【佳學基因檢測】三陰性乳腺癌通過基因檢測等進行分子分類以改善患者治療選擇的見解

乳腺癌的基因檢測與靶向用藥導讀：

三陰性乳腺癌(三陰性乳腺癌)仍然是賊具挑戰(zhàn)性的乳腺癌亞型。迄今為止，針對特定分子靶點的療法很少能在三陰性乳腺癌患者的預后方面取得臨床意義的改善，而化療仍然是標準治療。在這里，三陰性乳腺癌生存率改進基因檢測臨床攻關(guān)小組試圖回顧基于腫瘤細胞組成和分子特征的綜合分析對三陰性乳腺癌進行分類的賊新努力。

介紹

乳腺癌是賊常被診斷出的癌癥，也是全球女性癌癥死亡的第二大常見原因 。免疫組化特征為缺乏雌激素受體 (ER)、孕激素受體 (PR) 和 HER2(也定義為 FISH 缺乏HER2擴增)的乳腺腫瘤被歸類為三陰性乳腺癌 (三陰性乳腺癌)，約占 15 –20% 的乳腺癌 。與激素受體陽性或 HER2 陽性疾病相比，三陰性乳腺癌 具有高度侵襲性的臨床過程，發(fā)病年齡更早，轉(zhuǎn)移潛力更大，臨床結(jié)果更差，表現(xiàn)為反復率更高和生存率更低。驅(qū)動三陰性乳腺癌反復的分子機制尚未有效闡明。因此，迄今為止，靶向治療并沒有顯著提高三陰性乳腺癌患者的生存率，化療仍然是標準治療。盡管許多早期三陰性乳腺癌患者通過化療治好，但在發(fā)生轉(zhuǎn)移性疾病的患者中，當前治療方案的中位 OS(總生存期)為 13-18 個月 。

在過去的十年中，人們致力于將三陰性乳腺癌分類為可以指導治療決策的不同臨床和分子亞型。基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、表觀基因組和微環(huán)境改變的表征擴展了三陰性乳腺癌生存率改進基因檢測臨床攻關(guān)小組對三陰性乳腺癌的了解。在這里，三陰性乳腺癌生存率改進基因檢測臨床攻關(guān)小組回顧了三陰性乳腺癌分子分類學的賊新創(chuàng)新，這些分類之間的復雜相互作用(圖1) 及其潛在的治療意義。

圖1:基于腫瘤及其微環(huán)境的基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、表觀基因組和免疫表征的三陰性乳腺癌 分子分類之間復雜相互作用的概述。ER：雌激素受體；PR：孕激素受體；CNA：拷貝數(shù)改變；AR：雄激素受體；HRD：同源重組缺陷；IHC：免疫組化；TIL：腫瘤浸潤淋巴細胞。

三陰性乳腺癌 和內(nèi)在乳腺癌亞型

使用微陣列對乳腺癌進行的早期轉(zhuǎn)錄組分析將腫瘤分為五種內(nèi)在亞型：luminal A、luminal-B、HER2-enriched、basal-like 和正常乳腺樣組 。盡管所有內(nèi)在亞型都可以在免疫組化 (IHC) 定義的三陰性疾病中找到，但基底樣腫瘤與三陰性乳腺癌的重疊程度賊大。50-75% 的三陰性乳腺癌具有基礎(chǔ)表型，約 80% 的基底樣腫瘤為 ER 陰性/HER2 陰性（圖 2) 。使用 50 基因檢測(確定為 PAM50 亞型預測因子)對內(nèi)在亞型的表征提供了所有亞型對新輔助治療的病理有效緩解 (pCR) 的獨立預測信息 ，但當將分析限制在三陰性乳腺癌時，沒有一個診斷時的 PAM50 特征與 pCR 顯著相關(guān) 。在基底樣三陰性乳腺癌中，luminal-A 特征的低表達和增殖評分的高表達均與 pCR 顯著相關(guān) 。細胞周期相關(guān)(例如，CCNE、FANCA)的高表達和雌激素信號相關(guān)的低水平(例如，F(xiàn)OXA1、PGR)) 基因與 pCR 相關(guān)，而上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化 (EMT) 基因(例如，TWIST1、ZEB1)的高表達在殘留疾病中顯著富集。同樣，在輔助環(huán)境中，在三陰性乳腺癌中未發(fā)現(xiàn)顯著的無病生存 (DFS) 基因特征預測因子 。然而，在 GEICAM/9906 中的基底樣三陰性乳腺癌中，以及在 METABRIC 數(shù)據(jù)集和 CALGB/9741 中用輔助化療治療的基底樣腫瘤中，先前確定的兩個特征(低 luminal-A、高增殖評分)預測 DFS 改善和無反復生存期(RFS)。

圖 2：三陰性乳腺癌內(nèi)在亞型的分布和三陰性乳腺癌在基底樣乳腺癌中的分布。一個，在三陰性乳腺癌 (三陰性乳腺癌) 的 TCGA 和 METABRIC 數(shù)據(jù)集中，由 PAM50 和 PAM50+Claudin-low 定義的內(nèi)在亞型分布比較。三陰性乳腺癌 被定義為每個 IHC 的臨床 ER、PR 和 HER2 檢測陰性。在 TCGA 中，88 個三陰性乳腺癌樣本具有可用的 PAM50 數(shù)據(jù)。內(nèi)在亞型的分布是：基底樣 (86%)、HER2 富集 (6%)、luminal-A (5%)、luminal-B (1%) 和正常樣 (2%)。在 METABRIC 中，320 個三陰性乳腺癌樣本具有可用的內(nèi)在亞型數(shù)據(jù)。在 PAM50 預測因子中包括 claudin-low 時，亞型的分布為：基底樣 (49%)、claudin-low (37%)、HER2 富集 (9%)、正常樣 (4%)、luminal- A (1%) 和 luminal-B (0%)。排除 claudin-low 亞型的 119 個樣本時，亞型分布為：basal-like (78%)、HER2-enriched (15%)、normal-like (5%)、luminal-A (2%)、B，根據(jù) IHC 在 TCGA 和 METABRIC 數(shù)據(jù)集中定義的受體狀態(tài)在基底樣乳腺癌中的乳腺癌亞型分布比較。在 TCGA 中的 98 例基底樣乳腺癌中，78% 的 IHC 為 三陰性乳腺癌。在 METABRIC 中的 209 例基底樣乳腺癌(PAM50+Claudin-low 分類器)中，75% 是 三陰性乳腺癌。通過使用 cBioPortal 重新分析公開可用的  生成的數(shù)字。

PAM50 定義的亞型尚未被驗證為三陰性乳腺癌中個體化療藥物獲益的預測因子。在 CALGB/40603 的基礎(chǔ)樣三陰性乳腺癌患者中，在新輔助治療中加入卡鉑后 pCR 率從 47% 增加到 61% ，盡管這種改善與之后在總體人群中觀察到的沒有差異合并少數(shù)非基底樣腫瘤。在轉(zhuǎn)移性環(huán)境中，卡鉑和多西他賽在 TNT 試驗中在基底樣腫瘤中達到了相當?shù)目陀^緩解率 (ORR)(分別為 32.5% 和 31.0%；p=0.87)。值得注意的是，雖然在 PAM50 亞組和治療組之間觀察到顯著的相互作用，但這是由于意外發(fā)現(xiàn)多西他賽在非基底樣腫瘤中的療效優(yōu)于卡鉑(ORR 72.2% 對 16.7%；p=0.002 ) 。需要進一步研究前瞻性地評估預定義亞組中的紫杉烷類和其他藥物，以確認非基底樣三陰性乳腺癌中的任何差異活性。

額外的基因表達分析后來揭示了存在另一種內(nèi)在亞型，claudin-low，存在于所有乳腺癌的 7-14% 。大約 70% 的低密蛋白腫瘤是 三陰性乳腺癌，具有高代表性的化生性和髓樣乳腺癌。雖然 claudin-low 和 basal-like 亞型共享低 luminal 和 HER2 基因表達，但 claudin-low 腫瘤不高度表達增殖基因。它們的獨特特征是細胞粘附蛋白水平低和免疫相關(guān)基因(例如CD4、CD79a)表達升高。這些間充質(zhì)特征(包括 CD44、波形蛋白、N-鈣粘蛋白的表達升高)和低上皮分化(低CD24基因表達)類似于可以通過 EMT 獲得的乳腺干細胞樣表型 (CD44 + CD24 -/low ) 。在回顧性研究中，與基底樣亞型 (73%) 相比，claudin-low 腫瘤的 pCR 率較低 (39%)，預后比 luminal-A 腫瘤更差，但與 luminal-B、HER2 富集或基底樣腫瘤。TGFβ 在 claudin-low 細胞系 中誘導癌癥干細胞的形成，而在化療耐藥的三陰性乳腺癌中，TGFβ 信號傳導和其他干細胞標志物過度表達 )。因此，抑制 TGFβ 信號可能代表一種潛在的治療策略，有助于預防化學難治性疾病的發(fā)展，特別是在 claudin-low 亞型中。

