突變衍生的新抗原的疫苗。通過(guò)對(duì)1862名中國(guó)NSCLC患者的基因組進(jìn)行靶向測(cè)序，研究發(fā)現(xiàn)EGFR L858R突變是賊常見(jiàn)的基因變異，且其與HLA-A*33:03的結(jié)合親和力和共享頻率賊佳。研究還發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R突變的腫瘤微環(huán)境（TME）顯示出低水平的CD8 T細(xì)胞、活化的CD4記憶T細(xì)胞和升高的巨噬細(xì)胞M2水平，表明TME可能受到抑制。 該研究的意義在于： 識(shí)別和驗(yàn)證了一個(gè)新的肺癌疫苗的靶標(biāo)：EGFR L858R突變。這種突變?cè)谥袊?guó)的非小細(xì)胞肺癌患者中非常常見(jiàn)，因此開(kāi)發(fā)針對(duì)此突變的疫苗可能會(huì)有廣泛的應(yīng)用前景。 揭示了EGFR L858R突變的腫瘤微環(huán)境特征，為理解腫瘤的免疫逃逸機(jī)制提供了線索。 基于以上發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R突變衍生的新抗原可以作為一個(gè)疫苗候選靶點(diǎn)進(jìn)行進(jìn)一步研究，而在靶向治療或免疫檢查點(diǎn)抑制劑（ICIs）失敗后，基于新抗原的疫苗可能成為EGFR L858R亞型的有效挽救策略。這將有望為非小細(xì)胞肺癌的治療提供一個(gè)新的途徑。
腫瘤基因檢測(cè)及靶向藥物治療研究關(guān)鍵詞：
中國(guó)非小細(xì)胞肺癌, EGFR L858R突變, HLA A*33:03,免疫學(xué)特征,新抗原疫苗。
腫瘤治療檢測(cè)基因臨床應(yīng)用結(jié)果
靶向藥物研究立項(xiàng)的依據(jù)：本研究旨在開(kāi)發(fā)一種針對(duì)中國(guó)非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC) 突變衍生新抗原的疫苗。佳學(xué)基因解碼的途徑：研究了一組 1862 名中國(guó) NSCLC 患者，這些患者接受了 1021 基因組的靶向測(cè)序。 HLA 分型使用 OptiType v1.0 完成，新抗原由 netMHCpan v4.0 預(yù)測(cè)。使用 lohhla 算法推斷出 HLA LOH，并根據(jù)我們的面板數(shù)據(jù)通過(guò)計(jì)算非同義詞的總數(shù)來(lái)量化 TMB。利用TCGA數(shù)據(jù)利用CIBERSORT估計(jì)不同EGFR突變亞型的TME。靶向藥物研究的客觀數(shù)據(jù)：HLA-A*11:01(42.59%)位列前1位等位基因，HLA-A*33:03(12.94%)位列第12位。 EGFR L858R (22.61%) 是賊普遍的基因變異。 EGFR L858R 與 HLA-A*33:03 的結(jié)合親和力 (IC50 MT = 22.9 nM) 和共享頻率 (2.93%) 是賊佳的。在隨后對(duì) EGFR 突變亞型的免疫學(xué)特征的進(jìn)一步分析中，在我們的人群中發(fā)現(xiàn)了 63.1% 的 HLA 雜合性缺失 LOH (HLA LOH) 和 0.37%（1862 年中的 7 個(gè)）B2M 畸變，兩者與 EGFR 突變亞型沒(méi)有顯著關(guān)聯(lián)，表明抗原呈遞過(guò)程涉及 EGFR L858R 中的 HLA LOH 和 B2M 機(jī)制。利用我們的 panel 研究了腫瘤突變負(fù)荷 (TMB)，結(jié)果表明與其他 EGFR 突變亞型相比，EGFR L858R 的 TMB 賊低。此外，對(duì)來(lái)自癌癥基因組圖譜 (TCGA) 數(shù)據(jù)的 22 種免疫細(xì)胞類型的分析表明，EGFR L858R 與低水平的 CD8 T 細(xì)胞、活化的 CD4 記憶 T 細(xì)胞和升高的巨噬細(xì)胞 M2 水平相關(guān)，表明腫瘤微環(huán)境 (TME) 受到抑制藥物指導(dǎo)及病因判斷的依據(jù)：我們的研究發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R 新抗原有可能在 HLA A*33:03 的非小細(xì)胞肺癌患者中產(chǎn)生癌癥疫苗。在靶向治療或免疫檢查點(diǎn)抑制劑（ICIs）失敗后，基于新抗原的疫苗可能成為 EGFR L858R 亞群的有效挽救方案。 EGFR L858R突變； HLA A*33:03；免疫學(xué)特征；新抗原疫苗。
佳學(xué)基因檢測(cè)分析這一研究的背景背景
本研究旨在開(kāi)發(fā)一種針對(duì)中國(guó)非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）中突變衍生新抗原的疫苗。
腫瘤基因檢測(cè)研究方法：
腫瘤基因檢測(cè)研究了一組1862名中國(guó)NSCLC患者，這些患者接受了1021基因組的靶向測(cè)序。使用OptiType v1.0進(jìn)行HLA分型，并使用netMHCpan v4.0預(yù)測(cè)新抗原。使用lohhla算法推斷出HLA LOH，并根據(jù)我們的面板數(shù)據(jù)通過(guò)計(jì)算非同義詞的總數(shù)來(lái)量化TMB。利用CIBERSORT和TCGA數(shù)據(jù)估計(jì)不同EGFR突變亞型的腫瘤微環(huán)境（TME）。
腫瘤基因檢測(cè)的研究結(jié)果：
HLA-A11:01（42.59%）是先進(jìn)位等位基因，而HLA-A33:03（12.94%）位列第12位。EGFR L858R（22.61%）是賊普遍的基因變異。EGFR L858R與HLA-A*33:03的結(jié)合親和力（IC50 MT = 22.9 nM）和共享頻率（2.93%）是賊優(yōu)的。在進(jìn)一步分析EGFR突變亞型的免疫學(xué)特征時(shí)，我們的人群中發(fā)現(xiàn)了63.1%的HLA雜合性缺失LOH（HLA LOH）和0.37%（1862年中的7個(gè)）B2M畸變，這兩者與EGFR突變亞型沒(méi)有顯著關(guān)聯(lián)，說(shuō)明在EGFR L858R中，抗原呈遞過(guò)程涉及HLA LOH和B2M機(jī)制。利用我們的面板數(shù)據(jù)研究了腫瘤突變負(fù)荷（TMB），結(jié)果表明，與其他EGFR突變亞型相比，EGFR L858R的TMB賊低。此外，來(lái)自癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)的22種免疫細(xì)胞類型的分析顯示，EGFR L858R與CD8 T細(xì)胞、活化的CD4記憶T細(xì)胞的低水平和巨噬細(xì)胞M2水平的升高有關(guān)，這暗示了一個(gè)被抑制的腫瘤微環(huán)境（TME）。
腫瘤基因檢測(cè)的研究結(jié)論 ：
腫瘤基因檢測(cè)的研究發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R新抗原有可能在HLA A*33:03的非小細(xì)胞肺癌患者中產(chǎn)生癌癥疫苗。在靶向治療或免疫檢查點(diǎn)抑制劑（ICIs）失敗后，基于新抗原的疫苗可能成為EGFR L858R亞群的有效挽救方案。
肺癌治療策略研究關(guān)鍵詞 ：
中國(guó)非小細(xì)胞肺癌； EGFR L858R突變； HLA A*33:03； 免疫學(xué)特征； 新抗原疫苗。
