【佳學(xué)基因檢測】軟組織和骨腫瘤基因檢測分子病理學(xué)共識與標準

主容編輯和審核：《軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測專家共識（2022版）》編寫專家委員會 

出版日期： 2022 -10 -08 ·  

DOI： 10.3760/cma.j.cn112151-20220601-00480

英文標題：

Expert consensus and Standard on Genetic & Molecular Pathology Testing of Soft Tissue and Bone Tumor (2022 version)

摘要

隨著基因解碼技術(shù)和高通量測序技術(shù)的廣泛應(yīng)用，軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)及基因檢測領(lǐng)域迅速發(fā)展。為了更好地引導(dǎo)和規(guī)范這些技術(shù)在軟組織和骨腫瘤疾病中的應(yīng)用，專家委員會于2019年在《中華病理學(xué)雜志》發(fā)表了《軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測專家共識（2019年版）》。該共識和標準在指導(dǎo)臨床診療方面發(fā)揮了重要作用。為了與時俱進，《軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測專家共識（2022版）》結(jié)合了該領(lǐng)域的賊新進展，對2019年版共識進行了全面的更新和修訂。新版共識涵蓋了實驗室規(guī)范、分子診斷、基因檢測標準以及臨床治療等多個方面，旨在更好地滿足臨床診療的需求。

版權(quán)歸中華醫(yī)學(xué)會所有。

軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)發(fā)展十分迅速，其不僅在傳統(tǒng)的診斷和鑒別診斷中起著非常重要的作用，而且在臨床治療策略制定和腫瘤生物學(xué)行為預(yù)測等方面也具有重要的價值。另外，分子遺傳學(xué)異常的軟組織和骨腫瘤新病種報道在不斷涌現(xiàn)，軟組織和骨腫瘤分類的基礎(chǔ)正在從形態(tài)學(xué)分類轉(zhuǎn)向分子分類，以期達到正確診治。為更好指導(dǎo)和規(guī)范分子病理學(xué)檢測在軟組織與骨腫瘤中的應(yīng)用，中華醫(yī)學(xué)會病理學(xué)分會骨和軟組織疾病學(xué)組、中國抗癌協(xié)會腫瘤病理專業(yè)委員會骨與軟組織腫瘤協(xié)作組、中國抗癌協(xié)會肉瘤專業(yè)委員會病理學(xué)組和中國研究型醫(yī)院學(xué)會病理學(xué)專業(yè)委員會組織專家對《軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測專家共識（2019年版）》［ 1 ］進行了修訂，更新了分子病理學(xué)檢測在軟組織和骨腫瘤領(lǐng)域中的應(yīng)用，供臨床和病理醫(yī)師在日常工作中參考。

一、軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測注意事項

開展分子病理學(xué)檢測時應(yīng)注意以下事項：（1）分子病理室的總體要求（包括質(zhì)量管理體系文件、實驗室的區(qū)域設(shè)置、開展的檢測項目和應(yīng)用的試劑、檢測人員/數(shù)據(jù)分析人員/報告簽署醫(yī)師等人員的資質(zhì)等）應(yīng)參考相應(yīng)的管理辦法、工作導(dǎo)則、指南和共識［ 2 , 3 , 4 , 5 ］；（2）從事臨床基因擴增檢驗的分子病理實驗室需通過臨床基因擴增檢驗實驗室技術(shù)審核。從事臨床基因擴增檢驗實驗的技術(shù)人員需經(jīng)過臨床基因擴增檢驗實驗技術(shù)人員上崗培訓(xùn)；（3）二代測序檢測推薦在中國合格評定國家承認委員會（CNAS）或美國病理學(xué)家協(xié)會（CAP）/美國臨床實驗室改進法案修正案（CLIA）認證或承認的分子病理室進行；（4）分子病理室應(yīng)具有嚴格的室內(nèi)質(zhì)控措施，定期進行室間質(zhì)評，包括由國家病理質(zhì)控中心和國家衛(wèi)生健康委員會臨床檢驗中心權(quán)威機構(gòu)組織的基因檢測能力評估，并有持續(xù)的質(zhì)量高效和改進計劃，以確保實驗室質(zhì)量管理體系符合標準；（5）當分子病理學(xué)檢測結(jié)果與臨床病理診斷嚴重不符時，尤其是檢測結(jié)果與臨床治療密切相關(guān)時，需仔細分析原因，必要時進行驗證或重復(fù)檢測；（6）當采用不同的分子檢測方法結(jié)果有差異時需考慮第3種分子檢測方法進行驗證。