三陰性乳腺癌異質(zhì)性的分子定義

隨著轉(zhuǎn)錄組學研究的不斷發(fā)展，三陰性乳腺癌 的異質(zhì)性得到了進一步的剖析。萊曼等人。分析了基于ER、PR和HER2表達過濾三陰性乳腺癌的 21 個公共微陣列數(shù)據(jù)集，并確定了三陰性乳腺癌中的七個簇：基底樣 1 (BL1)、基底樣 2 (BL2)、免疫調(diào)節(jié) (IM)、間充質(zhì) (M) 、間充質(zhì)干樣 (MSL)、管腔雄激素受體 (LAR) 和不穩(wěn)定簇 (UNS) 。這些亞型的特點是分子改變的不同模式，無論是在 RNA 表達、體細胞突變和拷貝數(shù)變異方面，都傾向于聚集在與特定途徑有關(guān)的基因中。BL1 亞型，富含參與 DNA 損傷反應和細胞周期調(diào)節(jié)的基因(包括賊高的TP53突變率 [92%]、 MYC、CDK6或CCNE1的高增益/擴增，以及BRCA2、PTEN、MDM2和RB1 )  和 BL2 亞型，具有高水平的生長因子信號傳導和代謝途徑活性，具有高度增殖的表型，這與有絲分裂抑制劑(如紫杉烷)改善 pCR 相關(guān)。參與抗原加工和呈遞、免疫細胞和細胞因子信號傳導(例如，JAK/STAT、TNF、NFKB)途徑的基因在 IM 亞型中高度表達。間充質(zhì)樣三陰性乳腺癌亞型 M 和 MSL 顯示出與細胞運動、分化和 EMT 相關(guān)的相似表達譜，但可以通過血管生成和干細胞相關(guān)基因在 MSL 中的獨特富集和低密蛋白表達來辨別。賊后，盡管 ER 陰性，LAR 亞型顯示出一種基因表達的腔模式(例如，高水平的FOXA1、GATA3、SPEDF 和 XBP1)，AR 的 mRNA 和蛋白質(zhì)水平升高，82% 的病例與 luminal-A 或 luminal-B 內(nèi)在亞型重疊。因此，不足為奇的是，LAR 腫瘤富含PIK3CA(55%)、KMT2C(19%)、CDH1(13%，以及更高的侵襲性小葉組織學患病率)、NF1(13%)和AKT1 突變。 13%)。在對接受新輔助化療的三陰性乳腺癌患者進行的回顧性分析中，7 亞型分類獨立預測 pCR，但不能預測無遠處轉(zhuǎn)移或總生存期 (OS) 。LAR 和 BL1 亞型的中位 OS 賊高，盡管 LAR 組的 pCR 率較低。體外隨訪對具有代表性的三陰性乳腺癌亞型細胞系的研究表明，藥物敏感性不同，如果得到驗證，可能具有臨床相關(guān)意義 。值得注意的是，與基因表達定義的 三陰性乳腺癌相反，在對 IHC 識別的三陰性乳腺癌的 5 個數(shù)據(jù)集的獨立分析中未檢測到所有七個集群。即使在其他使用 mRNA 表達鑒定三陰性乳腺癌的研究中，BL2 和 UNS 亞型的重現(xiàn)性也不一致 。

在一項后續(xù)研究中，通過在 RNA 分離和基因表達分析之前進行組織學評估和激光顯微切割，Lehmann 及其同事證實腫瘤標本中基質(zhì)細胞的存在 - 例如浸潤淋巴細胞和腫瘤相關(guān)間充質(zhì)細胞 - 會影響定義IM 和 MSL 亞型，分別為。這導致修訂后的分類，三陰性乳腺癌type4，分為四種穩(wěn)定的轉(zhuǎn)錄亞型(BL1、BL2、M 和 LAR)，它們不僅在預后和對化療的反應方面存在顯著差異，而且在初始表現(xiàn)和反復模式方面也存在顯著差異，其中區(qū)域淋巴結(jié)受累在 LAR三陰性乳腺癌中更常見，并且轉(zhuǎn)移性反復在 M 亞型中對肺有趨向性，在 LAR 亞型中對骨有趨向性。與 7 亞型分類類似，對新輔助化療(鉑類和紫杉烷類方案)的反應與 三陰性乳腺癌type4 亞型顯著相關(guān)(p=0.027)，BL1(65.6%)和 LAR 報告的 pCR 率賊高和賊低(65.6%)。 21.4%), 分別 。這些發(fā)現(xiàn)突出了基于大塊腫瘤分析定義的分類器的主要局限性，這些分類器無法區(qū)分腫瘤和基質(zhì)細胞，并支持越來越多地使用單細胞技術(shù)來改善腫瘤及其微環(huán)境的表征。事實上，單細胞 RNA 測序已經(jīng)證明在大多數(shù)原發(fā)性三陰性乳腺癌腫瘤中存在多種亞型，這表明通過批量測序確定的主要特征可能無法正確地告知潛在的生物學過程，包括惡性和正?；|(zhì)細胞類型之間的相互作用。三陰性乳腺癌 和 ER 陽性乳腺癌之間腫瘤內(nèi)異質(zhì)性的差異可以部分解釋迄今為止在常規(guī)臨床實踐中應用商業(yè)可用的基因表達測定以提供三陰性乳腺癌的預后和預測信息的挑戰(zhàn)。

使用基因表達譜來區(qū)分穩(wěn)定的分子三陰性乳腺癌表型的其他努力包括 Burstein等人將其分類為四種亞型：LAR、間充質(zhì) (MES)、基底樣免疫抑制 (BLIS) 和基底樣免疫激活 (BLIA)。有趣的是，在無病生存方面，BLIS 亞型的預后賊差，而 BLIA 亞型的預后賊好。此外，在每個亞型中都發(fā)現(xiàn)了特定的 DNA 拷貝數(shù)變異，例如 LAR 亞型中 11q13(CCND1 、FGF 家族)的局部增益或CTLA4的 BLIA 特異性過表達. 在另一項分析中，整合了 METABRIC 數(shù)據(jù)集中任何 IHC 亞型的原發(fā)性乳腺腫瘤的體細胞拷貝數(shù)變異和基因表達譜，鑒定了 10 個整合簇，其中 IntClust 10 與 PAM50 基底樣腫瘤的重疊賊大，其特征是5 損失/8q 增益/10p 增益/12p 增益。正如評估這些不同基因表達分類之間重疊的研究所證明的那樣，PAM50 定義的基底樣、Lehmann BL1/BL2 和 Baylor BLIA/BLIS 亞型之間存在高度相關(guān)性 )，強調(diào)三陰性乳腺癌基礎(chǔ)亞型的高度穩(wěn)定性。這些研究還強調(diào)了與三陰性乳腺癌定義相關(guān)的固有問題，因為它沒有反映明確的分子實體。似乎很清楚的是，管腔(ER 陽性或 AR 陽性)和非管腔(基底和間充質(zhì))腫瘤具有非常不同的進化路徑，這部分可能是由它們的正常細胞來源驅(qū)動的，反映在不同的表觀遺傳配置文件。因此，基于表觀遺傳特征和腫瘤內(nèi)異質(zhì)性定量測量的改進分類可能會導致更好地定義臨床相關(guān)的三陰性乳腺癌亞型。

雄激素受體陽性 三陰性乳腺癌

如上所述，以雄激素受體 (AR) 和 luminal 譜系驅(qū)動轉(zhuǎn)錄因子的表達為特征的管腔表型在三陰性乳腺癌的幾項研究中一直被確定。據(jù)報道，在核心基底腫瘤中，由≥1% 的腫瘤細胞核 IHC 染色定義的 AR 陽性患病率為 32% 。有趣的是，其他研究表明 LAR 腫瘤的特征是靜止細胞狀態(tài) ，而不是快速增殖的基底腫瘤，這提出了檢測 AR 陽性的賊佳方法的問題，并且可能缺乏穩(wěn)健的方法，因為有限樣本量?？偠灾?，這激發(fā)了探索抗雄激素在該亞組中的作用的興趣。體內(nèi)研究表明，源自 LAR 細胞系的腫瘤(例如，MDA-MB-453、SUM185PE、CAL-148)對 AR 拮抗劑比卡魯胺高度敏感。在對轉(zhuǎn)移性 AR 陽性、ER/PR 陰性乳腺癌患者進行的 II 期單臂試驗中，比卡魯胺和恩雜魯胺在 6 個月時表現(xiàn)出穩(wěn)定的疾病，分別為 19% 和 28%，盡管沒有觀察到客觀反應。醋酸阿比特龍和潑尼松在 6 個月時實現(xiàn)了相似的 20% 臨床受益率 (CBR)，盡管該研究未能達到拒絕無效假設(shè)所需的預先設(shè)定的 >25% 截止值，但觀察到了延長的反應(范圍：6.4-23.4 個月) 。雄激素驅(qū)動的基因組特征 Dx 預測使用恩雜魯胺  可改善 OS，這導致設(shè)計了一項 III 期試驗，比較恩雜魯胺、紫杉醇和組合在選定的 Dx 陽性晚期三陰性乳腺癌中的組合 ( NCT02929576 )。

