元數(shù)據(jù)庫主要是通過分析關于數(shù)據(jù)的特性而生成的新數(shù)據(jù)庫。這類數(shù)據(jù)庫可以從多種來源收集數(shù)據(jù)，然后以便于大家閱讀理解的方式呈現(xiàn)出來。這種類數(shù)據(jù)庫主要提供關于疾病和物種的基因數(shù)據(jù)。
1.    BioGraph (University of Antwerp，安特衛(wèi)普大學)：通過整合超過20個不同類型的數(shù)據(jù)庫，提供基于基因信息知識的服務。
2.    神經(jīng)科學信息網(wǎng)絡(Neuroscience Information Framework) (University of California, San Diego) – 整合數(shù)以百計的的神經(jīng)科學相關的資源信息。
3.    基因作用網(wǎng)格數(shù)據(jù)庫（ConsensusPathDB） - 通過整合12種數(shù)據(jù)庫，為基因解碼基因檢測提供分子相互作用分析信息。
4.    Entrez[2] (National Center for Biotechnology Information)，美國國家生物技術信息中心數(shù)據(jù)庫
5.    酵素門戶（Enzyme Portal）整合酶的信息，集聚關于小分子化學、生物化學傳導通路及用來調(diào)節(jié)酶活性的藥物數(shù)據(jù)庫。酶在功能營養(yǎng)基因檢測中，又被稱為西酵素，由歐洲生物信息中心 (European Bioinformatics Institute)建立和管理。
6.    真基因數(shù)據(jù)庫（euGenes） (Indiana University)
7.    基因卡片（GeneCards） (Weizmann Inst.)
8.    基因組聚集數(shù)據(jù)庫（Genome Aggregation Database ，gnomAD) (Broad Institute)
9.    元基數(shù)據(jù)庫（MetaBase） (KOBIC) – 由用戶分享構成的生物數(shù)據(jù)庫。
10. mGen 由世界上賊大的四個數(shù)據(jù)庫組成，它們是GenBank, Refseq, EMBL 和DDBJ 。數(shù)據(jù)為提取界面友好，容易使用。
11. MOPED 由西雅圖兒童研究所(Seattle Children's Research Institute)建立和管理,是一個多組學表達譜數(shù)據(jù)庫,提供蛋白質(zhì)組學,轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù),涵蓋人，鼠、蠕蟲、酵母等特種。
12. 病源門戶（PathogenPortal），數(shù)據(jù)庫與由美國過敏和感染性疾病研究所建立營運的生物信息中心鏈接。 A repository linking to the Bioinformatics Resource Centers (BRCs) sponsored by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)

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