【佳學基因檢測】侖伐替尼在腎臟癌基因檢測后的療效

靶向藥物基因檢測導讀：

自從基于基因檢測結(jié)果的靶向藥物進入臨床應用以后，免疫檢查點阻斷療法改善了患有各種類型惡性腫瘤的癌癥患者的臨床治療結(jié)果，包括黑色素瘤、肺癌、淋巴瘤、結(jié)直腸癌、腎細胞癌 (RCC) 等。 用抗 PD-1 或抗 PD-L1（程序性細胞死亡配體 1）抗體（例如帕普利珠單抗、度伐利尤單抗、阿維單抗 或 納武單抗）阻斷程序性細胞死亡 1 (PD-1) 軸可以重振 T 細胞并促進 抗腫瘤免疫。 細胞毒性 T 細胞識別和靶向由主要組織相容性復合體 (MHC) 分子呈遞的新抗原有助于消除呈遞它們的癌細胞。 抗PD1/PD-L1單藥療法現(xiàn)已獲得美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）批準用于多種癌癥； 然而，大多數(shù)患者并未受益，需要更好的基于免疫療法的治療。 PD-L1 陽性、腫瘤突變負荷、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性和 T 細胞浸潤等特征可以通過腫瘤850正確用藥基因檢測進行明確，具有多種識別對免疫檢查點阻斷療法治療有反應的患者的能力。

在晚期腎細胞患者中，抗 PD-1 單藥療法在 nivolumab 與依維莫司 (CheckMate 025) 的隨機 III 期臨床試驗中改善了總生存期。 然而，反應率僅為 25%，大多數(shù)患者均未從任何一種治療中獲益。 為了進一步改善結(jié)果，已投入大量精力開發(fā)基于抗 PD-1 骨架的免疫療法聯(lián)合方案。 一種有前途的策略是將多酪氨酸激酶抑制劑 (TKI) 與免疫檢查點阻斷療法結(jié)合使用。 例如，已經(jīng)表明，VEGF 可以直接抑制 T 細胞活性，影響淋巴細胞和抗原呈遞細胞 (APC) 的成熟和分化，調(diào)節(jié)血管生成，調(diào)節(jié)淋巴細胞運輸。 在隨機 III 期臨床試驗中，與舒尼替尼相比，多激酶抑制劑阿西替尼和抗 PD1/PD-L1 療法的組合已證明與 TKI 單一療法相比可改善無進展生存期。 然而，這種策略的潛力遠未實現(xiàn)，并且大多數(shù)基于免疫療法的聯(lián)合方案都沒有有效的生物標志物。 事實上，PD-L1 定量似乎失去了聯(lián)合免疫治療方案的預測能力。

侖伐替尼是一種靶向 VEGFR1-3、FGFR1-4、PDGFRα、Ret 和 Kit 的多受體 TKI。侖伐替尼和 everolimus 的組合被批準用于治療在一種 VEGF 靶向治療后進展的晚期腎臟癌； 侖伐替尼也正在研究與帕普利珠單抗聯(lián)合治療多種惡性腫瘤。 阻斷多種酪氨酸激酶和 PD-1 的聯(lián)合療法開始顯示出非凡的前景。佳學基因腫瘤用藥基因解碼基因檢測記錄并分享了使用帕普利珠單抗加帕博利珠單抗治療腎臟癌患者的高臨床療效及其基因檢測結(jié)果相關(guān)性。

佳學基因腎臟癌腫瘤基因檢測是如何對待基因檢測樣本的？

使用 Quant-iT PicoGreen dsDNA 分析（ThermoFisher 目錄#P11496）測量樣品數(shù)量，同時使用 TapeStation D1000 ScreenTape（安捷倫目錄#5067-5582）評估質(zhì)量。 在使用 Agilent 2100 Bioanalyzer Instrument® 進行 PicoGreen 定量和質(zhì)量控制后，使用 KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems KK8504) 使用 144–500 ng DNA 和 8–12 個 PCR 循環(huán)來制備文庫。 樣品條形碼編碼后，根據(jù)產(chǎn)品使用說明書，使用 SureSelectXT 人類全外顯子 V4（安捷倫產(chǎn)品目錄 #5190-4632）通過雜交捕獲 95–500 ng 文庫。 捕獲后文庫的 PCR 擴增進行了 8 個循環(huán)。 然后使用 HiSeq 3000/4000 SBS Kit 或 HiSeq Rapid SBS Kit v2 (Illumina®) 在 HiSeq 4000 或 HiSeq 2500 上以快速模式以 100 bp/100 bp 或 125 bp/125 bp 雙端運行運行樣品 . 正常和腫瘤樣本分別被覆蓋到平均 118X 和 176X。

佳學基因腫瘤基因檢測中的拷貝數(shù)分析

使用 FACETS v0.5.6 進行等位基因特異性拷貝數(shù)分析 (ASCN)。 除了常規(guī)輸出外，該工具還為每個腫瘤等位基因提供整數(shù) CN 值。 如果基因組片段的 CN 狀態(tài)不同于 2:1（即兩個總拷貝，每個等位基因一個），則它們被定義為已改變。 最后，通過用總基因組長度歸一化所有 CN 改變片段的長度來計算非二倍體基因組的分數(shù)。
 