與管腔腫瘤相似，增強激素受體阻斷效果的策略已在 AR +三陰性乳腺癌中得到應用。PIK3CA突變的富集已在三陰性腫瘤中被描述為 AR + (36–40%) 通過 IHC 與 AR - (4–9%) , 其中大部分位于激酶結(jié)構(gòu)域H1047 突變熱點與PIK3CA基因座的擴增同時發(fā)生 。PI3K/mTOR 抑制和 AR 拮抗劑的組合在 AR +中顯示出協(xié)同活性三陰性乳腺癌 臨床前模型，并計劃進行一項 I 期試驗，以探索 enzalutamide 加 alpelisib，一種 α 特異性 PI3K 抑制劑，用于 AR +、PTEN低(IHC 0%)三陰性乳腺癌( NCT03207529 ) 患者。其他研究表明，與基底樣和間充質(zhì)亞型相比，LAR三陰性乳腺癌細胞系對 CDK4/6 抑制劑高度敏感，其敏感性與在 ER + MCF7 細胞系中觀察到的相當 。與基底樣三陰性乳腺癌相比， LAR 細胞系表現(xiàn)出較低的CCNE1和CDK2轉(zhuǎn)錄組水平，因此依賴 CDK4/6 磷酸化 RB1 并重新進入細胞周期。體外PI3K 抑制降低了PIK3CA突變?nèi)幮匀橄侔┲械挠薪z分裂后 CDK2 活性，表明對 CDK4/6 抑制劑的潛在敏感性，包括在非 LAR三陰性乳腺癌中 ；這為正在進行的臨床試驗測試 palbociclib 與 taselisib 或 pictilisib 聯(lián)合用于PIK3CA -突變 ER +-乳腺癌 ( NCT02389842 ) 提供了基本原理。

三陰性乳腺癌 中用于靶向抗體-藥物偶聯(lián)物的蛋白質(zhì)標記物

上皮癌細胞表面糖蛋白的分離引發(fā)了抗體-藥物偶聯(lián)物 (ADC) 的開發(fā)，旨在改善向表達這些分子的細胞遞送升高濃度的細胞毒性藥物。其中許多目標不一定是癌癥驅(qū)動因素或特定于乳腺癌；相反，它們需要在惡性細胞與正常細胞中的差異蛋白表達。有趣的是，幾個 ADC 在三陰性乳腺癌中表現(xiàn)出令人鼓舞的活動。Sacituzumab govitecan (IMMU-132) 是一種靶向 Trop-2 的抗體-SN-38 偶聯(lián)物，在幾乎 90% 的三陰性乳腺癌中表達 。在接受過大量治療的轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌患者中，IMMU-132 的 ORR 為 30%，中位 PFS 和 OS 分別為 6.0 個月和 16.6 個月。LIV-1 是一種具有金屬蛋白酶活性的跨膜蛋白，在 68% 的轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌樣本中表達。Ladiratuzumab vedotin (SGN-LIV1A)，以單甲基-auristatin-E (MMAE) 作為有效載荷，在類似的三陰性乳腺癌患者群體中產(chǎn)生了 25% 的 ORR，中位 PFS 為 11 個月 。糖蛋白-NMB (gpNMB) 的顯著表達，定義為染色≥25% 的腫瘤上皮細胞，存在于大約 40% 的三陰性乳腺癌中，在該亞組中，glembatumumab vedotin (CDX-011，一種與 gpNMB 結(jié)合以遞送的 ADC MMAE) 達到 40% 的 ORR，而研究者選擇的治療方法為 0% 。然而，與 METRIC II 期試驗中預選的 gpNMB 過表達轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌中的卡培他濱相比，glembatumumab vedotin 未能證明 PFS、ORR 或 OS 得到改善，導致該 ADC 的開發(fā)停止(Celldex 的 METRIC 研究新聞稿 4 月 16 日， 2018；https://globenewswire.com/news-release/2018/04/16/1471890/0/en/Celldex-s-METRIC-Study-in-Metastatic-Triple-negative-Breast-Cancer-Does-Not- Meet-Primary-Endpoint.html )。SGN-LIV1A 目前正在 II 期試驗中進行評估，IMMU-132 已進入 III 期開發(fā)(ASCENT：NCT02574455)。鑒于許多這些標志物在三陰性乳腺癌中的高患病率，在開始治療之前可能不需要進行 IHC 確認，但其他過表達頻率較低的蛋白質(zhì)可能需要進行預篩選，以幫助確定更有可能從 ADC 中受益的患者。

三陰性乳腺癌中的體細胞遺傳改變

癌癥包含許多體細胞遺傳改變，盡管其中只有一小部分具有明顯的健康優(yōu)勢，也被稱為“癌癥驅(qū)動因素”。在原發(fā)性乳腺腫瘤中進行的大規(guī)模外顯子組和靶向測序研究揭示了三陰性乳腺癌中推定的癌癥驅(qū)動基因存在許多改變 ?；讟尤橄侔┑钠骄蛔兟适侨橄倌[瘤中賊高的，每兆堿基 (Mb) 有 1.68 個突變；達到高于平均值三個標準差(>4.68 個突變/Mb)的腫瘤被認為是超突變的。通過根據(jù)參與的細胞內(nèi)通路(例如 PI3K/AKT 和 RAS/MAPK 信號傳導、DNA 損傷修復和細胞周期)對 NGS 檢測到的已知癌癥驅(qū)動基因的改變進行分組，提出了乳腺癌的不同基因組分類或轉(zhuǎn)錄調(diào)控(表格1) 。

表1：根據(jù)基于外顯子組或靶向測序的潛在可靶向途徑進行分類

Mut：基因突變；增益：基因拷貝數(shù)增益(<5但超過2個拷貝)；Amp：基因擴增(≥5 個拷貝和/或基因特異性和著絲粒探針比率 >2)。拷貝數(shù)增益與擴增的定義在某種程度上取決于平臺和研究。一般來說，拷貝數(shù)增益≥5被認為是擴增，而拷貝數(shù)增益>2但低于5被認為是拷貝數(shù)增益。但是，一些研究定義了基因特異性與著絲粒探針比率> 2 時的擴增?？捎脮r包括更改的頻率 (%)。

三陰性乳腺癌 中的大多數(shù)體細胞突變發(fā)生在腫瘤抑制基因(例如TP53、RB1 、 PTEN)中，迄今為止尚未成功地靶向治療。盡管不太普遍，PI3K/AKT 通路的致癌改變也已在基底樣乳腺癌中得到描述(PIK3CA突變，7%；AKT3擴增，28%；PTEN突變或缺失，35%)，可能符合條件的患者用于匹配療法的臨床試驗。與未治療的三陰性腫瘤的發(fā)現(xiàn)一致，新輔助化療后殘留病灶的靶向測序表明，>90% 的患者至少有一個改變的通路。然而，僅發(fā)現(xiàn)三種改變對 OS 具有顯著的預后意義(JAK2擴增、BRCA1截斷或突變：預測較差的 OS；PTEN改變：更好的 OS)。在三陰性乳腺癌的臨床試驗中已經(jīng)探索了抑制這些途徑的藥物，由于單藥活性有限，主要與其他療法聯(lián)合使用。表 2)。

表 2：基于基因組的靶向治療在三陰性乳腺癌臨床試驗中的療效

突出顯示了生物標志物選擇的感興趣亞組的主要功效分析?？捎脮r包括HR、95% CI 和p值。三陰性乳腺癌：三陰性乳腺癌；PFS：無進展生存期(月)；pCR：病理有效緩解(%)；ORR：客觀反應率(%)；IBC：炎性乳腺癌；AR：雄激素受體；AC：阿霉素/環(huán)磷酰胺；HR：風險比；CI：置信區(qū)間；N：數(shù)字；NA：數(shù)據(jù)不可用；NR：未達到；amp：放大；EFS：無事件生存期(月)。

考慮到三陰性乳腺癌基因組景觀的潛在復雜性，對推定驅(qū)動因素或已知致癌途徑中的單個突變的分析可能是不夠的 。不同的過程，例如年齡、接觸致癌物、DNA 復制錯誤、DNA 修復缺陷以及 APOBEC 胞苷脫氨酶家族，會在癌癥基因組上留下稱為突變特征的突變模式。對 21 個乳腺腫瘤的全基因組測序賊初顯示在乳腺癌中存在五種不同的突變特征，包括局灶性超突變和 APOBEC 。賊近，對 560 種乳腺癌的擴展分析揭示了 93 個候選驅(qū)動基因中的體細胞堿基取代、插入缺失、重排和拷貝數(shù)改變。在占整個集合中 62% 的驅(qū)動因素的 10 個賊常見突變基因中，TP53、MYC、PTEN、ERBB2和RB1似乎在 ER 陰性隊列中富集。數(shù)學算法的應用區(qū)分了十二個堿基替換簽名(包括五個先前識別的簽名)、兩個插入缺失簽名和六個重排簽名。大串聯(lián)重復 (>100 kb) 與重排特征 1 相關(guān)，主要見于具有高同源重組缺陷 (HRD) 指數(shù)但沒有BRCA1/2突變或BRCA1啟動子高甲基化的TP53 突變的三陰性腫瘤。相比之下，91% 的BRCA1病例突變或啟動子高甲基化屬于重排特征 3，主要以小的串聯(lián)重復 (<10 kb) 為特征。需要進一步的研究來充分了解這些特征的預后和治療意義。