二、推薦常規(guī)采用熒光原位雜交（FISH）檢測分子遺傳學(xué)異常

1. 檢測基因重排：

越來越多的軟組織和骨腫瘤涉及染色體易位，并產(chǎn)生融合基因。采用簡便、快捷的FISH檢測相關(guān)基因重排有助于軟組織和骨腫瘤的診斷和治療［ 6 ］。目前FISH檢測常用的探針為斷裂-分離探針（break-apart probe），可幫助判斷某種基因是否有重排（ 表1 ），但不能明確具體的融合基因。使用時需注意：（1）由于不能明確具體的融合伙伴基因，對于一些不同類型的腫瘤可涉及同一基因重排（如EWSR1、NCOA2基因等）時，F(xiàn)ISH檢測結(jié)果要注意辨證分析；（2）由于重排發(fā)生于小的基因組區(qū)域或復(fù)雜事件導(dǎo)致的重排或未明原因下，可能斷裂信號不典型，判讀為假陰性，不能因此而排除某種類型腫瘤的診斷，如EWSR1：：ERG融合陽性尤因肉瘤FISH檢測EWSR1可為陰性［ 7 ］，采用CIC斷裂探針也有漏檢一部分CIC：：DUX4肉瘤的情形［ 8 ］；（3）特殊的斷裂伴擴增信號可能是診斷或預(yù)后判斷的線索，如小圓細胞肉瘤出現(xiàn)EWSR1基因斷裂伴5′擴增可能是EWSR1：：NFATC2肉瘤的診斷線索。另外軟組織和骨腫瘤FISH檢測涉及的探針較多，大多數(shù)單位或機構(gòu)推薦儲備一些常用斷裂分離探針，如EWSR1、SS18、ALK、USP6和TFE3等，以協(xié)助檢測相對常見瘤種的基因重排。

表1采用熒光原位雜交（斷裂分離探針）檢測軟組織和骨腫瘤中的基因重排

2. 檢測融合基因：

少數(shù)情況下，采用融合探針檢測融合基因優(yōu)于采用斷裂-分離探針檢測基因重排（ 表2 ），如檢測隆突性皮膚纖維肉瘤中的COL1A1：：PDGFB融合基因時宜采用融合探針，另一種情況是當2個融合基因位于同一染色體相鄰近區(qū)域時應(yīng)采用融合探針，如檢測BCOR：：CCNB3肉瘤中的BCOR：：CCNB3融合基因和EWSR1：：PATZ1肉瘤中的EWSR1：：PATZ1融合基因等。一些不同類型的腫瘤共享相同的融合基因（如EWSR1：：ATF1融合基因等），診斷時需結(jié)合組織學(xué)形態(tài)和免疫組織化學(xué)（IHC）等其他輔助檢查進行綜合判斷。

表2:采用熒光原位雜交（融合探針）檢測軟組織和骨腫瘤融合基因

3. 檢測基因擴增或缺失：

部分軟組織和骨腫瘤涉及基因擴增或缺失，也可通過FISH檢測（ 表3 ）。需要注意的是，部分位置相鄰的基因可能出現(xiàn)共擴增，如第12號染色體長臂上的CDK4、DDIT3、FRS2、GLI1、MDM2和STAT6基因。另外，腫瘤中出現(xiàn)缺失或突變的基因（如RB1、NF1、CDKN2A和SWI/SNF復(fù)合物相關(guān)基因等）可能作為驅(qū)動基因或伴隨基因改變參與多種腫瘤發(fā)病機制，因此其對鑒別診斷的輔助價值必須結(jié)合病理形態(tài)學(xué)判斷。

表3:采用熒光原位雜交檢測軟組織和骨腫瘤基因擴增和缺失

4. 驗證其他分子檢測結(jié)果：

通過二代測序檢測獲得的分子檢測結(jié)果可通過采用逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)（RT-PCR）和/或FISH檢測加以驗證。

