【佳學(xué)基因檢測(cè)】MSI基因檢測(cè)
什么是MSI基因檢測(cè)？
微衛(wèi)星（MS）又稱(chēng)為短串聯(lián)重復(fù)序列（STRs）或簡(jiǎn)單序列重復(fù)序列（SSRs），由1-6個(gè)核苷酸的重復(fù)序列組成。小衛(wèi)星DNA的分布特征不同于15～65個(gè)核苷酸串聯(lián)重復(fù)序列，主要位于染色體末端附近。MS分布廣泛，大多位于編碼區(qū)附近，也可能位于其他區(qū)域，如內(nèi)含子或非編碼區(qū)。每個(gè)MS特異位點(diǎn)由中心核和外圍側(cè)翼兩部分組成，MS的特異性主要是由于核心重復(fù)單元數(shù)目的變化。
MS的產(chǎn)生機(jī)制一般認(rèn)為是DNA復(fù)制過(guò)程中的滑移，或DNA復(fù)制和修復(fù)過(guò)程中滑移鏈和互補(bǔ)鏈的堿基錯(cuò)配，導(dǎo)致一個(gè)或多個(gè)重復(fù)單元缺失或插入。正常組織DNA修復(fù)系統(tǒng)稱(chēng)為錯(cuò)配修復(fù)（MMR），可以糾正DNA復(fù)制過(guò)程中的錯(cuò)誤。然而，由于腫瘤細(xì)胞中MMR基因的缺失或復(fù)制修復(fù)過(guò)程中的缺陷，基因突變的可能性增加?？梢?jiàn)MSI是腫瘤發(fā)生發(fā)展的重要因素。
根據(jù)微衛(wèi)星不穩(wěn)定性的發(fā)生頻率，可分為高微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI-H）、低微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI-L）和微衛(wèi)星穩(wěn)定性（MSS）。目前臨床研究?jī)A向于將MSS-L和MSS歸為一類(lèi)。根據(jù)MSI在結(jié)直腸癌中的不同分子機(jī)制，可分為無(wú)明顯家族遺傳史的結(jié)直腸癌（CRC）和有家族遺傳史的非息肉病Lynch綜合征?；蚪獯a早期發(fā)現(xiàn)，MSI病例多為散發(fā)性結(jié)直腸癌，其原因是由于hMLH1啟動(dòng)子甲基化導(dǎo)致后代基因表達(dá)表觀(guān)失活而未發(fā)生基因突變。Lynch綜合征是一種由MMR株突變引起的常染色體顯性腫瘤綜合征，它也可以引起結(jié)腸和直腸其他部位的腫瘤。
由于MSI早期檢測(cè)的局限性和MSI早期機(jī)制的不明確，目前只能用一些特異性化療藥物治療MSI患者，效果并不理想。隨著MSI檢測(cè)技術(shù)和免疫抑制劑在腫瘤治療中的應(yīng)用，研究人員發(fā)現(xiàn)MSI-H腫瘤對(duì)免疫治療反應(yīng)良好。FDA批準(zhǔn)PD-L1（程序性細(xì)胞死亡配體1）阻斷Keytruda治療MSI-H/MMR患者。學(xué)者們開(kāi)始對(duì)MSI的檢測(cè)方法、MSI的機(jī)制以及MSI與腫瘤的關(guān)系等方面進(jìn)行更深入的研究。
微衛(wèi)星不穩(wěn)定性檢測(cè)（MSI)方法及進(jìn)展
隨著人類(lèi)基因組計(jì)劃的實(shí)施，科學(xué)家們開(kāi)始進(jìn)一步研究與人類(lèi)疾病相關(guān)的基因，發(fā)現(xiàn)與之相關(guān)的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性，并尋求檢測(cè)相關(guān)方法（表1）。MSI(微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（檢測(cè)方法一覽表
| 檢測(cè)方法 | 特點(diǎn) | 檢測(cè)對(duì)象 | 檢測(cè)精度 |
|---|---|---|---|
| NGS | 少量樣本可以得到正確結(jié)果 | 同乎 100 MS 位點(diǎn) |
IMPACT™: 92% F1CDx: 94.6% |
| 多重滎光PCR and CE |
只能得到MSI結(jié)果 MSI 分析系統(tǒng)是基于這一方法 |
5 MS sites: BAT-26, NR-21, BAT-25, MONO-27 and NR-24 | Gold standard, 100% |
| IHC | 應(yīng)用廣泛，實(shí)用性強(qiáng)，但是只能得到MMR結(jié)果 | The MMR protein: hMLH1, hPMS2, hMSH2, hMSH6 | 89–95% |
| smMIPs | Accurate and no matching of normal materials are required for certain diseases: colorectal cancer, prostate cancer, endometrial cancer | DNA from tumor tissue | 95.80% |
NGS next-generation sequencing, PCR polymerase chain reaction, CE capillary electrophoresis, IHC immunohistochemistry, smMIPs single-molecule molecular inversion probes, MMR mismatch repair, MS microsatellite
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