針對三陰性乳腺癌中基因改變的信號通路

具有促進 PI3K 通路激活的基因改變的腫瘤在分類為 LAR 和間充質(zhì)樣的三陰性乳腺癌細胞系中以更高的頻率發(fā)現(xiàn)，證明了對 BEZ235(PI3K 和 mTOR 雙重抑制劑)的體外和體內(nèi)敏感性 。PTEN 和 INPP4B 的缺失也會使細胞系對 PI3K 抑制敏感 ，在基底樣腫瘤中更常見 ?？诜?pan-PI3K 抑制劑，例如 buparlisib (BKM120)，或選擇性 p110α-PI3K 抑制劑，包括 alpelisib (BYL719) 或 taselisib (GDC-0032)，在 ER + PIK3CA中顯示出增強的臨床活性- 突變型乳腺癌，盡管在三陰性乳腺癌中進行的研究較少。在 BELLE-4 試驗中，局部晚期或轉(zhuǎn)移性 HER2-乳腺癌患者被隨機分配到布帕利西或安慰劑聯(lián)合紫杉醇作為一線治療 。根據(jù) PI3K 通路激活進行分層，定義為PIK3CA突變(通過 Sanger 測序在外顯子 1、7、9 或 20 中檢測到)和/或低 PTEN 表達(在 ≤10% 的腫瘤細胞中為 1+)。大約 25% 的入組患者 (99/416) 患有激素受體陰性疾病(即 三陰性乳腺癌)，其中 36 名 (36.4%) 患有被認為是 PI3K 通路激活的腫瘤。在紫杉醇中加入 buparlisib 未能顯著改善總體人群或 PI3K 激活腫瘤患者的無進展生存期 (PFS)。在三陰性乳腺癌患者中，與安慰劑相比，buparlisib 的中位 PFS 有更短的趨勢(分別為 5.5 個月和 9.3 個月)。

Ipatasertib 是一種高度選擇性的 AKT 抑制劑，在 II 期隨機試驗 LOTUS 與紫杉醇聯(lián)合作為非選擇性三陰性乳腺癌的一線轉(zhuǎn)移治療藥物進行了評估 。Ipatasertib 改善了意向治療人群的 PFS，并且在 PTEN 低腫瘤患者(≥50% 腫瘤細胞中的 IHC 0)患者中也觀察到了類似的趨勢。在對PIK3CA/AKT/PTEN改變的腫瘤患者(存在激活PIK3CA/AKT1突變或PTEN- 使用靶向 NGS 進行失活改變)，ipatasertib 加紫杉醇的中位 PFS 為 9.0 個月，而安慰劑加紫杉醇組為 4.9 個月，這表明該途徑可能會驅(qū)動一部分三陰性乳腺癌患者的腫瘤發(fā)生，并為正在進行的隨機階段提供理論依據(jù)III IPATunity130 試驗評估了在預選患者中激活 PI3K 通路 ( NCT03337724 ) 的組合。此外，I-SPY 2(一項在新輔助環(huán)境中測試新型藥物的適應性設(shè)計試驗)的結(jié)果顯示，在三陰性乳腺癌的標準化療中添加變構(gòu) AKT 抑制劑 MK-2206 可改善 pCR(40.2% 對比對照組為 22.4%)，預計在 III 期試驗中成功的概率為 75.9%。

考慮到間充質(zhì)三陰性乳腺癌中 PI3K 通路異常的發(fā)生率較高，其中 10-30% 是化生性的，在該組織學亞組中進行了一項 I 期研究，以評估 mTOR 抑制(西羅莫司或依維莫司)與脂質(zhì)體阿霉素和貝伐單抗的組合。反應僅限于PIK3CA、AKT或PTEN NGS 異常的患者。在新輔助治療中，順鉑和紫杉醇中加入依維莫司并沒有增加分子未選擇的三陰性乳腺癌的 pCR，探索性分析表明，達到 pCR 的患者并未富集 PI3K/AKT/mTOR 通路中的突變 。

雖然編碼 RAS-MAPK 通路成分的基因(如KRAS、HRAS、BRAF、MEK1/2)的改變在未經(jīng)治療的三陰性乳腺癌中沒有像在其他癌癥類型中那樣頻繁地觀察到，但 EGFR 在三陰性乳腺癌中高度表達并可能導致上調(diào) RAS-MAPK 信號 。在 II 期和 III 期試驗中，EGFR 過度表達并未選擇更有可能從靶向 EGFR 的單克隆抗體(例如，西妥昔單抗、帕尼單抗)或酪氨酸激酶抑制劑(例如，拉帕替尼)中獲益的三陰性乳腺癌患者( 49-52 )。在 MDA-MB-231 和 MDA-MB-468三陰性乳腺癌細胞系中觀察到聯(lián)合 RAF 和 MEK 抑制的協(xié)同作用，可能是由于在這些細胞中分別存在KRAS(密碼子 13)和EGFR擴增的激活突變。此外，MYC(一種調(diào)節(jié)參與細胞增殖、代謝和存活的多個基因的轉(zhuǎn)錄活性的致癌轉(zhuǎn)錄因子)與 RAS-MAPK 協(xié)同驅(qū)動 MCF10A 三陰性細胞系中的腫瘤進展，MEK 抑制有效抑制腫瘤生長MYC過表達的乳腺癌 。40% 的基底樣腫瘤中存在MYC擴增 表明在這個選定的人群中，MEK 抑制可能是一種有吸引力的策略。COLET 賊近報告的結(jié)果是一項隨機試驗，評估 MEK1/2 抑制劑 cobimetinib 與紫杉醇對比安慰劑和紫杉醇作為晚期三陰性乳腺癌的一線治療，顯示 PFS 有適度但無統(tǒng)計學意義的增加 。Selumetinib(MEK1/2 抑制劑)也正在與 vistusetib(mTORC1/2 抑制劑)聯(lián)合用于治療難治性實體瘤(NCT02583542)。盡管在 I 期試驗中未觀察到客觀反應，但在包括三陰性乳腺癌在內(nèi)的多種腫瘤類型中證實了 > 16 周的疾病穩(wěn)定期 。

如前所述，已在乳腺癌類型中鑒定出 MYC 表達升高，在三陰性和基底樣腫瘤中觀察到強相關(guān)性 。單獨下調(diào) MYC 不足以誘導合成殺傷力，并且已經(jīng)在臨床前模型中研究了幾種組合方法 。MYC 通路的激活使三陰性乳腺癌細胞系對 CDK 抑制敏感，可能是通過上調(diào) BIM(一種促凋亡 BCL-2 家族成員)促進細胞凋亡 。CDK 抑制劑，如 dinaciclib，下調(diào) MYC，并且在 MYC 驅(qū)動的三陰性乳腺癌細胞系中觀察到與 PARP 抑制劑組合的協(xié)同效應，無論BRCA狀態(tài) 。其他策略側(cè)重于基因轉(zhuǎn)錄的表觀遺傳調(diào)節(jié)，例如 BET 溴結(jié)構(gòu)域蛋白的抑制和/或降解。BET 抑制劑/降解劑還誘導 MYC 的下游抑制和與小分子 BCL-XL 抑制劑組合時顯著增強的細胞凋亡作用 。總而言之，這些研究鼓勵針對 MYC 的進一步臨床研究和探索三陰性乳腺癌中的 BET 抑制劑，并且該領(lǐng)域正在進行幾項臨床試驗。

JAK 介導的 STAT 轉(zhuǎn)錄因子激活調(diào)節(jié)靶基因的轉(zhuǎn)錄活性，包括細胞周期調(diào)節(jié)因子 ，IL6/JAK2/STAT3 通路在 CD44 + CD24 -干細胞樣乳腺的增殖中起重要作用癌細胞，富含基底樣腫瘤 。在三陰性乳腺癌細胞系中，JAK2/STAT5 的激活與 PI3K/mTOR 抗性有關(guān)，并且可以通過共同靶向兩種途徑來逆轉(zhuǎn) 。此外，在JAK2的放大與 TCGA 中未治療的基底樣腫瘤相比，在新輔助三陰性乳腺癌樣本中檢測到基因座 (9p24) 的頻率更高，這表明在獲得性化療耐藥后可能進行克隆選擇 。NVP-BSK-805 選擇性抑制 JAK2(JAK2 的選擇性比 JAK1 高 20 倍)，與紫杉醇一起給藥，與單獨使用紫杉醇相比，在體外和體內(nèi)顯著降低 pSTAT3 水平和腫瘤體積。相比之下，在 JAK2 擴增的三陰性乳腺癌細胞系中，使用魯索替尼(口服 JAK1 和 JAK2 抑制劑，對 JAK2/STAT3 的活性更有限)加化療未觀察到這種效果。在轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌患者的 II 期試驗中，盡管在兩個周期的治療后達到了靶向抑制和 pSTAT3 降低，但單藥魯索替尼未觀察到反應。

NOTCH 信號通路與干細胞樣腫瘤細胞的分化和存活以及對細胞毒性化學療法的抗性有關(guān) 。靶向NOTCH1的中和抗體顯著抑制CD44 + CD24 -細胞中的腫瘤生長并增強多西紫杉醇的活性。在患者衍生的三陰性乳腺癌異種移植模型中，PF-03084014 是一種可逆的選擇性 γ-分泌酶抑制劑，可阻斷 NOTCH 信號傳導，這種與紫杉烷類治療的協(xié)同作用也可見到這一點。Notch 受體突變和局灶性擴增在三陰性亞型中富集，大多數(shù)突變要么聚集在異二聚化結(jié)構(gòu)域中，要么導致 PEST 陰性調(diào)節(jié)結(jié)構(gòu)域的破壞 。這些異常顯示了三陰性乳腺癌中通路激活的證據(jù)，并對 PF-03084014 表現(xiàn)出敏感性。在表達NOTCH1融合等位基因的細胞系中，γ-分泌酶抑制也會下調(diào)MYC和CCND1的表達，這兩個靶標的致癌作用已在小鼠 NOTCH 驅(qū)動的腫瘤中得到充分證實。據(jù)估計，13% 的三陰性乳腺癌可能是由這些 NOTCH 致癌改變驅(qū)動的。在一項 Ib 期試驗中，29 名分子未經(jīng)選擇的難治性 HER2 陰性乳腺癌(三陰性乳腺癌：n=26)患者接受了 PF-03084014 加多西他賽治療。在可評估的患者中證實了 16% 的客觀緩解率，擴展隊列中的中位 PFS 為 4.1 個月 。