三、推薦仍以一代測序（Sanger測序）為主要手段檢測軟組織和骨腫瘤的基因突變

部分軟組織和骨腫瘤具有相關(guān)基因突變，檢測這些基因突變對腫瘤的診斷和治療具有重要參考價值，如檢測胃腸間質(zhì)瘤KIT/PDGFRA基因突變、骨巨細胞瘤H3F3A基因突變和梭形細胞/硬化性橫紋肌肉瘤MYOD1基因突變等（ 表4 ）。這些基因變異與腫瘤類型關(guān)系明確，往往只需進行單基因檢測，并且癌基因常有突變熱點區(qū)域，因此目前仍推薦以一代測序（Sanger測序）為主要手段檢測軟組織和骨腫瘤的基因突變，但抑癌基因往往沒有熱點，涉及外顯子多，變異類型多，一代測序工作量大，并可能遺漏大片段重排，有條件的實驗室也可用二代測序進行檢測。除體系突變外，部分基因為胚系突變，特別是遺傳性病例，包括APC、CTG2、DICER1、NF1、SDHx和SMARCB1等，對于有遺傳史及相關(guān)臨床病理特點的患者，如腫瘤組織中檢測到基因變異應(yīng)進一步進行胚系突變驗證或直接進行胚系檢測。

表4:軟組織和骨腫瘤基因突變檢測

注：a部分基因涉及胚系突變，如APC、DICER1、FH、LZTR1、NF1、NF2、PRKAR1A、SDH亞單位、SMARCB1、SMARCA4和VHL等；b部分基因突變可見于多瘤種，但基因突變檢測結(jié)合病理學(xué)形態(tài)對某些腫瘤的診斷和鑒別診斷有一定的價值，如CDKN2A/B、NF1和NRAS等

四、推薦將RT-PCR作為分子檢測驗證手段

RT-PCR僅限于檢測已知的融合基因，可與FISH或二代測序配伍，主要用于進一步明確融合基因的伴侶基因及具體的融合位點。判斷融合亞型在部分腫瘤（如滑膜肉瘤、腺泡狀橫紋肌肉瘤等）中可幫助預(yù)測腫瘤生物學(xué)行為。需注意的是，RT-PCR以RNA為基礎(chǔ)，常因石蠟組織中提取的RNA質(zhì)量差而失敗。此外，RT-PCR也以PCR為基礎(chǔ)，容易因PCR交叉污染而出現(xiàn)假陽性。RT-PCR需設(shè)置兩種污染對照：一種為無RNA模板的對照（檢測PCR試劑的污染），另一種是無逆轉(zhuǎn)錄酶的對照（檢測患者RNA樣本污染）。有條件的單位可開展實時RT-PCR，減少交叉污染的危險性。

五、推薦有條件的醫(yī)療機構(gòu)積極開展二代測序檢測

二代測序檢測在臨床診療中具有一定優(yōu)勢：（1）可以同時涵蓋數(shù)百個基因，檢測范圍更廣；（2）同時檢測所有位點的多種變異類型，避免遺漏某些變異類型，可為初診患者提供完整的正確分型及治療策略指導(dǎo)；（3）能評估腫瘤突變負荷（tumor mutation burden，TMB）和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（microsatellite instability，MSI）等免疫治療相關(guān)的分子標志物；（4）避免單基因檢測帶來的樣本耗竭和時間延誤，能快速地為后續(xù)評估提供依據(jù)［ 9 ］。

1. 推薦聯(lián)合采用DNA測序和RNA測序檢測：

RNA測序是DNA測序的補充，能檢測到DNA測序未檢測到的融合，可能原因在于：（1）基因內(nèi)含子序列冗長和存在重復(fù)序列，DNA探針難以全面覆蓋；（2）攜帶融合變異的腫瘤細胞占比低，低于檢測DNA的靈敏度；（3）復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后的剪接加工過程可能會影響基因組融合/重排的真實性。