佳學基因腫瘤正確用藥基因檢測中的HLA-I 基因分型和患者平均 HED 的計算

使用 WES 數(shù)據(jù)對血液來源的 DNA 進行 HLA-I 基因分型。 Polysolver 是一種先前經(jīng)過驗證的工具，使用默認參數(shù)設置來識別個體的 HLA I 類等位基因。 在特定基因座（即 HLA-A、HLA-B 和 HLA-C）具有兩個不同等位基因的患者被認為是該基因座的雜合子，而被發(fā)現(xiàn)具有六個不同 HLA I 類等位基因的個體被認為是 HLA-I有效雜合子。

如 Pierini 和 Lenz 所述計算 HLA 進化分歧 (HED)。 這種方法涉及提取每個 HLA I 類等位基因的外顯子 2 和 3（即肽結(jié)合域所在的位置，從 Ensembl 數(shù)據(jù)庫獲得）和從 ImMunoGeneTics/HLA 數(shù)據(jù)庫檢索相應的蛋白質(zhì)序列。 在兩個 HLA 等位基因比對后，計算每對相應氨基酸的 Grantham 距離度量。 該值表示基于它們的物理化學特性（即組成、極性和體積）的成對距離。 然后用序列的長度對氨基酸距離的總和進行歸一化。 結(jié)果值（即 HED）表示兩個 HLA 等位基因之間功能差異的量度。 最后，對三個 HLA-I 基因座中的每一個的值進行平均并報告為“平均 HED”。

腫瘤基因檢測對侖伐替尼臨床治療效果的影響

PD-1 軸/多激酶阻斷聯(lián)合療法構(gòu)成了 RCC 和其他癌癥最有希望的治療策略之一，監(jiān)管部門批準將多 PD-1 軸/多激酶方案作為一線治療。 先前的研究報道，這些激酶的一些配體，如 VEGF，可以直接抑制 T 淋巴細胞的成熟和活性，并導致淋巴細胞和抗原呈遞細胞 (APC) 的去分化。 此外，已顯示透明細胞腎臟癌腫瘤顯示高度的血管生成信號傳導，在很大程度上由增加的 VEGF 通路活性介導。 將這些發(fā)現(xiàn)外推到全身治療環(huán)境，為樂伐替尼/派姆單抗組合所證明的額外抗腫瘤功效提供了生物學基礎(chǔ)，并為研究對這些基于 ICB 的療法產(chǎn)生反應的生物標志物提供了工作模型。

在我們的隊列中進行了基因組分析，以探索在這種情況下對基于免疫檢查點阻斷療法 的療法產(chǎn)生反應的新興生物標志物的重要性，我們的發(fā)現(xiàn)與之前的報告基本一致。 與之前的研究一致，我們的結(jié)果未能證明 TMB 與該隊列中對基于免疫檢查點阻斷療法的聯(lián)合治療的反應之間存在顯著關(guān)聯(lián)。 盡管 TMB 已被證明是許多不同實體瘤對免疫檢查點阻斷療法治療反應的有用預測指標，但這些發(fā)現(xiàn)尚未在腎臟癌中得到概括，并且這些觀察結(jié)果背后的生物學基礎(chǔ)仍有待闡明。

CD8+ T 淋巴細胞的抗原識別已成為一個特別感興趣的話題，因為它在適應性免疫反應的發(fā)展中具有公認的作用。 T 細胞動力學不僅直接涉及對 ICB 治療的反應，而且 T 細胞受體 (TCR) 庫已顯示因治療環(huán)境而異。 測序平臺現(xiàn)在允許以有用的分辨率評估腫瘤微環(huán)境中 CD8+ T 細胞的抗原特異性和克隆異質(zhì)性。 盡管 TCR 庫特征在預測對基于免疫檢查點阻斷療法的療法的反應中的效用尚不清楚，但克隆 T 細胞群已被證明在免疫檢查點阻斷療法反應者中發(fā)展，并且它們的存在與腫瘤新抗原耗竭有關(guān)。 值得注意的是，我們小組之前已經(jīng)證明 TCR 克隆性與 HLA I 類遺傳變異性和進化差異直接相關(guān)，這些特征反過來可以預測一組晚期黑色素瘤患者的免疫檢查點阻斷療法治療反應。 盡管由于技術(shù)限制未作為本研究的一部分進行探索，但旨在進一步闡明這些發(fā)現(xiàn)的研究工作應考慮評估不同背景下 HED 和 TCR 曲目組成之間的關(guān)系。

探討了 PBRM1 基因功能喪失突變的作用，PBRM1 基因是透明細胞腎細胞中反復出現(xiàn)的分子特征。 據(jù)報道，截斷 PBRM1 變體與導致免疫檢查點阻斷療法耐藥的獨特非免疫原性腫瘤表型相關(guān)，以及與 IFN-γ 相關(guān)的表達程序相關(guān)，這些表達程序在免疫檢查點阻斷療法治療后促進腫瘤清除。 關(guān)于 PBRM1 突變在免疫治療背景下的作用也存在相互矛盾的證據(jù)，研究尚未提供關(guān)于它們在這種情況下的效用的確鑿證據(jù)。 與之前的報告類似，腫瘤基因解碼基因檢測的結(jié)果不支持 PBRM1 功能喪失突變與 侖伐替尼/pembrolizumab 治療后的臨床獲益之間存在顯著關(guān)聯(lián)。

綜上所述，腫瘤基因解碼基因檢測的數(shù)據(jù)表明，HLA-I 多樣性與多激酶和 PD1 阻斷聯(lián)合治療后無進展間期延長以及治療持久性相關(guān)。 關(guān)于預測對免疫檢查點阻斷療法的反應所需的最佳 HED 閾值仍然存在問題，并且很可能像 TMB 一樣，將來需要對每種治療環(huán)境進行優(yōu)化。

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