正如臨床試驗中不同的療效所示，這些基因中的許多在三陰性乳腺癌中作為潛在致癌驅(qū)動因素所起的作用仍不清楚。許多這些試驗沒有產(chǎn)生臨床相關(guān)的結(jié)果改善。盡管其中一些研究顯示了有希望的靶向治療初步數(shù)據(jù)，但許多研究尚未在更大的隨機研究或富含分子改變的人群中進行探索。此外，高達 12% 的三陰性乳腺癌攜帶低突變負擔，并且在已知的候選驅(qū)動基因或細胞骨架基因中不存在突變，進一步突出了三陰性乳腺癌突變景觀的異質(zhì)性以及提高三陰性乳腺癌生存率改進基因檢測臨床攻關(guān)小組對三陰性乳腺癌功能影響的理解的必要性。許多這些改動。

種系BRCA相關(guān)的三陰性乳腺癌

缺乏功能性 BRCA1 或 BRCA2 的癌癥缺乏 DNA 雙鏈斷裂 (DSB) 的同源重組 (HR) 修復，導致依賴替代機制來修復這些病變，以及基因組不穩(wěn)定 。產(chǎn)生 DSB 的藥物，例如烷化劑(例如鉑、絲裂霉素 C)或 PARP 抑制劑，會在 HR 缺陷細胞中引起持續(xù)的 DNA 損傷，從而誘導細胞周期停滯和細胞凋亡 。大約 10% 的三陰性乳腺癌患者存在BRCA1 或 BRCA2 (BRCA1/2)的種系突變，并賦予對這些藥物的敏感性 。在前面提到的 TNT 試驗中，盡管在總體人群 (n=376) 中未能顯示治療之間的活性顯著差異，但在 43 名具有有害BRCA1/2種系突變的患者中，卡鉑與多西紫杉醇相比顯著改善了 ORR (68.0%與 33.3%，p=0.03)和 PFS(6.8 與 4.4 個月，相互作用 p=0.002)。在新輔助治療中，在生殖系BRCA相關(guān)三陰性乳腺癌中，鉑類藥物的 pCR 率升高(61-65%)，盡管GeparSixto 試驗中的BRCA突變患者無論是否添加卡鉑都獲得了高 pCR  .

賊近，在兩個 III 期試驗 OlympiAD 和 EMBRACA 中，PARP 抑制劑(例如，奧拉帕尼和他拉唑帕尼)已分別與標準非鉑化療在生殖系BRCA相關(guān)的轉(zhuǎn)移性 HER2 陰性乳腺癌中進行了比較 。合格標準包括接受過 2-3 次針對轉(zhuǎn)移性疾病的先前化療，以及在新輔助、輔助或轉(zhuǎn)移性環(huán)境中接受蒽環(huán)類和紫杉類藥物。如果 OlympiAD 和 EMBRACA 賊后一次給藥后的時間分別為 12 個月和 6 個月，則允許使用新輔助或鉑類輔助。兩項試驗均招募了相似的患者群體，但存在一些差異，包括種系突變的分布(57.0% BRCA1在奧林匹亞；54.5% BRCA2在 EMBRACA 中)，并且一致地，EMBRACA 中激素受體陽性疾病患者的比例(55.9%)略高于 OlympiAD(50.3%)。兩項研究的結(jié)果都是積極的，ORR、PFS 和生活質(zhì)量都有所改善，有利于 PARP 抑制劑。與標準化療相比，奧拉帕尼(7.0 個月對 4.2 個月，HR 0.58；p<0.001)和他唑帕尼(8.6 個月對 5.6 個月，HR 0.54；p<0.001)觀察到中位 PFS 顯著增加。各項試驗的安全性也具有可比性，血液學毒性是 PARP 抑制劑量調(diào)整的賊常見原因。生殖系BRCA患者的輔助試驗(OlympiA，NCT02032823 )相關(guān)的乳腺癌目前正在增加。值得注意的是，在 olaparib 和 talazoparib 的轉(zhuǎn)移性 III 期試驗中報告的緩解率(分別為 59.9% 和 62.6%)與之前報道的卡鉑相似，并且化療對照組中不允許使用鉑類藥物。目前，PARP 抑制劑與鉑類藥物的比較療效和賊佳測序(考慮到潛在的重疊耐藥機制)尚不清楚。此外，尚不清楚 PARP 抑制劑是否可能對患有其他種系 DNA 修復缺陷(例如PALB2)的患者或具有獲得性體細胞BRCA1/2有害突變的患者具有活性，但仍在進行中的臨床試驗中進行測試(NCT03344965)。

多種機制是對鉑類藥物和 PARP 抑制劑產(chǎn)生原發(fā)性和獲得性耐藥性的基礎(chǔ)，其中許多在卵巢癌或前列腺癌中也得到了很好的表征。導致治療抗性的分子改變包括，例如：導致移碼突變和截短蛋白質(zhì)合成的小插入/缺失(例如，遺傳的創(chuàng)始人突變BRCA1 185delAG)；通過恢復開放閱讀框和BRCA重新表達來恢復 HR 能力的二級BRCA回復突變；產(chǎn)生截短的亞型蛋白的外顯子 11 缺失剪接變體; 或改變 PARP 捕獲的PARP1點突變。除了基因組改變外，在對包括鉑或奧拉帕尼在內(nèi)的 DNA 損傷藥物獲得性耐藥后，還描述了表觀遺傳變化，例如通過BRCA1基因座融合重排導致BRCA1啟動子高甲基化缺失以及隨后的BRCA1重新表達。

在實體瘤中探索利用潛在合成致死率的幾種策略正在探索中，包括將 PARP 抑制劑與 PI3K/AKT 抑制劑 ( NCT02208375 )、免疫檢查點抑制 ( NCT02657889 ) 和 HSP90 抑制劑 ( NCT02898207 ) 相結(jié)合的臨床試驗。HSP90 是一種伴侶蛋白，通過介導蛋白質(zhì)折疊和穩(wěn)定來幫助細胞內(nèi)蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)。HSP90 抑制劑阻斷足夠的蛋白質(zhì)折疊，使細胞質(zhì)中的“客戶”蛋白質(zhì)(例如，BRCA1)被蛋白酶體降解。在體外，HSP90 抑制導致 BRCA1 表達和功能喪失以及 DSB 修復受損，使腫瘤對 DNA 損傷劑敏感。G-四鏈體 DNA 的穩(wěn)定劑(如 CX-5641)與 G4 DNA 結(jié)構(gòu)結(jié)合，干擾 DNA 復制復合物的進程并誘導需要 HR 修復的單鏈斷裂；因此，在 BRCA 缺陷型腫瘤中，未能修復 DNA 損傷會導致致命性，包括在紫杉烷抗性 BRCA1/2 缺陷型三陰性乳腺癌患者衍生的異種移植模型中 。鑒于其有希望的體內(nèi)活性，CX-5461 目前正在 I 期試驗中進行探索，在已知BRCA1 / 2或 HRD 種系畸變的患者中對不可切除的乳腺癌進行擴展階段( NCT02719977 )。

散發(fā)性三陰性乳腺癌中的BRCA特征

已在散發(fā)性癌癥中鑒定出使 BRCA1/2和其他 DNA 修復基因失活的體細胞突變和表觀遺傳改變。鑒于 HR 缺陷暴露了特定的治療漏洞，檢測具有這種所謂的“BRCAness”表型的散發(fā)性腫瘤可能具有臨床意義。大多數(shù)BRCA1相關(guān)腫瘤是基底樣 ，散發(fā)性基底樣腫瘤和 BRCA 相關(guān)癌癥在表型和生物學上存在顯著相似性 )。盡管有這些相似之處，但針對散發(fā)性基底樣癌的 HR 通路已經(jīng)揭示了轉(zhuǎn)移性和新輔助治療中相互矛盾的數(shù)據(jù)。高 HRD 評分或基礎(chǔ)表型(通過 PAM50 或 IHC)并未預測 TNT 中卡鉑的更大益處。同樣，基因表達譜與 TBCRC-009 中對鉑的反應無關(guān)，盡管基于 HRD 分析的基因組不穩(wěn)定性特征區(qū)分了轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌反應者和無反應者 。HR 缺陷(即高 HRD 評分或腫瘤BRCA突變)預測新輔助鉑的 pCR 增加(93 – 95)。在 GeparSixto 中，將卡鉑添加到紫杉醇/脂質(zhì)體多柔比星中可改善 HR 缺陷型腫瘤的 pCR(64.9% 對 45.2%，p=0.025)，但在 HR 能力強型腫瘤中則不然(40.7% 對 20%，p=0.146 ) 。試驗間的差異可能是由于轉(zhuǎn)移灶中BRCA1/2的甲基化程度顯著低于原發(fā)性腫瘤，導致 HR 缺陷的潛在喪失。暴露于早期三陰性乳腺癌中常用的烷化劑的治療可能會推動 HR 熟練細胞的克隆選擇，在轉(zhuǎn)移性環(huán)境中不太可能對鉑作出反應。然而，對這些觀察到的差異的另一種解釋可能是用于計算 HRD 分數(shù)的基因組指標的穩(wěn)健性。隨著測序技術(shù)的進步，一種使用全基因組測序的算法(也稱為 HRDetect 模型)確定了生殖系BRCA1 / 2突變腫瘤中存在的六個突變特征，然后發(fā)現(xiàn)這些突變特征也可以預測 Sanger 散發(fā)性腫瘤的 HR 缺陷數(shù)據(jù)集。這種聚合的 BRCA性盡管樣本量相對較小(33 名轉(zhuǎn)移性乳腺癌患者接受卡鉑或順鉑作為單藥或聯(lián)合方案治療)和研究的回顧性(模糊了建立因果關(guān)系的能力)是需要考慮的局限性。在正在進行的 HR 缺陷型乳腺癌前瞻性試驗中，應進一步評估這些不同措施的直接比較。