2. 合理采用二代測序檢測：

二代測序檢測費用高、周期長，在臨床實踐中應(yīng)注意合理采用二代測序檢測。軟組織和骨腫瘤二代測序檢測主要包括：（1）部分軟組織和骨腫瘤難以通過IHC和FISH等常規(guī)輔助檢測確診，此時需要借助二代測序檢測來確定是否存在分子遺傳學(xué)異常，以協(xié)助病理診斷。（2）分子分型。軟組織腫瘤類型繁多，但根據(jù)分子遺傳學(xué)異常，可對包括脂肪肉瘤、橫紋肌肉瘤以及骨和軟組織小圓細胞未分化肉瘤等在內(nèi)的腫瘤進行分子分型等［ 10 ］。（3）發(fā)現(xiàn)新病種。通過二代測序檢測和其他分子檢測手段驗證，越來越多的新病種被報道，包括第5版WHO軟組織和骨腫瘤分類中納入的新病種（EWSR1：：SMAD3陽性纖維母細胞腫瘤和NTRK重排梭形細胞腫瘤等），以及新近文獻上陸續(xù)報道并有望成為新類型的GLI1遺傳學(xué)改變的軟組織腫瘤、EWSR1：：CREB陽性惡性上皮樣腫瘤和YAP1：：KMT2A陽性肉瘤等（ 表5 ）［ 11 ］。（4）其他分子檢測的復(fù)檢手段。臨床實踐中可出現(xiàn)常規(guī)分子檢測結(jié)果不一致的情況，此時可采用二代測序檢測進行復(fù)檢以進一步明確。（5）指導(dǎo)臨床靶向和免疫治療。對考慮接受特異性靶向治療或免疫治療的骨與軟組織腫瘤患者，通過二代測序技術(shù)或平臺驗證靶向藥物相關(guān)的基因或潛在基因以及免疫檢查點抑制劑生物標志物等。

表5:采用二代測序檢測輔助診治的軟組織和骨腫瘤類型

注：a孤立性纖維性腫瘤根據(jù)鏡下形態(tài)結(jié)合STAT6標記也可作出明確診斷
 

3. 理性對待二代測序檢測結(jié)果：

（1）DNA測序檢測結(jié)果中如出現(xiàn)罕見易位伴侶/斷點、復(fù)雜融合突變等，需要在RNA水平（如RT-PCR、RNA測序等）和蛋白水平（IHC）進行驗證，明確轉(zhuǎn)錄和翻譯過程中是否有功能產(chǎn)物的形成；
（2）RNA測序?qū)M織樣本要求高，否則影響RNA提取質(zhì)量，結(jié)果存在假陰性可能；
（3）當腫瘤內(nèi)出現(xiàn)多個基因改變時，其對腫瘤診斷分類的意義、腫瘤形成過程中的作用及可能的對治療的影響，需結(jié)合形態(tài)學(xué)及免疫表型，甚至查閱數(shù)據(jù)庫和文獻，給予合理解釋；
（4）二代測序發(fā)現(xiàn)的新融合的意義需要結(jié)合形態(tài)學(xué)、免疫表型判斷，甚至需要聚類分析、DNA甲基化圖譜等新興技術(shù)手段幫助明確診斷及進行腫瘤分類。

六、推薦有條件的醫(yī)療中心開展分子檢測多平臺和研發(fā)建設(shè)

推薦有條件的醫(yī)療中心進行分子檢測多平臺建設(shè)，并具有研發(fā)新技術(shù)或新手段的能力，包括實驗室自建檢測方法（laboratory developed tests，LDT），以適應(yīng)臨床各種診治需求。其他一些檢測技術(shù)包括基于二代測序技術(shù)平臺的全基因組測序（whole genome sequencing，WGS）和全外顯子組測序（whole exome sequencing，WES），以及基因表達譜分析（gene expression profiling，GEP）、甲基化檢測、單細胞測序、液體活檢、蛋白組學(xué)和外泌體等可作為科研探索。

七、推薦采用免疫組織化學(xué)標志物輔助診斷部分具有分子遺傳學(xué)異常的軟組織和骨腫瘤

根據(jù)軟組織和骨腫瘤的分子改變或基因表達譜而研制的抗體有著一定的輔助診斷價值（ 表6 ），可通過IHC輔助診斷具有分子遺傳學(xué)異常的軟組織和骨腫瘤［ 12 ］，尤其適合在基層單位開展。如ALK輔助診斷炎性肌纖維母細胞瘤，MUC4輔助診斷低度惡性纖維黏液樣肉瘤和硬化性上皮樣纖維肉瘤，DDIT3輔助診斷黏液樣脂肪肉瘤，SS18-SSX輔助診斷滑膜肉瘤等。需注意的是，也有一些抗體并不特異，如Fli-1、TLE1、SATB2和BCOR等，應(yīng)辨證分析。