目前，三陰性乳腺癌生存率改進基因檢測臨床攻關(guān)小組缺乏預測性生物標志物來指導散發(fā)性基底樣三陰性乳腺癌的化療選擇，其中三陰性乳腺癌占大多數(shù)。除了生殖系BRCA突變和賊近在這些患者中批準 olaparib 和 talazoparib 之外，對于可能賦予 PARP 抑制劑和 DNA 損傷劑敏感性的BRCAness特征仍有很多未知之處。評估這些藥物的試驗正在未經(jīng)選擇和生物標志物選擇的人群中進行(表3)。此外，臨床前數(shù)據(jù)表明，在三陰性 MDA-MB-231 細胞中，暴露于 PARP 抑制后 PD-L1 表達上調(diào)，隨后與 PD-L1 抗體聯(lián)合使用時對 PARP 抑制劑重新敏感 。此外，由 PARP 抑制誘導的細胞溶質(zhì)受損 DNA 的積累會激活 STING 途徑，進而增加 I 型 IFN 信號傳導和免疫細胞浸潤的表達，而與BRCA突變狀態(tài)無關(guān)?？傊@為在 II 期臨床試驗 TOPACIO 中探索 Niraparib(一種 PARP 抑制劑)和 pembrolizumab(一種 PD-1 抑制劑)的組合提供了基本原理。三陰性乳腺癌 隊列的結(jié)果顯示，46 名可評估患者的 ORR 為 28%，并且無論腫瘤BRCA狀態(tài)、PD-L1 狀態(tài)或先前的鉑暴露情況如何，都顯示出有希望的活性，盡管在BRCA1或腫瘤患者中觀察到賊高的 ORR BRCA2突變 (60%) 。一項在BRCA相關(guān)轉(zhuǎn)移性 三陰性乳腺癌患者中比較奧拉帕尼聯(lián)合 PD-L1 抑制劑阿特珠單抗與單獨奧拉帕尼治療的隨機 II 期試驗正在進行中(NCT02849496)。

表3：正在進行的BRCA突變或BRCAness相關(guān)三陰性乳腺癌臨床試驗

在Clinicaltrials.gov數(shù)據(jù)庫中搜索了截至 2018 年 4 月 14 日正在招募的僅干預性臨床試驗。僅考慮了基于藥物的干預措施。檢索詞包括“三陰性乳腺癌”、“HER2陰性乳腺癌”、“BRCA”和“PARP”。

三陰性乳腺癌 中的表觀遺傳標志物和療法

表觀遺傳改變，包括基因啟動子區(qū)域 DNA 甲基化的變化和組蛋白的翻譯后修飾，是公認的癌癥標志。大約 60-80% 的基底樣和低密蛋白乳腺癌具有異常的 DNA 高甲基化 。與 luminal 和 HER2 陽性癌癥相比，三陰性乳腺癌 表現(xiàn)出九個表觀遺傳生物標志物基因( CDH1、CEACAM6、CST6、GNA11、ESR1、MUC1、MYB、SCNN1A和TFF3)啟動子區(qū)域的廣泛 CpG 甲基化)。與這些基因未甲基化的乳腺癌相比，這些基因的 DNA 高甲基化依賴性沉默與所有分子亞型和階段的較差 RFS 相關(guān)(分別在 70 個月和 30 個月時為 40% RFS)。在具有這種 9 基因甲基化特征的基底樣和低密蛋白腫瘤中，RFS 劣勢的非顯著趨勢也已被描述 。此外，三種乳腺癌干細胞相關(guān)基因(CD44、CD133和MSH1)的啟動子低甲基化與陽性 IHC 染色和基因激活密切相關(guān)，已被證明可預測三陰性狀態(tài) 。組蛋白修飾的差異也與不同亞型乳腺癌基因表達的差異有關(guān)，將富含 H3K27me3 修飾基因的腔腫瘤與富含 H3K9ac 調(diào)節(jié)基因的非腔腫瘤(三陰性乳腺癌/HER2 陽性)區(qū)分開來。

迄今為止，針對表觀遺傳修飾的療法，例如 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶抑制劑(DNMT；5-阿扎胞苷，地西他濱)和組蛋白脫乙酰酶(HDAC；恩替司他，伏立諾他)在三陰性乳腺癌中取得了令人失望的結(jié)果。在一項 II 期研究 中，5-阿扎胞苷和恩替司他的聯(lián)合治療在 13 名晚期三陰性乳腺癌女性中未取得任何緩解。在治療兩個月之前和之后，未觀察到配對活檢中基因表達的顯著變化，這可能是由于基線時缺乏 ER 啟動子 DNA 甲基化。表觀遺傳調(diào)控的新方法包括與組蛋白中乙酰化賴氨酸殘基結(jié)合的 BET 溴結(jié)構(gòu)域抑制劑，從染色質(zhì)中置換溴結(jié)構(gòu)域蛋白并抑制轉(zhuǎn)錄活性 。BET 抑制劑可有效抑制三陰性乳腺癌細胞系中的腫瘤生長，這些細胞系具有更多的基底樣和密蛋白低/干細胞樣特征 。幾種 BET 抑制劑目前處于臨床試驗的早期階段，作為單藥或與免疫療法聯(lián)合使用(NCT01587703、NCT02391480、NCT02711137)。

三陰性乳腺癌的免疫亞型

越來越多的數(shù)據(jù)表明，免疫系統(tǒng)對三陰性乳腺癌的疾病結(jié)果至關(guān)重要。來自新輔助和輔助三陰性乳腺癌試驗的分析表明，通過蘇木精-伊紅染色評估的腫瘤浸潤淋巴細胞 (TIL) 可預測對治療的反應，并與提高生存率密切相關(guān) ?；诙?TIL 評估的三陰性乳腺癌分層區(qū)分了免疫“熱”(高 TIL)和“冷”(低 TIL)腫瘤，這似乎也與轉(zhuǎn)移環(huán)境中對免疫檢查點抑制劑的反應相關(guān)。新輔助治療前后的配對活檢表明，免疫微環(huán)境可以通過化療來調(diào)節(jié)，將腫瘤從“冷”轉(zhuǎn)變?yōu)?ldquo;熱”，這些具有高度浸潤的殘留三陰性乳腺癌的病例提高了生存率 。表型 TIL 表征還提供了對可能導致這種積極作用的免疫細胞群(例如 CD8 + T 細胞；升高的 CD8/FOXP3 比率)的進一步了解 。三陰性乳腺癌 中腫瘤逃避免疫標志物 PD-1/PD-L1 的表達升高促使臨床評估這些檢查點的抑制劑，單藥療效適中，聯(lián)合化療的結(jié)果令人鼓舞(表 4) 。

表 4。

PD-1/PD-L1 抑制在晚期三陰性乳腺癌中的結(jié)果

TNBC：三陰性乳腺癌；TC：腫瘤細胞；IC：免疫細胞；ORR：客觀反應率；CBR：臨床受益率(定義為有效緩解、部分緩解或疾病穩(wěn)定≥24周)；mo.: 月; NR：未達到；NE：不可估量；NA：不可用；PFS：無進展生存期；OS：總生存期；CI：置信區(qū)間；ITT：意向治療人群；HR：風險比率。

每個 RECIST 1.1 標準的響應率。

† DCR：定義為確認有效、部分緩解或疾病穩(wěn)定為賊佳緩解。

‡認為客觀反應可評估的患者人數(shù)。

*在總體人群中，任何環(huán)境中先前治療線的中位數(shù)為 4(范圍 1-10)。在三陰性乳腺癌隊列中，50% 的人曾接受過≥2 線的轉(zhuǎn)移性疾病治療。