表6: 免疫組織化學(xué)標志物協(xié)助診斷具有分子遺傳學(xué)改變的軟組織和骨腫瘤

八、分子檢測有助于臨床制定治療策略

1. 軟組織和骨腫瘤化療：

根據(jù)對化療的相對敏感性，軟組織肉瘤大致分為高度敏感、敏感、中度敏感、不敏感和極不敏感5種類型（ 表7 ），病理醫(yī)師熟悉這些與化療密切相關(guān)的腫瘤類型，對部分腫瘤采用IHC標記或FISH檢測，從而作出正確病理診斷，有助于臨床醫(yī)師制定相關(guān)的治療策略。

表7:軟組織肉瘤化療敏感性與免疫組織化學(xué)和分子檢測

2. 軟組織和骨腫瘤靶向和免疫治療：

肉瘤靶向治療主要涉及血管生成（VEGF/VEGFR）、細胞周期（CDK4/6抑制劑和MDM2抑制劑）、持續(xù)增殖信號通路（甲磺酸伊馬替尼、mTOR、ALK和NTRK抑制劑）、腫瘤微環(huán)境（抗PD1、GM-CSF和抗RANKL等）、表觀遺傳學(xué)（EZH2抑制劑）和DNA修復(fù)（PARP抑制劑）等方面。目前能應(yīng)用靶向或免疫治療的軟組織和骨腫瘤類型還十分有限（ 表8 ），除骨巨細胞瘤、胃腸道間質(zhì)瘤、隆突性皮膚纖維肉瘤和炎性肌纖維母細胞瘤等有限的幾種腫瘤以外，大多數(shù)尚處在臨床試驗中，但有著良好的應(yīng)用前景。如上皮樣肉瘤嘗試采用EZH2抑制劑，去分化脂肪肉瘤嘗試采用哌帕西利和阿貝西利等。另一些藥物也在臨床實驗中，如MDM2抑制劑（Milademetan）和PARP抑制劑（Olaparib、Niraparib、Talazoparib）等［ 13 , 14 ］。此外，隨著免疫檢查點抑制劑在多種腫瘤中被證實有效，免疫治療在軟組織肉瘤中的應(yīng)用也日益得到重視，包括聯(lián)合其他藥物（如伊匹單抗）治療等。二代測序可協(xié)助檢測免疫檢查點抑制劑生物標志物，包括錯配修復(fù)基因缺陷（mismatch repair-deficient，dMMR）/微衛(wèi)星高度不穩(wěn)定性（microsatellite instability-high，MSI-H）和高腫瘤突變負荷（tumor mutation burden-high，TMB-H）等。不同腫瘤TMB-H閾值不同。dMMR/MSI-H、TMB-H是獲美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）批準、不限組織學(xué)類型的免疫治療生物標志物，有這類改變的患者將有可能從免疫治療中獲益。

表8:軟組織和骨腫瘤分子檢測與靶向、抗血管生成和免疫治療

注：a這些類型腫瘤常規(guī)病理即可作出明確診斷，但臨床可分別采用靶向、抗血管生成和免疫治療
 

3. 遺傳學(xué)咨詢：

部分骨和軟組織腫瘤涉及家族性或遺傳性背景［ 15 ］，如Ⅰ型（NF1基因）和Ⅱ型神經(jīng)纖維瘤?。∟F2基因）、Gardner綜合征（APC基因）、家族性胃腸間質(zhì)瘤（KIT/PDGFRA基因）、遺傳性副神經(jīng)節(jié)瘤-嗜鉻細胞瘤綜合征（SDH亞單位）、遺傳性平滑肌瘤病和腎細胞癌綜合征（FH基因）和希佩爾-林道綜合征（VHL基因）等，可涉及相應(yīng)基因胚系突變，有條件的單位可開展遺傳學(xué)咨詢并制定相應(yīng)策略或措施。

免責(zé)聲明 本共識僅代表本編寫專家委員會觀點，供從事軟組織和骨腫瘤分子檢測的各單位參考實際情況使用。本編寫專家委員會不對因使用本共識而引起的直接或間接損失承擔任何責(zé)任

編寫專家委員會 中華醫(yī)學(xué)會病理學(xué)分會骨和軟組織疾病學(xué)組、中國抗癌協(xié)會腫瘤病理專業(yè)委員會骨與軟組織腫瘤協(xié)作組、中國抗癌協(xié)會肉瘤專業(yè)委員會病理學(xué)組、中國研究型醫(yī)院學(xué)會病理學(xué)專業(yè)委員會

顧問 朱雄增 范欽和 黃嘯原 蔣智銘 王瑞琳