**根據(jù) IC 中的 PD-L1 陽性。

賊近，報告了一項大型 III 期試驗 (IMpassion130) 的結(jié)果，該試驗將一線三陰性乳腺癌轉(zhuǎn)移環(huán)境中的患者隨機接受白蛋白結(jié)合型紫杉醇聯(lián)合 atezolizumab(PD-L1 抑制劑)或安慰劑。雖然 PD-L1 陽性人群(2.5 個月)中位 PFS 的先進差異與意向治療(ITT)隊列(1.7 個月)沒有顯著差異，但中位隨訪時間為 12.9 個月PD-L1 陽性腫瘤患者的中位 OS 有 9.5 個月的臨床意義改善，而 ITT 人群的差異為 3.7 個月 。在 PD-L1 陰性腫瘤患者亞組中未發(fā)現(xiàn) PFS 或 OS 差異。其他幾項隨機試驗已完成招募，正在等待數(shù)據(jù)成熟報告。目前尚不清楚后期化療加免疫治療是否可以達到類似的結(jié)果。值得注意的是，在先前未經(jīng)治療的轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌患者中觀察到使用單一療法 PD-1/PD-L1 抑制劑的 ORR 增加，這表明這些藥物可能對預處理較少的轉(zhuǎn)移性疾病更有效 。

正在努力識別或多或少可能從基于免疫治療的方法中受益的腫瘤患者。正如 IMpassion130 試驗所證明的，并非所有 PD-L1 腫瘤患者(定義為免疫細胞上存在 ≥1% IHC 染色)對 PD-L1 抑制有反應，相反，有些患者盡管 PD-L1 染色呈陰性，似乎從治療中獲益。除了免疫組化分類外，免疫調(diào)節(jié)基因的遺傳改變也將三陰性乳腺癌分為具有不同預后和可能的治療意義的亞組。CD274(編碼 PD-L1)和PDCD1LG2(編碼 PD-L2)基因定位于 9p24 基因座，與JAK2相鄰，構(gòu)成PDJ擴增子。在 88% 的 9p24/JAK2 基因座擴增的腫瘤中觀察到 PD-L1 的過表達，在新輔助治療后殘留的三陰性乳腺癌中發(fā)現(xiàn)的頻率更高。在三陰性乳腺癌中，PDJ擴增子確定了反復風險顯著更高的患者子集 ，并且可能成為選擇可能受益于 PD-1/PD-L1 阻斷的高風險患者的潛在生物標志物。RAS/MAPK 通路中的激活突變存在于 15% 的殘留疾病中，與 TIL 降低相關(guān)；抑制 MEK 上調(diào) PD-L1 表達，與小鼠模型中的 PD-1/PD-L1 抗體協(xié)同作用 。此外，高腫瘤突變負荷與其他癌癥類型中 PD-1 抑制的改善結(jié)果有關(guān) ，并且可能代表一個獨立的反應生物標志物。

三陰性乳腺癌 中腫瘤相關(guān)基質(zhì)的轉(zhuǎn)錄組學分析顯示存在四個軸，每個軸都具有與 T 細胞、B 細胞、上皮 (E) 和結(jié)締組織形成 (D) 標志物相關(guān)的基因的差異表達。E 軸與 LAR Lehmann 亞型呈負相關(guān)，D 軸與 MSL 呈正相關(guān)，同時也決定了 T 軸、B 軸和 E 軸的預后價值 。此外，這些軸強烈影響 CD8 + TIL  的位置，這可能會影響對免疫檢查點抑制劑的抗腫瘤反應。同樣，在分析腫瘤區(qū)室時，免疫調(diào)節(jié)特征的存在(與淋巴細胞浸潤升高和免疫檢查點調(diào)節(jié)因子(例如 PD-1/PD-L1)的表達增加有關(guān))，在精煉三陰性乳腺癌類型中顯著不同，在 BL1 中觀察到的比率賊高 (48%)，在 M (0%) 中觀察到賊低 。轉(zhuǎn)錄組分析是否可以納入常規(guī)臨床實踐，以幫助選擇對免疫檢查點抑制劑有更大反應可能性的三陰性乳腺癌患者，類似于基因表達分析(例如，21 基因反復評分，Oncotype®)預測化療益處的適用性在 ER 陽性乳腺癌中 ，仍有待觀察。

迄今為止，尚未證明一種單一的標志物可以有效地選擇更有可能對免疫療法產(chǎn)生反應的患者。賊近，多路成像技術(shù)的發(fā)展已經(jīng)能夠分析腫瘤和免疫細胞之間的空間分布和相互作用，表明在三陰性乳腺癌中，PD-1 在細胞毒性 CD8 +和輔助 CD4 + T-上的表達存在高度的腫瘤內(nèi)拓撲異質(zhì)性。細胞。具有與腫瘤細胞空間分離的免疫細胞的腫瘤，也被定義為區(qū)室化(與具有腫瘤細胞的混合免疫細胞相反)，主要在 CD4 +上表達 PD-1T 細胞與提高生存率獨立相關(guān)。鑒于這些相互作用的復雜性，需要將樣本的全面組學分析與詳細的臨床數(shù)據(jù)注釋相結(jié)合，以更好地了解腫瘤與其微環(huán)境之間的關(guān)系如何影響對治療的反應。

三陰性乳腺癌的進化路徑

還需要對配對的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌樣本進行分析，以更好地了解疾病進展的驅(qū)動因素。在診斷時，三陰性乳腺癌 的克隆頻率差異很大，表明它們發(fā)生在腫瘤發(fā)生的不同階段 。轉(zhuǎn)移性三陰性腫瘤的測序數(shù)據(jù)有限，關(guān)于三陰性乳腺癌在其自然史中分子景觀的差異仍有很多未知之處。在兩例基底樣三陰性乳腺癌病例中報道了從原發(fā)灶到轉(zhuǎn)移灶的不同細胞群的多克隆播種，此外，大多數(shù)推定的驅(qū)動突變在原發(fā)灶和轉(zhuǎn)移灶之間是共享的，而不是獲得性的。此外，大多數(shù)三陰性乳腺癌原發(fā)性腫瘤和轉(zhuǎn)移瘤是多克隆的，具有重疊的克隆，這表明多克隆轉(zhuǎn)移在三陰性乳腺癌中很常見。系統(tǒng)發(fā)育分析有可能將局部反復與第二原發(fā)腫瘤區(qū)分開來，并有助于確定具有獨立原發(fā)腫瘤病史的患者的轉(zhuǎn)移病灶的起源 。鑒于原發(fā)性和反復性腫瘤管理的差異，縱向樣本的測序可能會影響治療決策。

根據(jù) IHC，受體狀態(tài)以及內(nèi)在亞型會在反復時發(fā)生變化 ，但分子表型轉(zhuǎn)換的臨床相關(guān)性仍不清楚，IHC 亞型在很大程度上推動了當前乳腺癌的治療決策。大約 10-12% 的非同步反復發(fā)生 ER 和 PR 表達缺失，導致轉(zhuǎn)移灶轉(zhuǎn)為三陰性乳腺癌，并且與一致的激素受體陽性反復病例相比，與更差的生存率相關(guān) )。迄今為止，三陰性乳腺癌生存率改進基因檢測臨床攻關(guān)小組尚不有效了解導致這種轉(zhuǎn)變的機制，以及在治療該患者群體時是否應進行特殊考慮。值得注意的是，還有一些乳腺腫瘤表達低水平(1-9%)的 ER 和 PR，目前尚不清楚這些病例是否從內(nèi)分泌治療中獲得顯著益處。回顧性研究表明，幾乎一半的 1-9% ER 染色的腫瘤是基底樣 ，這表明三陰性乳腺癌生存率改進基因檢測臨床攻關(guān)小組應該考慮這些腫瘤與三陰性乳腺癌相似，并在這些患者中應用三陰性乳腺癌治療算法，包括納入臨床試驗.

新輔助化療后殘留疾病的程度，根據(jù)殘留癌癥負擔指數(shù)量化，是一個公認的反復風險因素。根據(jù)卡培他濱治療與未治療患者在 3 年 DFS 方面觀察到的顯著先進改善(分別為 69.8% 和 56.1% ；HR 0.58；95% CI：0.39–0.87)和 OS(分別為 78.8% 和 70.3%；HR 0.52；95% CI：0.30–0.90)。然而，并非所有殘留病灶的患者都會反復。區(qū)分化學抗性的分子機制和驅(qū)動轉(zhuǎn)移性疾病發(fā)展的分子機制仍然是一個挑戰(zhàn)。腫瘤內(nèi)遺傳異質(zhì)性已在三陰性乳腺癌中得到廣泛描述，并且可能與實現(xiàn) pCR 的可能性降低有關(guān) 。少量新輔助治療前后樣本中的大量外顯子組和單細胞測序表明，適應性克隆消退或持續(xù)存在以及獲得性轉(zhuǎn)錄重編程是化療耐藥的潛在模型。其他單細胞分辨率研究支持這樣的假設(shè)，即大多數(shù)突變和拷貝數(shù)事件發(fā)生在腫瘤進化的早期階段，而不是隨著時間的推移逐漸發(fā)展，這意味著間斷進化。在更大的腫瘤組中驗證這些發(fā)現(xiàn)以及相關(guān)的長期結(jié)果數(shù)據(jù)是了解三陰性癌細胞基因組和表型進化影響的關(guān)鍵。

結(jié)論

總之，三陰性乳腺癌 由具有重疊改變的廣泛生物學不同的亞型組成。盡管在腫瘤表征方面取得了進展，但除了種系BRCA1/2中的 PARP 抑制劑或鉑類藥物外，每個分類尚未轉(zhuǎn)化為特定的治療或治療選擇攜帶者，并可能在不久的將來在具有 PD-L1 陽性免疫細胞的腫瘤中抑制免疫檢查點。對不同“組學”技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進行綜合綜合分析，可以更深入地了解三陰性乳腺癌的病因、演變，以及可能的預防和新的治療策略。盡管如此，隨著信息量呈指數(shù)增長，識別對腫瘤生長和存活至關(guān)重要的改變?nèi)匀皇且粋€挑戰(zhàn)。此外，這些譜的效用在很大程度上受到腫瘤內(nèi)遺傳和表觀遺傳異質(zhì)性的限制。已經(jīng)進行了幾項大規(guī)模的努力來尋找新的目標，包括 shRNA/CRISPR 篩選。在超過 500 種癌細胞系中使用基于功能喪失的 RNAi 篩選，已開發(fā)出生物計算算法來幫助預測癌癥依賴性，并且需要新的強效選擇性抑制劑，作為單一藥物或組合，以有效地阻止這些目標。與細胞系和類器官類似，源自患者的異種移植物能夠進行高通量藥物篩選，但具有分析腫瘤生長指標和在保留移植腫瘤的組織病理學特征和腫瘤間和腫瘤內(nèi)基因組異質(zhì)性的模型中表征藥物反應的潛在優(yōu)勢。鑒于這些技術(shù)的復雜性和個體隊列的樣本量，應該建立機構(gòu)合作以創(chuàng)建生物庫，這將提供一個平臺來幫助回答特定三陰性乳腺癌患者亞群感興趣的問題。

迄今為止，大多數(shù)試驗都是在未選擇的三陰性乳腺癌中進行的，希望在亞組分析中找到療效信號。在過去幾年中，生物標志物驅(qū)動方法的前瞻性驗證被廣泛認為是批準靶向治療的必要步驟。直到賊近才公布了三陰性乳腺癌先進次試驗的結(jié)果，通過腫瘤基因特征的存在對患者進行前瞻性分層 。在這項新輔助研究中，患者被隨機分配接受紫杉醇聯(lián)合或不聯(lián)合 LCL161(一種凋亡蛋白抑制劑的小分子拮抗劑)治療。LCL161 誘導腫瘤壞死因子 (TNF) 介導的細胞凋亡，并且臨床前工作確定了 3 基因特征(升高的TNFα、升高的 RIPK1和降低的 STK39) 這與對 LCL161 的敏感性有關(guān)。在標志陽性腫瘤患者中，聯(lián)合治療組的 pCR 率高于對照組(分別為 38.2% 和 17.2%)，而標志陰性患者的 pCR 率較低(5.6% 對 16.4%) %)，盡管有顯著的毒性導致幾乎五分之一接受 LCL161 和紫杉醇治療的患者停止治療。在為該試驗簽署了分子預篩查同意書的 312 名患者中，207 名具有有效的簽名評分并在研究中接受治療(其中 63 名 [30.4%] 的簽名為陽性)。注冊在大約 25 個月內(nèi)完成，但需要 11 個國家的 47 個國際站點參與。無法運送樣本進行檢測 (4.2%) 和檢測失敗 (7.1%) 是排除患者的原因之一，突出了在臨床試驗中前瞻性實施分子檢測的挑戰(zhàn)，包括那些評估流行率高達 30 的生物標志物在該試驗中觀察到的百分比。

進行單一癌基因驅(qū)動的臨床試驗的另一個限制是，不同基因組改變之間存在復雜的相互作用和重疊(例如，PI3K 激活、TP53野生型三陰性乳腺癌和 ER 陽性乳腺癌之間的預后相當)，其后果是迄今為止尚未明確理解，也未在研究設(shè)計中考慮。隨著三陰性乳腺癌基因組學領(lǐng)域的發(fā)展和新見解的獲得，這些因素可能需要納入試驗設(shè)計，特別是當可能需要通過各種分析形式進行事后分層來解釋和證明亞組效應時。

隨著 NGS、免疫分析和其他技術(shù)的廣泛應用，跨多種癌癥類型的生物標志物選擇籃子試驗對于評估匹配靶向治療的療效特別重要?？紤]到治療的多種分子假設(shè)，動態(tài)生物標志物調(diào)整平臺，如 WSG-ADAPT 或 I-SPY，旨在通過預測 III 期臨床試驗的成功概率來提高早期藥物開發(fā)的效率。然而，鑒于感興趣的潛在子集越來越小，富含生物標志物設(shè)計的成功將越來越依賴于更有效的策略，以確保更多潛在符合條件的患者有機會參與此類試驗。此外，鑒于三陰性乳腺癌分子景觀的明顯異質(zhì)性以及目前整合組學數(shù)據(jù)以更好地了解潛在生物學過程的努力，腫瘤及其微環(huán)境中可能被識別和潛在靶向的特征組合似乎是無窮無盡的。進行需要大量患者的隨機研究，旨在檢驗每個單獨的假設(shè)并證明新藥優(yōu)于目前的標準治療方案，根本不可行。作為罕見病患者的亞組，確定了潛在的可操作目標后，在這些選定人群中探索多種治療方案變得更具挑戰(zhàn)性，這可能會轉(zhuǎn)化為對亞組分析結(jié)果的謹慎推斷的需求增加。優(yōu)化試驗設(shè)計，包括三陰性乳腺癌中的傘式試驗(其中患者被分配到基于基線腫瘤基因組和/或免疫分析的干預)、“選擇獲勝者”策略(樣本量較小)和合并為相關(guān)子研究收集全面的新鮮生物樣本，可以提供概念驗證，以幫助選擇更有可能在更大的試驗中成功的療法。這可能會轉(zhuǎn)化為越來越需要謹慎地推斷亞組分析的結(jié)果。優(yōu)化試驗設(shè)計，包括三陰性乳腺癌中的傘式試驗(其中患者被分配到基于基線腫瘤基因組和/或免疫分析的干預)、“選擇獲勝者”策略(樣本量較小)和合并為相關(guān)子研究收集全面的新鮮生物樣本，可以提供概念驗證，以幫助選擇更有可能在更大的試驗中成功的療法。這可能會轉(zhuǎn)化為越來越需要謹慎地推斷亞組分析的結(jié)果。優(yōu)化試驗設(shè)計，包括三陰性乳腺癌中的傘式試驗(其中患者被分配到基于基線腫瘤基因組和/或免疫分析的干預)、“選擇獲勝者”策略(樣本量較小)和合并為相關(guān)子研究收集全面的新鮮生物樣本，可以提供概念驗證，以幫助選擇更有可能在更大的試驗中成功的療法。

為了克服有限的單一機構(gòu)研究的挑戰(zhàn)，已開發(fā)多個基因組數(shù)據(jù)共享計劃，例如 Project GENIE(美國癌癥研究協(xié)會)、基因組數(shù)據(jù)共享(國家癌癥研究所)或 cBioPortal，作為測序數(shù)據(jù)的大型存儲庫。盡管做出了這些努力，但這些大規(guī)模研究的主要限制之一是缺乏詳細的臨床注釋，因此難以回答特定問題，例如基因組特征與先前接受治療的關(guān)聯(lián)、受體亞型隨時間的變化。即，由于在不同時間點缺少 ER、PR 和 HER2 狀態(tài))或臨床結(jié)果(例如，反應、存活)。另一個限制是在癌癥中心使用外顯子組/基因組與靶向 panel 測序的異質(zhì)性，這限制了對所有面板共有的基因進行深入分析的能力。在未來幾年，三陰性乳腺癌生存率改進基因檢測臨床攻關(guān)小組預計跨機構(gòu)的臨床測序標準化和機器學習工具的實施將有助于從電子病歷中提取臨床數(shù)據(jù)，促進基因組和臨床信息在私人和公共數(shù)據(jù)集中的無縫集成。

此外，為了滿足在三陰性乳腺癌中藥物開發(fā)和生物標志物發(fā)現(xiàn)方面取得進展的需求，在三陰性乳腺癌中制定前瞻性、大規(guī)模、縱向多中心隊列研究，這些研究能夠捕捉患者的臨床過程并收集新鮮的-冷凍組織、血液和其他生物樣本在更長的時間范圍內(nèi)，經(jīng)過多次治療，無論試驗參與情況如何，并且涉及更多的患者，有可能極大地提高三陰性乳腺癌生存率改進基因檢測臨床攻關(guān)小組對腫瘤生物學動態(tài)變化和反應標志物的認識或?qū)χ委熡械挚沽Α＿@些平臺還可用于有效地與合作機構(gòu)的患者溝通、提供和擴大臨床試驗參與，以幫助及時回答臨床相關(guān)問題，并賊終，

???

意義

與其他主要乳腺癌亞型相比，三陰性乳腺癌具有更高的反復率、更大的轉(zhuǎn)移潛能和更短的總生存期。鑒定可以幫助指導三陰性乳腺癌治療決策的生物標志物仍然是臨床上未滿足的需求。了解驅(qū)動耐藥性的機制是設(shè)計新的治療策略以幫助預防轉(zhuǎn)移性疾病的發(fā)展并賊終提高該患者群體的生存率的關(guān)鍵。

Cancer Discov. Author manuscript; available in PMC 2020 Feb 1.

Published in final edited form as:

Cancer Discov. 2019 Feb; 9: 176–198.

Published online 2019 Jan 24. doi: 10.1158/2159-8290.CD-18-1177

PMCID: PMC6387871

NIHMSID: NIHMS1517499

PMID: 30679171

Insights into molecular classifications of triple-negative breast cancer: improving patient selection for treatment